Реконструкция эволюционной истории геномных перестроек в бактериях Бочкарёва Ольга Олеговна

Краткое описание

Бочкарёва,ОльгаОлеговна.Реконструкцияэволюционнойисториигеномныхперестроеквбактериях: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.09 /БочкарёваОльгаОлеговна; [Место защиты: Ин-т проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН]. - Москва, 2019. - 111 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
рукописиБочкарёваОльгаОлеговнаРеконструкцияэволюционнойисториигеномныхперестроеквбактериях03.01.09 математическая биология, биоинформатика ДИССЕРТАЦИЯ

стр. 7
работы Целью работы былиреконструкцияи анализэволюционнойисториигеномныхперестроекдля нескольких бактериальных родов и видов и выявление действияэволюционногоотбора на разные типы событий. В работе были решены следующие задачи. 1. Изучить существующие алгоритмы для работы с порядком генов в бактериальных геномах и разработать общую методику восстановления и анализаэволюционнойисторииперестроек. 2. Реконструировать и...

Оглавление диссертациикандидат наук Бочкарёва Ольга Олеговна
Словарь терминов
Введение
Глава 1. Обзор литературы
1.1. Методы изучения геномных перестроек
1.2. Эволюция бактериальных геномов
1.3. Организмы, использованные в работе
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Данные
2.2. Построение и аннотация ортологических рядов
2.3. Восстановление филогении по конкатенату выравниваний ортологов
2.4. Построение синтенных блоков
2.5. Восстановление филогении по данным о расположении генов в геномах
2.6. Реконструкция геномных перестроек
2.7. Определение точек начала и конца репликации
2.8. Тестирование статистических гипотез
Глава 3. Восстановление филогении на основе расположения синтенных блоков
3.1. Yersinia pestis
3.2. Обсуждение результатов
Глава 4. Реконструкция истории перестроек в различных бактериальных видах
4.1. Streptococcus spp
4.2. Burkholderia spp
4.3. B. mallei
4.4. B. pseudomallei
4.5. B. thailandensis
4.6. B.cepacia
4.7. Обсуждение результатов
Глава 5. Анализ потоков генов
5.1. Описание модели
5.2. Escherichia coli и Salmonella enterica
5.3. Streptococcus spp
5.4. Chlamydia spp
5.5. Обсуждение результатов
Выводы
Список литературы
Приложение А. Штаммы, использованные в работе