Реконструкция регулонов метаболических путей в бактериях микробиоты кишечника человека Хорошкин Матвей Сергеевич

Краткое описание

Хорошкин,МатвейСергеевич.Реконструкциярегулоновметаболическихпутейвбактерияхмикробиотыкишечникачеловека: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.09 /ХорошкинМатвейСергеевич; [Место защиты: Ин-т проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН]. - [Москва], [2019]. - 149 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
рукописиХорошкинМатвейСергеевичРеконструкциярегулоновметаболическихпутейвбактерияхмикробиотыкишечникачеловекаСпециальность 03.01.09 "математическая

стр. 3
........................................................................................................................................................... 70 Глава 4.Реконструкцияметаболическихпутейбиосинтеза витаминов группы B вбактерияхмикробиомакишечникачеловека............................................................................... 80 Методы...

стр. 24
РеконструкцияметаболическихпутейДругая задача, неразрывно связанная среконструкциейрегуляторных взаимодействий - этореконструкцияметаболическихпутейбактерий. Детализированные экспериментальные исследованияметаболическихпутейбыли проведены только в небольшом числе модельных организмов; для подавляющего

Оглавление диссертациикандидат наук Хорошкин Матвей Сергеевич
Введение
Актуальность темы
Степень разработанности темы
Цели и задачи исследования
Научная новизна и практическая значимость работы
Выносимые на защиту положения
Глава 1. Обзор литературы
Введение
Регуляция инициации транскрипции
Изучение регуляции транскрипции
Предсказание регуляторных взаимодействий
Проверка предсказаний
Методы сравнительной геномики
Поиск регуляторов
Поиск регулируемых мишеней
Поиск сайтов для тренировочной выборки
Филогенетический футпринтинг
Поиск сайтов в группе регуляторных областей
Построение мотива связывающих сайтов
Поиск новых связывающих сайтов
Установление соответствий между мишенями и регуляторами
Реконструкция метаболических путей
Биология бифидобактерий
Бифидобактерии как пробиотики
Углеводный метаболизм бифидобактерий
Происхождение семейства транскрипционных факторов LacI
Роль метаболизма витаминов группы B в формировании структуры микробиома
Глава 2. Изучение транскрипционной регуляции путей утилизации углеводов в бактериях рода Bifidobactrium
Методы
Результаты
Репертуар транскрипционных факторов, участвующих в регуляции сахарного
метаболизма, в геномах рода Bifidobacterium
Геномная реконструкция регулонов транскрипционных факторов
Анализ функций реконструированных регулонов
Ко-эволюция рибозных и нуклеозидных регулонов
Гены утилизации мальтозы и мальтодекстрина регулируются паралогичными ТФ из
семейства LacI
Контроль утилизации глюкозидов и галактозидов новыми ТФ из семейства TetR
Обсуждение
Глава 3. Исследование транскрипционной регуляции и эволюции регулонов из
семейства LacI
Методы
Результаты
Репертуар генов ТФ из семейства LacI в бактериальных геномах
Статистика реконструированных регулонов и регулогов
Глобальные и локальные регулоны
Связывающие сайты и мотивы
Регулируемые метаболические пути и эффекторы
Глобальные регуляторы, контролирующие центральный сахарный метаболизм
Обсуждение
Глава 4. Реконструкция метаболических путей биосинтеза витаминов группы B в
бактериях микробиома кишечника человека
Методы
Составление выборки геномов-представителей микробиома кишечника человека
Геномная реконструкция подсистем метаболизма витаминов
Предсказания уровней ауксотрофии образцов человеческого микробиома
Результаты
Реконструкция путей биосинтеза и сохранения витаминов
Неполные пути биосинтеза кофакторов и сохранение витаминов
Геномное распределение транспортеров витаминов
Бинарные витаминные фенотипы: филогенетическое распределение и вариабельность
Уровни ауксотрофии в образцах человеческого кишечного микробиома
Влияние генов витаминного метаболизма на выживаемость бактерий из рода Bacteroides в
кишечном микробиоме человека
Обсуждение
Выводы
Список публикаций по теме диссертации
Список используемых сокращений и обозначений
Список использованной литературы
Приложения
Введение