Роль 5’ нетранслируемых областей мРНК в регуляции синтеза белка у млекопитающих Андреев Дмитрий Евгеньевич

Краткое описание

Андреев, Дмитрий Евгеньевич.
Роль 5’ нетранслируемых областей мРНК в регуляции синтеза белка у млекопитающих : диссертация ... доктора химических наук : 02.00.10; 03.01.03 / Андреев Дмитрий Евгеньевич; [Место защиты: Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова]. - Москва, 2019. - 210 с. : ил.
Оглавление диссертациидоктор наук Андреев Дмитрий Евгеньевич
Содержание
Список сокращений
Введение
1. Обзор литературы
1.1 Трансляционный аппарат млекопитающих
1.2 Свойства 5'НТО мРНК, которые влияют на эффективность инициации
1.2.1. Вторичные структуры в 5'НТО
1.2.2. РНК-белковые взаимодействия в 5'НТО 24 1.2.3. Факторы, влияющие на выбор стартового кодона
30
1.2.4. Короткие рамки считывания uORF -реинициация и регуляция трансляции при стрессе
1.3 Влияние цис-действующих элементов в 3'НТО на инициацию трансляции
1.3.1. GAIT элемент
1.3.2. РНК-связывающий белок Sex lethal (SXL) и репрессия трансляции мРНК msl-2
1.3.3. Трансляционный контроль при формировании Anterior-posterior axis patterning у Дрозофилы с участием кеп-связывающего белка 4E-HP
1.3.4. Подавление трансляции мРНК cyclin B1 при помощи комплекса CPEB-Maskin в ооцитах Xenopus
1.3.5. Белки, содержащие MIF4G домен, которые регулируют трансляцию через 3'НТО
1.3.6. 3' кеп независимые энхансеры в 3'НТО (CITE) мРНК вирусов растений
1.3.6.1 BTE CITE связывает eIF4G
1.3.6.2. PTE CITE связывает eIF4E
1.3.6.3. TSS CITE связывает 60S субьединицу рибосомы
51
1.4 Эпитранскриптомный контроль трансляции
1.5 Внутренняя инициация трансляции
1.5.1. IRES элементы типа I
1.5.2. IRES элементы типа II
1.5.3. IRES элементы типа III
1.5.4. IRES элементы типа IV
1.6 Новый инструмент для изучения трансляционного контроля -рибосомный профайлинг
2. Материалы и методы исследования
2.1. Реактивы
2.2. Олигонуклеотиды
2.3 Антитела
2.4 Буферы и растворы
2.5 Методы
3. Результаты и обсуждение
3.1 Особенности инициации трансляции на IRES элементах типа I и II
3.1.1 Влияние факторов инициации на выбор стартового кодона на IRES элементе FMDV
3.1.2 Открытие необычного транс-действующего фактора, стимулирующего трансляцию на IRES-элементах группы I - глицил-тРНК синтетазы (GARS)
3.2 Изучение кеп-независимой инициации трансляции у эукариот
3.2.1. Концепция о существовании CITE в 5'НТО клеточных мРНК
3.3 Стартовые кодоны в 5'НТО клеточных мРНК: роль в регуляции трансляции при стрессе и в экспрессии альтернативных белков.
136
3.3.1 Использование рибосомного профайлинга для изучения трансляции в 5'НТО, и инициация трансляции на не-AUG кодонах
3.3.2 Изучение клеточного ответа на удаление кислорода и глюкозы с помощью рибосомного профайлинга выявило изменения в выборе стартовых кодонов
3.3.3 Анализ 5'НТО мРНК факторов инициации трансляции у млекопитающих
3.3.4 Изучение роли 5'НТО в регуляции трансляции при фосфорилировании eIF2
4. Заключение
5. Выводы
6. Список литературы
7. Благодарности