Учет электростатических взаимодействий при прогнозировании стабильности белковых комплексов: теория и расчет для глобулярных белков Кошлан Татьяна Викторовна

Краткое описание

Кошлан,ТатьянаВикторовна.Учетэлектростатическихвзаимодействийприпрогнозированиистабильностибелковыхкомплексов:теорияирасчетдляглобулярныхбелков: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.01.02 /КошланТатьянаВикторовна; [Место защиты: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого]. - Санкт-Петербург, 2019. - 101 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
На правах рукописиКОШЛАНТАТЬЯНАВИКТОРОВНАУЧЕТЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХВЗАИМОДЕЙСТВИЙПРИПРОГНОЗИРОВАНИИСТАБИЛЬНОСТИБЕЛКОВЫХКОМПЛЕКСОВ:ТЕОРИЯИРАСЧЕТДЛЯГЛОБУЛЯРНЫХБЕЛКОВ03.01.02 биофизика ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук Научный руководитель: доктор

стр. 42
этих двухбелковприобразованиикомплексар53−Mdm2 [60].Взаимодействиемежду двумябелками, в основном, происходит за счет гидрофобныхвзаимодействий. Отсутствие четко выраженной структуры N−концабелкар53 позволяетпривзаимодействиисбелкомMdm2 образовывать α-спираль, которая взаимодействует с

стр. 72
отклонения), т.е. сдвиг (математическое ожидание) никак не влияет ни на саму энтропию, ни на ее изменение. Это означает, чтодляразности энтропий однотипных распределений операцию сдвига можно не учитывать [83]. Построимдляпримера гистограммы распределения частот потенциальной энергии попарногоэлектростатическоговзаимодействиядлябелковыхкомплексов, определенных в таблице 1длябелковтипа BH3-Bax(wtD68) −Bcl-2, BH3-Bax(wtE69)...

Оглавление диссертациикандидат наук Кошлан Татьяна Викторовна
1.1 Методы электрофореза
1.2 Хроматографические методы
1.3 Масс-спектрометрия
1.3.1 Электронный удар
1.4 Рентгеноструктурный анализ кристаллов белков
1.5 Методы спектрального анализа
1.5.1 Спектроскопия в ультрафиолетовом и видимом диапазоне
1.5.2 Спектрофлуориметрия
1.6 Круговой дихроизм
1.7 Заключение
2 Постановка и описание физической модели взаимодействия белковых молекул
2.1 Описание физическс>й мсдели
2.1.1 Задача электростатического взаимодействия двух проводящих сфер
2.1.2 Физическая интерпретация числа обусловленности
2.2 Заключение
3 Математическое моделирование влияния фосфорилирования на характер образования биологических комплексов р53-Мёш2 и р53-р300
3.1 Структура и функции белка р53
3.2 Структура и функции белка М^ш2
3.3 Структура и функции белка р300
3.4 Структура образования биологических комплексов р53-М^ш2 и р53-р300
3.4.1 Структура образования комплекса р53-М^ш2
3.4.2 Структура комплекса р53-р300
3.4.3 Математическая модель фосфорилирования аминокислотных остат-
ков белка р53 и анализ реакционной активности образования
биологических комплексов с белками р300 и М^ш2
3.5 Численный расчет образования биологических комплексов различными участками белков р53 и р300
3.6 Заключение
4 Математическое моделирование выявление активных участков взаимодействия белковых молекул (Модель линейного докинга)
4.1 Описание алгоритмов
4.1.1 Алгоритм №1
4.1.2 Алгоритм №2
4.2 Численное моделирование образования гетеродимеров и гомодимеров согласно алгоритму
4.2.1 Численные расчеты взаимодействия Кар1(81-140)-Мар1
4.2.2 Численный расчет взаимодействия М^т2(436_482) с М^т2
4.3 Численное моделирование образования гомодимеров согласно алгоритму
4.3.1 Численный расчет взаимодействия полипептидных последовательностей белка Мар1
4.4 Заключение
5 Определение влияния точечных замен на сродство между белковыми молекулами
5.1 Структура и функции белков семейства Вс1-2
5.2 Описание алгоритма
5.3 Результаты численных расчетов Вс1-2-ВН3-Вах
5.4 Поведение гидрофобных молекул в водном окружении
5.5 Анализ взаимодействия двух белков на примере образования гомоди-мера Мар1-Мар1
5.6 Образование гидрофобного кластера за счет нескольких замен а.а. в белках: Е110Ш,К11Ш,Е112Ш, Е116Ш одного белка Мар1 и Е12Ш, Ш22Ш, д126Ш другого белка Мар1
5.7 Замена гидрофильного аминокислотного остатка Т101А на гидрофобный аминокислотный остаток
5.8 Заключение
6 Заключение 90 ЛИТЕРАТУРА
Введение