Вариабельность генома нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae О1 биовара Эль Тор Агафонова Елена Юрьевна

Краткое описание

Агафонова,ЕленаЮрьевна.ВариабельностьгеноманетоксигенныхштаммовVibriocholeraeО1биовараЭльТор: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.02.03 /АгафоноваЕленаЮрьевна; [Место защиты: ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека]. - Саратов, 2019. - 135 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
СФЕРЕ ЗАЩИТЫ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ И БЛАГОПОЛУЧИЯ ЧЕЛОВЕКА На правах рукописиАгафоноваЕленаЮрьевнаВАРИАБЕЛЬНОСТЬГЕНОМАНЕТОКСИГЕННЫХШТАММОВVIBRIOCHOLERAEO1БИОВАРАЭЛЬТОР03.02.03 микробиология ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель: доктор биологических

стр. 2
ЛИТЕРАТУРЫ...................................................................... 1.1. Молекулярно-генетические различия между токсигенными и 21нетоксигеннымиштаммамиV.choleraeбиовараЭльТор............................... 1.2. Факторы патогенности и персистенциинетоксигенныхштаммовV.choleraeO1биовараЭльТор..........................................................................

стр. 3
нетоксигенныхштаммовс разным генотипом (ctxAtcpAVSP, ГЛАВА 4. ctxAtcpA+VSP, РАЗРАБОТКА ctxAtcpA+VSP+) СПОСОБА с токсигеннымиштаммамиV.choleraeбиовараЭльТор............................................................. ДИФФЕРЕНЦИАЦИИНЕТОКСИГЕННЫХШТАММОВV.CHOLERAEO1БИОВАРАЭЛЬТОРС РАЗЛИЧНОЙ

Оглавление диссертациикандидат наук Агафонова Елена Юрьевна
ВВЕДНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Молекулярно-генетические различия между токсигенными и нетоксигенными штаммами V. cholerae биовара Эль Тор
1.2. Факторы патогенности и персистенции нетоксигенных штаммов
V. cholerae O1 биовара Эль Тор
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы
2.1.1. Бактериальные штаммы
2.1.2. Питательные среды и реактивы
2.2. Методы
2.2.1. Культивирование бактериальных штаммов
2.2.2. Определение растворимой гемагглютинин/протеазы и термолабильного гемолизина
2.2.3. Оценка продукции холерного токсина с помощью реакции пассивного иммунного гемолиза и иммуноферментного метода GM1 ELISA
2.2.4. Конъюгационные скрещивания донорных и реципиентных штаммов
2.2.5. Ненаправленный транспозонный мутагенез (TnphoA) холерного вибриона
2.2.6. Полимеразная цепная реакция
2.2.7. Выделение РНК и обратная транскрипция
2.2.8. Выделение геномной ДНК и полногеномное секвенирование
2.2.9. Филогенетический анализ
2.2.10. Статистические методы
ГЛАВА 3. ВАРИАБЕЛЬНОСТЬ ГЕНОМА НЕТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ БИОВАРА ЭЛЬ ТОР,
ИЗОЛИРОВАННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ И СОПРЕДЕЛЬНЫХ СТРАН
3.1. Анализ полногеномных последовательностей природных нетоксигенных штаммов, выделенных на территории Российской Федерации и сопредельных стран
3.2. Особенности структуры геномов нетоксигенных штаммов ctxA-tcpA+
из эндемичных по холере регионов
3.3. Филогенетическая связь нетоксигенных штаммов с разным генотипом (ctxAtcpAVSP-, ctxAtcpA+VSP-, ctxA-tcpA+VSP+) с токсигенными
штаммами V. cholerae биовара Эль Тор
ГЛАВА 4. РАЗРАБОТКА СПОСОБА ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ НЕТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ V. CHOLERAE O1 БИОВАРА ЭЛЬ ТОР
С РАЗЛИЧНОЙ ЭПИДЕМИЧЕСКОЙ ЗНАЧИМОСТЬЮ МЕТОДОМ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ
4.1. Поиск ДНК мишеней и подбор оптимальных условий проведения мультиплексной ПЦР с электрофоретическим учетом результатов
4.2. Оценка специфичности и эффективности разработанного способа дифференциации штаммов V. cholerae O1 биовара Эль Тор с различной
эпидемической значимостью
ГЛАВА 5. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ НЕТОКСИГЕННОГО ШТАММА
V. CHOLERAE О1 БИОВАРА ЭЛЬ ТОР ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ АВИРУЛЕНТНОГО ШТАММА, ПРОДУЦИРУЮЩЕГО В-СУБЪЕДИНИЦУ ХОЛЕРНОГО ТОКСИНА
5.1. Получение нетоксигенного генетически измененного штамма V. cholerae O1 биовара Эль Тор Р18899ДСТХфТох-Н1у- методом ненаправленного транспозонного мутагенеза
5.2. Введение в клетки нетоксигенного Н1у- штамма рекомбинантной плазмиды с клонированным геном ctxB, кодирующим В-субъединицу холерного токсина и оценка продукции этого белка
5.3. Изучение генетического контроля экспрессии гена МхЕ в клетках сконструированного авирулентного штамма холерного вибриона методом
ОТ-ПЦР в режиме реального времени
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ