Выявление и межвидовая дифференциация штаммов возбудителя бруцеллеза с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии Ульшина Диана Васильевна

Краткое описание

Ульшина,ДианаВасильевна.ВыявлениеимежвидоваядифференциацияштаммоввозбудителябруцеллезасиспользованиемMALDI-TOFмасс-спектрометрии: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.02.03 /УльшинаДианаВасильевна; [Место защиты: ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологииибиотехнологии»]. - Ставрополь, 2020. - 134 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
защиты прав потребителей и благополучия человека На правах рукописиУльшинаДианаВасильевнаВыявлениеимежвидоваядифференциацияштаммоввозбудителябруцеллезасиспользованиемMALDI-TOFмасс-спектрометрии03.02.03 микробиология Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук

стр. 3
Разработка базы референсныхмасс-спектровштаммоввозбудителябруцеллезав среде программыMALDIBioTyper .................................................................................... 62 3.5 ПроведениемежвидовойдифференциацииштаммовBrucella spp. на основе данныхMALDI-TOFMS ................................................................................................................... 67 3.6 Определение на...

стр. 83
выявлениявозбудителябруцеллезаметодом времяпролетноймасс-спектрометрии. На данном этапе проводили оценку эффективности алгоритмавыявлениявозбудителябруцеллезав искусственно контаминированных образцах крови сиспользованиемMALDI-TOFмасс-спектрометрии. Для реализации поставленной цели провелиMALDI-TOF

Оглавление диссертациикандидат наук Ульшина Диана Васильевна
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Общие представления о таксономическом положении микроорганизмов рода Brucella spp
1.2 Методы детекции и типирования возбудителя бруцеллеза
1.3 Выявление и субтипирование микроорганизмов рода Brucella spp. с использованием молекулярно-генетических методов исследования
1.4 Применение метода MALDI-TOF MS для анализа патогенных бактерий
1.4.1 Времяпролетная масс-спектрометрия как метод исследования возбудителей инфекционных болезней на основании анализа белковых молекул
1.4.2 Использование MALDI-TOF MS для характеристики микроорганизмов рода Brucella spp
1.5 Заключение по главе
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Объекты исследования
2.1.1 Штаммы микроорганизмов
2.1.2 Питательные среды, условия культивирования
2.1.3 Обеззараживание и белковая экстракция культур Brucella spp
2.1.4 Пробоподготовка и обеззараживание образцов крови, искусственно контаминированных бруцеллами
2.1.5 Пробоподготовка и обеззараживание проб крови биопробных животных, зараженных возбудителем бруцеллеза
2.1.6 Пробоподготовка и обеззараживание клинического материала
2.1.7 Подготовка и анализ белковых экстрактов методом времяпролетной масс-спектрометрии с матричной лазерной десорбцией/ионизацией
ГЛАВА 3 РАЗРАБОТКА СТАНДАРТИЗИРОВАННОГО АЛГОРИТМА ИДЕНТИФИКАЦИИ И ВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БРУЦЕЛЛ МЕТОДОМ MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ ЧИСТЫХ КУЛЬТУР
3.1 Оптимизация и стандартизация методики обеззараживания и подготовки проб культур возбудителя бруцеллеза при работе методом времяпролетной масс-спектрометрии с матричной лазерной десорбцией/ионизацией
3.2 Подготовка культур возбудителя бруцеллеза для исследования методом MALDI-TOF MS, экспериментальное обоснование использования агара Альбими
3.3 Формирование комплекса критериев для оценки качества референсных масс-спектров чистых культур возбудителя бруцеллеза
3.4 Разработка базы референсных масс-спектров штаммов возбудителя бруцеллеза в среде программы MALDI BioTyper
3.5 Проведение межвидовой дифференциации штаммов Brucella spp. на основе данных MALDI-TOF MS
3.6 Определение на масс-спектрах штаммов Brucella spp. сигналов, специфичных для возбудителя бруцеллеза
3.7 Заключение по главе
ГЛАВА 4 РАЗРАБОТКА ТЕХНОЛОГИИ ДЕТЕКЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ БРУЦЕЛЛЕЗА В ОБРАЗЦАХ БИОЛОГИЧЕСКОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ
4.1 Оценка возможности детекции Brucella spp. в модельных клинических образцах методом MALDI-TOF MS
4.2 MALDI-TOF MS анализ белковых профилей экстрактов крови
4.3 Оценка возможности применения времяпролетной масс-спектрометрии для анализа клинического материала
4.4 Биоинформационный анализ масс-спектров белковых экстрактов проб крови, потенциально содержащей возбудитель бруцеллеза
4.5 Заключение по главе
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
ПРИЛОЖЕНИЕ А База референсных масс-спектров штаммов возбудителя бруцеллеза в среде программы MALDI BioТyper
ПРИЛОЖЕНИЕ Б Белковые профили масс-спектров микроорганизмов I-II групп патогенности для программы MALDI Biotyper