Горев Денис Дмитриевич Разработка on-line системы хранения и анализа результатов полногеномных исследований ассоциаций

Короткий опис

Горев Денис Дмитриевич Разработка on-line системы хранения и анализа результатов полногеномных исследований ассоциаций
ОГЛАВЛЕНИЕ ДИССЕРТАЦИИ
кандидат наук Горев Денис Дмитриевич
Оглавление

Введение

Актуальность темы

Цели и задачи исследования

Глава 1. Обзор существующих методов и данных

1.1. Методы получения полногеномных данных

1.1.1. Полногеномное исследование ассоциаций (ПГИА)

1.1.2. Схема проведения ПГИА

1.1.3. Неравновесие по сцеплению

1.1.4. Методы анализа суммарных статистик ПГИА

1.2. Источники данных и форматы представления ПГИА

1.2.1. Универсальные форматы представления ПГИА

1.2.2. Источники данных ПГИА

1.3. Обзор on-line сервисов анализа полногеномных данных

1.3.1. Историческая справка

1.3.2. Актуальные базы полногеномных данных 20 Глава 2. Универсальный формат и процедура гармонизации

2.1. Универсальный формат представления данных

2.1.1. Постановка проблемы

2.1.2. Описание формата универсального представления данных

2.2. Процесс гармонизации суммарных статистик ПГИА

2.2.1. Контекстно-свободные грамматики и лексический анализ

2.2.2. Распознавание данных суммарных статистик

2.2.3. Гармонизация данных суммарных статистик

2.2.4. Гармонизация координат

2.2.5. Гармонизация аллелей

2.2.6. Гармонизация статистических данных ОНП 43 2.3. Контроль качества суммарных статистик ПГИА

2.3.1. Тесты контроля качества

2.3.2. Отчёт о контроле качества 51 Глава 3. Архитектура системы GWAS-MAP

3.1 Кодовая база

3.1.1. Модуль гармонизации

3.1.2. Модуль интерфейса базы данных

3.1.3. Аналитический модуль

3.1.4. Модуль генерации отчётов

3.2. Инфраструктура системы GWAS-MAP

3.3. Производительность системы GWAS-MAP

3.4. Веб-интерфейс 68 3.4.1. Пример использования веб-интерфейса

Заключение

Литература

Введение