Дипептидилпептидаза 4 как главный компонент комплекса пролин-специфичных пептидаз Tenebrio molitor Терещенкова Валерия Феликсовна

Короткий опис

Терещенкова, Валерия Феликсовна.
Дипептидилпептидаза 4 как главный компонент комплекса пролин-специфичных пептидаз Tenebrio molitor : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.10 / Терещенкова Валерия Феликсовна; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова]. - Москва, 2018. - 130 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Терещенкова Валерия Феликсовна
Список сокращений
Введение
1. Ферментативный гидролиз пролин-богатых пептидов и белков (обзор литературы)
1.1. Проламины и целиакия
1.1.1. Пролин-специфичные пептидазы (PSP) для гидролиза проламинов и пептидов проламинов
1.1.1.1. Гидролиз токсических пептидов глиадинов POP из Myxococcus xanthus (MX), Sphingomonas capsulata (SC) и Flavobacterium meningosepticum (FM)
1.1.1.2. Гидролиз токсических пептидов проламинов пролилэндопептидазой из термостабильной бактерии Sphaerobacter thermophiles
1.1.1.3. Гидролиз глиадинов пептидазами молочнокислых бактерий
1.1.1.4. Гидролиз проламинов пептидазами грибов
1.1.1.5. Гидролиз проламинов PSP из насекомых
1.1.2. Другие пептидазы, гидролизующие проламины и их токсические пептиды
1.1.2.1. Гидролиз глиадинов цистеиновой пептидазой ЕР-В2 из Hordeum vulgare
1.1.2.2. Гидролиз глиадинов цистеиновой пептидазой из Triticum aestivum
1.1.2.3. Гидролиз глиадинов пептидазами из ротовой полости человека
1.1.2.4. Гидролиз пептидов глиадинов пептидазой KumaMax, созданной на основе кумамолизина-As (KumaWT) из ацидофильной бактерии Alicyclobacillus sendaiensis

1.1.2.5. Гидролиз глиадинов цистеиновыми пептидазами из насекомого
Tenebrio molitor
1.1.3. Гидролиз глиадинов комбинациями ферментов с разной специфичностью
1.1.3.1. Гидролиз глиадинов смесью аспергилопепсина из Aspergillus niger (ASP) и дипептидилпептидазы 4 (DPP 4) из Aspergillus oryzae
1.1.3.2. Гидролиз глиадинов комплексом пептидаз сырого млечного сока папайи
1.2. Коллагены
1.2.1. PSP для гидролиза коллагенов
1.2.2. Цистеиновые пептидазы для гидролиза коллагенов
1.3. Заключение
2. Результаты и их обсуждение
2.1. Анализ PSP в геномах человека, Tribolium castaneum и транскриптомах T. castaneum и T. molitor
2.2. Филогенетический анализ последовательностей PSP Homo sapiens, T. castaneum, T. molitor
2.3. Характеристика активных центров и субстрат-связывающих субсайтов PSP
2.3.1. Сериновые PSP
2.3.2. Металлозависимые PSP
2.3.3. Пост-пролин расщепляющие пептидазы с широкой субстратной специфичностью (PPCPbs)
2.4. Оценка уровня экспрессии кДНК найденных PSP T. castaneum и T. molitor
2.5. Анализ специфических доменов, связанных с возможной локализацией найденных PSP
2.6. Изучение локализации активностей PSP в кишечнике личинок T. molitor биохимическими методами
2.7. Выделение и очистка DPP 4 из кишечника личинок T. molitor
2.8. Идентификация выделенной PSP
2.9. Структура DPP
2.10. Получение рекомбинантной DPP 4 T. molitor (rTmDPP 4)
2.10.1. Выбор конструкции для получения rTmDPP
2.10.2. Клонирование гена, кодирующего rTmDPP
2.11. Экспрессия DPP 4 T. molitor в клетках Pichiapastoris
2.12. Очистка и идентификация rTmDPP
2.13. Изучение физико-химических и энзиматических свойств DPP 4 T. molitor
2.14. Влияние специфических ингибиторов на активность DPP
2.15. Синтез и изучение специфических ингибиторов DPP 4, аналогов дипептидов Xaa-Pro
2.16. Гидролиз глиадинов и фрагментов их токсических пептидов DPP
2.17. Гидролиз глиадинов комплексом пищеварительных пептидаз T. molitor
3. Экспериментальная часть
3.1. Материалы
3.2. Определение активности пептидаз по хромогенным субстратам
3.3. Определение активности пептидаз по флуорогенным субстратам
3.4. Определение активности пролидазы в реакции с нингидрином
3.5. Фракционирование экстракта T. molitor
3.6. Изучение локализации пептидаз в кишечнике личинок T. molitor
3.7. Влияние рН на активность и стабильность rTmDPP
3.8. Изучение субстратной специфичности DPP
3.9. Изучение влияния специфических ингибиторов DPP
3.10. Гидролиз глиадинов
3.11. Гидролиз пролин- и глутамин-богатых пептидов глиадинов
3.12. Проведение электрофореза и пост-электрофоретического тестирования активности
пептидаз в геле
3.13. Масс-спектрометрический анализ
3.14. Клонирование гена DPP 4 T. molitor
3.15. Получение препарата rTmDPP 4 в экспрессионной системе P. pastoris
3.16. Очистка rTmDPP
3.17. Синтез специфических ингибиторов DPP
3.17.1. Синтез N-оксисукцинимидного эфира бутилоксикарбонил-Ь-изолейцина (Boc-Ile-ONsu)
3.17.2. Синтез Boc-Xaa-Pip, Boc-Xaa-Mf, Boc-Xaa-Im, где Xaa = Pro, Ile
3.17.3. Снятие защитной Boc-группы
3.18. Подготовка биологического материала для секвенирования кДНК, сборка контигов, поиск открытых рамок считывания (ORF)
3.19. Поиск и сборка последовательностей PSP
3.20. Филогенетический анализ последовательностей и предсказание ортологов
3.21. Анализ уровня экспрессии PSP
3.22. Анализ структуры последовательностей PSP
3.23. Проведение скрининга ингибиторов DPP 4 методом молекулярного докинга
3.24. Моделирование трехмерной структуры DPP 4 T. molitor
Выводы
Благодарности
Приложение
Список литературы