Энзиматические способы детекции, идентификации и анализа нуклеиновых кислот на микрочипах гель-иммобилизованных олигонуклеотидов Дубилей, Светлана Алексеевна

Короткий опис

Дубилей,СветланаАлексеевна.Энзиматическиеспособыдетекции,идентификацииианализануклеиновыхкислотнамикрочипахгель-иммобилизованныхолигонуклеотидов: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 1999. - 80 с.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
^ Российская Академия Наук Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта. на правах рукописиДубилейСветланаАлексеевнаЭнзиматическиеспособыдетекции,идентификацииианализануклеиновыхкислотнамикрочипахгель-иммобилизованныхолигонуклеотидовСпециальность - 03.00.03 - Молекулярная биология

стр. 29
источник света (длина волны 254 нм) на 30 мин. После полимеризации маску снимали, микроматрицу промывали водой и высушивали. 2.3.2 Иммобилизацияолигонуклеотидов. Непосредственно перед нанесениемолигонуклеотидовмикрочипобрабатывали Repel-Silane. Для генерации нагелеальдегидных группмикрочиппомещали в 2% трифторуксуснуюкислотуна 5 мин, промывали водой и обрабатывли 100 мМ Nal04 10 мин. (Е. Timofeevet. al.,1996). Один нанолитр раствора...

стр. 41
лигирования. 41 Таким образом, эффективность достаточна для лигирования «прочтения» сгель-иммобилизованнымиповтораолигонуклеотидамидлиной до 20 нт. Использование тетрануклеотидного метода последовательного лигирования позволит существенно увеличить эффективную длинуиммобилизованныхолигонуклеотидов. 3.2 Минисеквенирование на олигонуклеотидныхмикрочипах. Принцип минисеквенирования основывается на способности ДНК-зависимых ДНК-полимераз с высокой

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Дубилей, Светлана Алексеевна
Введение
Глава 1. Обзор литературы
1.1 Определение перинной структуры нуклеиновых кислот гибридизацией с микрочипом
1.1.1 Секвенирование гибридизацией: методы и возможности
1.1.2 Методы производства микрочипов
1.1.3 Специфичность гибридизации. 14 2. Применение микрочипов в биологических исследованиях
1.2.1 Изучение экспресии и обнаружение новых генов
1.2.2 Детекция мутаций и исследование полиморфизма
1.2.3 Картирование генов и упорядочивание библиотек. 22 1.3 Минисеквенирование
Глава 2. Материалы и Методы
2.1 Использованные приборы и реактивы
2.2 Синтез и очистка олигонуклеотидов
2.3 Приготовление олигонуклеотидных микрочипов
2.3.1 Приготовление микроматриц
2.3.2 Иммобилизация олигонуклеотидов
2.4 Детекция и обработка флуоресцентного сигнала
2.5 Получение ДНК
2.5.1 Полимеразная Цепная Реакция
2.5.2 Фосфорилирование олигодезоксинуклеотидов
2.5.3 Фрагментирование ДНК
2.5.4 Последовательное лигирование гель - иммобилизованных олигонуклеотидов.

2.6 Минисеквенирование на олигонуклеотидных микрочипах
2.6.1 Анализ ДНК методом 3' концевых мисматчей
2.6.2 Анализ ДНК методом прилегающих праймеров
Глава 3. Результаты
3.1 Последовательное лигирование на микрочипе гель-иммобилизованных олигонуклеотидов
3.1.1 Определение длины тетрануклеотидного повтора
3.2 Минисеквенирование на олигонуклеотидных микрочипах
3.2.1 Оптимизация условий реакции
3.2.2 Детекция генов токсинов Bacillus anthracis
3.2.3 Диагностика ß-талассемии
3.2.4 Аллотипирование HLA DQA1
Глава 4. Обсуждение результатов
Выводы
Благодарности
Список литературы
ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ СОКРАЩЕНИЯ.
dNTP дезоксинуклеотидтрифосфаты
EDTA этилендиаминтетрауксусная кислота
TEMED М.Ы.М.Ы-тетраметилэтилендиамин
ПЦР/PCR полимеразная цепная реакция
нт. нуклеотидов
п.н. пар нуклеотидов
т.п.н. тысяч пар нуклеотидов
Тт температура плавления
FL/FAM флуоресцеин
TMR тетраметилродамин
TR техасский красный
AU/y.e. условные еденицы