Исследование аллостерических явлений в бактериальной рибосоме методом молекулярно-динамического моделирования Макарова Татьяна Михайловна

Короткий опис

Макарова, Татьяна Михайловна.
Исследование аллостерических явлений в бактериальной рибосоме методом молекулярно-динамического моделирования : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.10 / Макарова Татьяна Михайловна; [Место защиты: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова (МГУ)]. - Москва, 2020. - 125 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Макарова Татьяна Михайловна
2.1.3 Минимальная рибосома
2.2 Аллостерические явления в рибосоме
2.2.1 Понятие аллостерии в биологических макромолекулах
2.2.2 Аллостерическая регуляция связывания тРНК различными сайтами рибосомы
2.2.2.1 А-сайт рибосомы
2.2.2.2 Потенциальная аллостерическая связь между А- и Е-сайтами связывания тРНК
2.2.2.3 Аллостерическая регуляция декодирования и отбора антикодона тРНК
2.2.3 Аллостерическая регуляция пептидилтрансферазной реакции. . 36 2.2.3.1 Остановка трансляции растущим пептидом в РТ
2.2.4 Аллостерические эффекты в процессе транслокации
2.2.4.1 Взаимодействие Ь1 протуберанца с тРНК
2.2.4.2 Взаимодействие претранслокационного состояния рибосомы с элонгационным фактором О
2.2.4.3 Отдельные свидетельства существования в рибосоме аллостерических взаимосвязей
2.2.5 Заключение
3 Результаты и их обсуждение
3.1 Введение
3.2 Конформация А-сайта большой субъединицы рибосомы при связывании
тРНК в А- и Е-сайтах
3.2.1 Малая субъединица рибосомы и ее роль в антагонизме А- и
Е-сайтов
3.3 Связывание тРНК в Е-сайте 50Б субъединицы рибосомы
3.4 Взаимодействие А- и Е- сайтов рибосомы
3.5 Мутации в 23Б рРНК, снижающие сродство тРНК к А-сайту
3.5.1 Мутация А253Ш
3.5.2 Мутация Ш2492-3С
3.5.3 Степень модификации оснований рРНК: влияние мутаций
3.6 Влияние пептидов в РТ на Е-тРНК
3.7 Предположительный механизм воздействия антибиотиков, связывающихся в РТ, на А-сайт
3.7.1 Эритромицин
3.7.2 Хлорамфеникол в неканонической позе
3.7.3 Заключение
4 Методы
4.1 Моделируемая система
4.2 Условия докинга и молекулярно-динамического моделирования
4.3 Методы анализа траекторий
5 Выводы