LuxI/LuxR «quorum sensing» системы бактерий рода Aliivibrio Баженов Сергей Владимирович

Короткий опис

Баженов,СергейВладимирович.LuxI/LuxR«quorumsensing»системыбактерийродаAliivibrio: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.02 /БаженовСергейВладимирович; [Место защиты: ФГАОУ ВО «Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)»]. - Москва, 2020. - 119 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
исследовательский университет)» На правах рукописиБаженовСергейВладимировичLuxI/LuxR«Quorumsensing»системыбактерийродаAliivibrio03.01.02 Биофизика Диссертация

стр. 2
LuxI/LuxRтипабактерийродаAliivibrio............................... 17 1.3.1 Аутоиндукторы первого типа и их взаимодействие сLuxR-подобными белками.................................................................................................................. 17 1.3.2LuxI/LuxR-зависимая регуляция

стр. 20
lux-бокса критично, т. к. его увеличение до 47,5, -52,5 и 62,5 снимает полностью эффект автоиндукции транскрипции (Egland and Greenberg, 2001). 1.3.2LuxI/LuxR-зависимая регуляция биолюминесценции у морскихбактерийA. fischeri Первой описанной QSсистемойбылаLuxI/LuxRсистемаморскихбактерийAliivibrio(ранее Vibrio) fischeri, которая к настоящему моменту уже достаточно подробно изучена (Nealson et al., 1970; Eberhard, 1972;...

Оглавление диссертациикандидат наук Баженов Сергей Владимирович
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы
Цель и задачи исследований
Научная новизна работы
Теоретическая и практическая значимость исследования
Положения, выносимые на защиту
ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Экология психрофильных морских люминесцирующих бактерий
1.2 Люминесценция бактерий определяется генами lux-оперона
1.2.1 Гены ^-регулонов
1.2.2 Филогения люминесцентных бактерий и luxCDABE генов
1.3 РБ системы Ьих1/ЬихК типа бактерий рода AШvibrio
1.3.1 Аутоиндукторы первого типа и их взаимодействие с LuxR-подобными белками
1.3.2 Ьих1/ЬихЯ -зависимая регуляция биолюминесценции у морских бактерий A. fischeri
1.3.3 Ьих1/ЬихЯ -зависимая РБ регуляция у морских бактерий A. logei и
A. salmonicida
1.4 Модуляторы экспрессии генов ^-регулона бактерий AШvibrio sp
1.4.1 Шапероны и АТФ-зависимые протеазы
1.4.2 Роль Н-№ в регуляции 1их-оперона
1.4.3 СЯР-зависимая регуляция 1их-оперона
1.4.4 БМ^-зависимая регуляция 1их-оперона
1.4.5 ЬйЯ-зависимая регуляция 1их-оперона
1.5 Цельноклеточные биосенсоры, чувствительные к молекулам -аутоиндукторам РБ систем
1.5.1 Цельноклеточные бактериальные биосенсоры
1.5.2 Ьих-биосенсоры
ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1 Бактериальные штаммы и плазмиды
2.2 Среды и условия роста бактерий
2.3 Манипуляции с ДНК
2.4 Манипуляции с РНК и постановка ОТ-ПЦР
2.5 Определение нуклеотидной последовательности
2.6 Определение родо-видовой принадлежности изолированных штаммов бактерий с помощью масс-спектрометрии
2.7 Реактивы
2.8 Измерение биолюминесценции клеток
2.9 Определение концентрации АИ в образцах надосадочной культур клеток A. logei
ГЛАВА 3 РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Сезонная сменяемость люминесцентной микрофлоры
3.2 Двухэтапное срабатывание luxI/R QS системы A. logei
3.3 Роль последовательностей lux-боксов в последовательной активации промоторов PluxI и PluxCDABEG
3.4 Влияние белка LitR на экспрессию генов lux оперона
3.5 АИ-зависимая репрессия гена luxRl A. logei
3.6 Влияние уровня экспрессии регуляторных генов luxR, luxRl и luxR2 на
чувствительность клеток к АИ
ГЛАВА 4 ОБСУЖДЕНИЕ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
QS - Quorum Sensing, FMN - флавинмононуклеотид, FMNH2 - восстановленный FMN, ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота, РНК - рибонуклеиновая кислота, мРНК - матричная РНК, рРНК - рибосомальная РНК, CRP - белок-репрессор, AHL - ацил-Ь-гомосерин лактоны, АИ - аутоиндуктор, АИ-2 - аутоиндуктор второго типа, 3OC6-HSL - №(3-оксогексаноил)-лактон L-гомосерина, PDB:X - ссылка на запись Х в базе ProteinDataBank (URL:https://www.rcsb.org/) с опубликованной структурой белка,
ВКПМ - Всероссийской коллекции промышленных микроорганизмов, ИПТГ - изопропил^-О-тиогалактопиранозид, ПЦР - полимеразная цепная реакция, ОТ-ПЦР - ПЦР с обратной транскрипцией,
OD600 - оптическая плотность раствора/суспензии при длине волны 600 нм.
ВВЕДЕНИЕ