Разработка компьютерных методов сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей неограниченной длины Ресенчук, Сергей Михайлович

Короткий опис

Ресенчук,СергейМихайлович.Разработкакомпьютерныхметодовсравнительногоанализануклеотидныхпоследовательностейнеограниченнойдлины: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Кольцово, 1999. - 118 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
биологии На правах рукописиРесенчукСергейМихайловичРАЗРАБОТКАКОМПЬЮТЕРНЫХМЕТОДОВСРАВНИТЕЛЬНОГО•АНАЛИЗАНУКЛЕОТИДНЫХПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙНЕОГРАНИЧЕННОЙДЛИНЫспециальность 03.00.03 — молекулярная биология Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научные руководители:

стр. 8
ианализапоследовательностейДНК геномов и клонотек высших организмов. Задачи исследования: ' 1. ТеоретическаяразработкапринциповкомпьютернойтехнологиисравнительногоанализапоследовательностейДНКнеограниченной9длины;разработкановыхкомпьютерныхалгоритмов, а также адаптация существующ;их

стр. 9
практическая ценность. Разработанный программ в настоящей работе комплекскомпьютерныханализпозволяет проводитьсравнительныйнуклеотидных/аминокислотныхпоследовательностейнеограниченнойдлиныи применим длякомпьютерныхисследований полных геномов вирусов и других организмов. 10 Разработанныеметодыпозволили

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Ресенчук, Сергей Михайлович
Список используемых сокращений.
ВВЕДЕНИЕ.
ГЛАВА I. Обзор литературных данных.
1.1. Ортопоксвирусный геном.
1.2. Состояние проблемы изучения вирусов семейства Рохутс1ае рода ОгШорохупиБ к моменту начала выполнения проекта расшифровки полного генома вируса натуральной оспы (штамм Индия — 1967).;.
1.3. Обзор методов построения выравненных наборов нуклеотидных последовательностей.
1.3.1. Автоматические методы выравнивания последовательностей.„>.
1.3.2. Интерактивные системы выравнивания. Визуализация результатов выравнивания.
1.3.3. Диагональные точечные матрицы сходства последовательностей.
1.4. Методы исследования эволюционных связей.
ГЛАВА II. Предлагаемые методы сравнительного структурного анализа полных геномов.
2.1. Методы реализации.
2.2. Функциональная блок — схема разработанной технологии сравнительного анализа семейства последовательностей
ДНК.:.
2.3. Интерактивная система построения выравненных наборов.
2.3.1. ЛЬкализация областей сходства родственных последовательностей
2.3.2. Построение и использование диагональных матриц сходства.
2.3.3. Автоматическое подвыравнивание фрагментов последовательностей.
2.3.4. Механизм интерактивной коррекции выравнивания
2.4. Поиск потенциальных белок — кодирующих областей.
2.5. Формат* генерация и применение трансляционных карт выравненного набора геномов и отдельных последовательностей ДНК.
2.6. Исследование эволюционной близости последовательностей набора.
2.7. Поиск прямых и инвертированных повторов внутри последовательности.
ГЛАВА III. Результаты и обсуждение.
3.1. Компьютерный анализ данных, полученных при расшифровке нуклеотидных последовательностей полных геномов штаммов вируса натуральной оспы. Сравнительный анализ геномов вирусов рода Orthopoxvirus.
3.1.1. Международный проект по расшифровке и изучению структуры генома вируса натуральной оспы. Систематизация расшифровываемых фрагментов и выявление потенциальных ошибок секвенирования.
3.1.2. Поиск потенциальных генов.
3.1.3. Трансляционная карта выравненного набора ортопоксвирусов.
3.1.4. Топография инвертированных терминальных повторов ортопоксвирусов .'.
3.2. Применение предлагаемых методов в задачах анализа геномов других организмов
3.2.1. Выявление ошибок секвенирования при расшифровке последовательности ДНК линейной хромосомы спирохеты Borrelia burgdorferi
3.2.2. Адаптация и применение разработанных методов в программе "Геном человека"
3.2.2.1. Анализ репрезентативных клонотек хромосом генома человека
3.2.2.2. Систематизация клонотеки мышиного генома