Анализ белков человека, контролирующих транскрипцию ретропозонов Alu-семейства Кропотов, Андрей Владимирович

Краткое описание

Кропотов,АндрейВладимирович.Анализбелковчеловека,контролирующихтранскрипциюретропозоновAlu-семейства: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.25. - Санкт-Петербург, 1999. - 125 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 2
ОГЛАВЛЕНИЕ I. ВВЕДЕНИЕ 8 II. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ §1 Структура и функцииретропозоновAlu-семейства§2 Регуляциятранскрипциигенов 3-го класса §3 РегуляциятранскрипцииAlu-повторов III. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ §1. Линии клеток, использованные в работе §2. Получение ядерной и цитоплазматической фракций культивируемых

стр. 4
позитивными факторами Часть 2. Клонирование и исследование свойств вероятного репрессора РПЗ-зависимойтранскрипцииAlu-повторов §1 Отбор и секвенирование кДНК-клона , кодирующегобелок, который связывается с DB-региономAlu-повторов §2 Компьютерныйанализбелковойпоследовательности §3 Экспрессия A C R

стр. 12
Е.соН, очистить рекомбинантныйбелоки исследовать его репрессорную активность в системеAluтранскрипцииin vitro. 13 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ §1 Структура и функцииретропозоновAlu-семействаБольшая часть геномов эукариот не содержит информации обелковыхпоследовательностях. У некоторых видов некодирующая

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Кропотов, Андрей Владимирович
ОГЛАВЛЕНИЕ
I. ВВЕДЕНИЕ
II. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
§1 Структура и функции ретропозонов Alu-семейства
§2 Регуляция транскрипции генов 3-го класса
§3 Регуляция транскрипции Alu-повторов
III. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
§1. Линии клеток, использованные в работе
§2. Получение ядерной и цитоплазматической фракций
культивируемых клеток
§3. Мечение проб для гель-шифт экспериментов
§4. Гель-шифт эксперименты
§5. Определение равновесной константы ДНК-связывания
для комплексов С2 и СВ
§6. Транскрипция in vitro
§7. Отбор DB31 клона из экспрессионной клонотеки HeLa в
векторе A,gt11
§8. Секвенирование ДНК
§9. Экспрессия рекомбинантного белка ACR1 (rACR1)
в E.coli
§10. Получение и очистка антител на ACR1
§11. Электрофорез и иммуноблоттинг
§12. Иммунофлуоресцентное окрашивание клеток
§13. Определение пероксидазной активности ACR1
IV. РЕЗУЛЬТАТЫ
Часть1. Анализ взаимодействия ядерных белков
человека с промотором ретропозонов А1и-семейства
§1 Участок А1и-повторов, покрывающий В-бокси последовательность, расположенную в З'-направлении от него (ВОВ-регион), взаимодействует с несколькими
ядерными белками сиквенс-специфическим образом
§2 Белок, формирующий комплекс СЗ, с большей аффинностью связывается с олигонуклеотидами, представляющими ВОВ-регионы наименее
транскрипционно-активных подсемейств А1и-ретропозонов
§3 Один из комплексов (комплекс С2), между человеческими ядерными белками и А1и-ВРВ-пробами, формируется В-бокс
связывающим белком
§4 Формирование некоторых из гель-шифт комплексов, между ядерными белками человека и промотором А1и-повторов, подавляется в клетках, инфицированных аденовирусом или
экспрессирующих аденовирусный Е1 А-ген
§5 Комплекс С2 формируется белком, отличным от ТР1НС2
§6 Белок, формирующий гель-шифт комплекс С2 с А1и-ВРВ-олигонуклеотидом, взаимодействует с В-боксом аденовирусного
/А1-гена с той же афинностью, что и с В-боксом А1и-повторов
§7 Белки НМС1/2 взаимодействует с ВОВ-регионом
А1и-повторов
§8 Формирование одного из комплексов (СЗ), образуемых ядерными белками человека с А1и-ВОВ-последовательностью,
стимулируется при добавлении экзогенных белков НМС1/2
§9 Последовательность, расположенная правее В-бокса промотора А1и-повторов (РВ-регион), связывается с
негативными факторами РПЗ-зависимой транскрипции, а последовательность, расположенная левее (UB-регион) с
позитивными факторами
Часть 2. Клонирование и исследование свойств вероятного
репрессора РПЗ-зависимой транскрипции Alu-повторов
§1 Отбор и секвенирование кДНК-клона , кодирующего белок,
который связывается с DB-регионом Alu-повторов
§2 Компьютерный анализ белковой последовательности
§3 Экспрессия ACR1 в E.coli и его очистка
§4 rACR1 связывается с BDB-регионом Alu-повторов in vitro
§5 rACR1 имеет пероксидазную активность
§6 Определение клеточной локализации ACR1
§7 Рекомбинантный ACR1 специфически репрессирует РПЗ-зависимую транскрипцию Alu-повторов in vitro
V. ОБСУЖДЕНИЕ И ВЫВОДЫ