Биоинформатический анализ РНК-хроматиновых взаимодействий Жарикова Анастасия Александровна

Краткое описание

Жарикова,АнастасияАлександровна.БиоинформатическийанализРНК-хроматиновыхвзаимодействий: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.09 /ЖариковаАнастасияАлександровна; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»]. - Москва, 2022. - 128 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ имени М. В. ЛОМОНОСОВА, ФАКУЛЬТЕТ БИОИНЖЕНЕРИИ И БИОИНФОРМАТИКИ На правах рукописиЖариковаАнастасияАлександровнаБиоинформатическийанализРНК-хроматиновыхвзаимодействий03.01.09 - математическая биология, биоинформатика ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени

стр. 8
контактировать с ДНК из этих же ТАДов. Также были выделеныРНКс тканеспецифичным относительно исследуемых клеточных линий профилемвзаимодействияс хроматином. Цель и задачи работы Цель настоящей работы заключается вбиоинформатическоманализеданных полногеномногоРНК-ДНК интерактома на примере экспериментального

стр. 9
чего удалось собрать гипотетически новые хроматин-ассоциированныеРНК. 10 Практическая значимость Разработанныйбиоинформатическийподход канализуполногеномных данныхРНК-хроматиновыхвзаимодействий, позволяет единообразно обрабатывать любые данные из методов типа все-против-всех”, вне зависимости

Оглавление диссертациикандидат наук Жарикова Анастасия Александровна
СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы исследования
Степень разработанности темы исследования
Цель и задачи работы
Объект и предмет исследования
Научная новизна
Практическая значимость
Методология и методы исследования
Положения, выносимые на защиту
Личный вклад автора
Степень достоверности данных
Публикации по теме диссертации
Апробация результатов
Структура диссертации
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Полногеномные способы обнаружения РНК-ДНК взаимодействий
Методы "один-против-всех"
Примеры хроматин-ассоциированных РНК
Методы "все-против-всех"
Другие подходы к изучению РНК-ДНК взаимодействий
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Данные полногеномного РНК-ДНК интерактома
Данные секвенирования РНК
Геномы
Разметка генов
Разметка состояний хроматина
Полногеномные разметки
Программы и пакеты
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Количество чтений в экспериментах "все-против-всех"
Анализ качества результатов секвенирования
Структура чтений библиотеки Red-C
Исследование контрольных экспериментов Red-C
Биоинформатический протокол анализа РНК-ДНК интерактома
Первичная подготовка данных
Удаление ПЦР-дубликатов
Поиск технических последовательностей
Фильтрация РНК и ДНК фрагментов контактов по длине
Картирование на референсный геном
Фильтрация результатов картирования
Исследование корректности картирования РНК-частей контактов
Сборка первичных РНК-ДНК контактов
Исследование первичных РНК-ДНК контактов
Обработка сплайсированных РНК-частей контактов
Метрики
Удаление ДНК-частей контактов из BlackList
Аннотация РНК-частей контактов генами
Удаление контактов рибосомальных РНК
Сборка новых РНК, не представленных в генной разметке
Сборка РНК-ДНК контактов до полной аннотации
Исследование вторичных РНК-ДНК контактов
Конструирование фона
Расчет хроматинового потенциала
Аннотация ДНК-частей контактов
Изучение характера РНК-ДНК взаимодействий
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ