Cпонтанная и катализируемая олигонуклеотид-пептидными конъюгатами реакция трансэтерификации РНК Староселец Ярослав Юрьевич

Краткое описание

Староселец,ЯрославЮрьевич.Cпонтаннаяикатализируемаяолигонуклеотид-пептиднымиконъюгатамиреакциятрансэтерификацииРНК: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.04 /СтароселецЯрославЮрьевич; [Место защиты: Институт химической биологииифундаментальной медицины]. - Новосибирск, 2019. - 172 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
медицины На правах рукописиСтароселецЯрославЮрьевичCпонтанная икатализируемаяолигонуклеотид-пептиднымиконъюгатамиреакциятрансэтерификацииРНК03.01.04

стр. 3
............................ 60 2.3.19 Введение флуоресцентной метки на 3‟-конец положениюРНК...................................... 61 2.3.20 Частичный гидролизРНК..................................................................................................... 61 2.3.22 РасщеплениеРНКолигонуклеотид-пептиднымиконъюгатами...................................... 62 2.3.23 РасщеплениеРНКолигонуклеотид-пептидными...

стр. 11
показана обусловленность протекания спонтаннойреакциитрансэтерификацииРНКвторичной и третичной структуройРНК. Показано, что стабильные двуцепочечные комплексыРНКмогут направлятьреакциютрансэтерификациипо определенным участкамРНК. Показано, что спонтаннаяреакциятрансэтерификацииРНКпротекает

Оглавление диссертациикандидат наук Староселец Ярослав Юрьевич
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. НАПРАВЛЕННОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ РНК КАК ТЕРАПЕВТИЧЕСКИЙ МЕТОД (ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР)
1.1 Введение
1.2 Антисмысловые олигонуклеотиды
1.3 РНК-интерференция
1.4 Рибозимы
1.5 ДНКзимы
1.6 CRISPR Cas
1.7 Искусственные рибонуклеазы
1.7.1 Искусственные рибонуклеазы, основанные на ионах лантаноидов
2+
1.7.2 иРНКазы, основанные на ионах Cu
1.7.3 иРНКазы, основанные на ионах Zn2+
1.7.4 Металл-независимые иРНКазы
1.7.5 Пептид-содержащие иРНКазы
1.8 Механизм расщепления РНК
1.8.1 Скорость реакции трансэтерификации и механизмы катализа
1.8.1.1 а-катализ
1.8.1.2 у-катализ, ô-катализ и Р-катализ
1.9 Заключение
ГЛАВА 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
2.1 Материалы
2.1.1 Реактивы
2.1.2 Праймеры и олигодезоксирибонуклеотид ON-матрица
2.1.3 Плазмиды
2.1.4 Растворы и буферы
53
2.2 Оборудование
2.3 Методы
2.3.1 Получение компетентных клеток E. coli штамма TOP10
2.3.3 Выделение плазмиды p67YF0, pHIV-2 или pSVK3M2
2.3.4 Электрофорез в ПААГ в денатурирующих условиях
2.3.5 Электрофорез в агарозном геле
2.3.6 Электрофорез в ПААГ в нативных условиях
2.3.7 Линеаризация плазмид p67YF0, pHIV-2
2.3.8 Амплификация фрагмента плазмиды, содержащей pSVK3M2, содержащей последовательность М2-РНК вируса гриппа
2.3.9 Получение РНК с помощью транскрипции in vitro
2.3.10 Дефосфорилирование фрагментов РНК щелочной фосфатазой
2.3.11 Неферментативная реакция расщепления/лигирования РНК в присутствии ионов магния
2.3.12 Синтез кДНК с продуктов неферментативной реакции расщепления/лигирования фрагментов HIV-РНК и М2-РНК (обратная транскрипция)
2.3.13 Амплификация продуктов обратной транскрипции
2.3.14 Частичный гидролиз ДНК в денатурирующих условиях
2.3.15 ТА-клонирование
2.3.16 Анализ рекомбинантных продуктов методом ПЦР с бактериальных колоний
2.3.17 Определение нуклеотидной последовательности участков плазмиды
2.3.19 Введение флуоресцентной метки на 3'-конец положению РНК
2.3.20 Частичный гидролиз РНК
2.3.22 Расщепление РНК олигонуклеотид-пептидными конъюгатами
2.3.23 Расщепление РНК олигонуклеотид-пептидными конъюгатами в условиях многооборотной реакции
2.3.24 Пробинг структуры РНК с помощью РНКазы А
2.3.25 Моделирование структуры пептида [LRLRG]2 с малеимидным и аминогексильным линкерамм
ГЛАВА 3. СПОНТАННАЯ И КАТАЛИЗИРУЕМАЯ ОЛИГОНУКЛЕОТИД-ПЕПТИДНЫМИ КОНЪЮГАТАМИ РЕАКЦИЯ ТРАНСЭТЕРИФИКАЦИИ РНК
3.1 Рекомбинация РНК
3.1.1 Введение
3.1.2 Модельная система и условия реакции
3.1.3 Схема реакции и метод идентификация продуктов рекомбинации
3.1.4 ТА клонирование
3.1.5 Классификация рекомбинантных продуктов
3.1.6 Продукт Pr-1 (группа G0)
3.1.7 Продукты G-1
3.1.8 Продукты G-2
3.1.9 Продукты G-3
3.1.10 Продукты G-4
3.1.11 Продукты G-5
3.1.12 Молекулярное моделирование продуктов группы G2
3.1.12 Паттерн расщепления РНК
3.1.13 Лигирование РНК в петлях
3.1.14 Равновесие между расщеплением и лигированием
3.1.15 Направленная рекомбинация
3.1.16 Заключение
3.2 Сайт-направленное расщепление модельной РНК олигонуклеотид-пептидными конъюгатами различной структуры
3.2.1 Введение
3.2.2 РНК-субстраты
3.2.3 Линейные олигонуклеотид-пептидные конъюгаты
3.2.3.1 Дизайн линейных олигонуклеотид-пептидных конъюгатов
3.2.3.2 Связывание линейных олигонуклеотид-пептидных конъюгатов с тРНК
3.2.3.3 Расщепление тРНК^ линейными ОПК
Phe
3.2.3.4 Кинетика расщепления тРНК линейными олигонуклеотид-пептидными конъюгатами
3.2.3.5 Концентрационная зависимость расщепления тРНК^ конъюгатом P4G-A-COOH
3.2.3.6 Оценка радиуса действия линейных олигонуклеотид-пептидных конъюгатов в
Phe
составе комплекса с тРНК
3.2.3.7 Влияние структуры линейных олигонуклеотид-пептидных конъюгатов на эффективность расщепления тРНК^
3.2.4 «Двойные» конъюгаты (DC) - конъюгаты пептида с адресующими олигонуклеотидами, присоединенными к N-и С-концам пептида
3.2.4.1 Дизайн конъюгатов
3.2.4.2 Связывание двойных конъюгатов с 3' -БГТС-тРНК№е
3.2.4.3 Расщепление 3'-FITC-тРНКPhe двойными конъюгатами
3.2.4.4 Влияние структуры двойных ОПК на эффективность расщепления тРНК№е
3.2.4.5 Специфичность расщепления 3'-FITC-тРНКPhe конъюгатами DC6 и DC7
3.2.4.6 Оценка расстояний до сайтов расщепления
3.2.4.7 Концентрационные зависимости расщепления 3' -ЕГТС-тРНК№е
3.2.4.8 Расщепления 3'-РГТС-тРНК№е конъюгатом DC6 в условиях многооборотной реакции
3.2.4.9 Заключение
3.2.5 «Петлеобразующие» конъюгаты - конъюгаты пептида и адресующего олигонуклеотида, индуцирующие формирование петли в РНК-мишени
3.2.5.1 Дизайн петлеобразующих конъюгатов
3.2.5.2 Связывание петлеобразующих конъюгатов с тРНК
3.2.5.3 Пробинг структуры комплекса тРНКPhe:BCn РНКазой А
3.2.5.4 Расщепление тРНК№е конъюгатами BCn; роль последовательности петли
3.2.5.5 Расщепление конъюгатами BC-a тРНК№е
3.2.5.6 Концентрационная зависимость расщепления конъюгатами BC-a тРНК
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ