Физическая и генная карта фрагмента генома Corynebactetium glutamicum ATCC 13032 Боринская, Светлана Александровна

Краткое описание

Боринская,СветланаАлександровна.ФизическаяигеннаякартафрагментагеномаCorynebactetiumglutamicumATCC13032: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.15. - Москва, 1999. - 153 с.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
ИНСТИТУТ ОБЩЕЙ ГЕНЕТИКИ им. Н.И.ВАВИЛОВА РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК на правах рукописиБоринскаяСветланаАлександровнаФИЗИЧЕСКМ ИГЕННАЯКАРТАФРАГМЕНТАГЕНОМАCorynebacterlmaglutamicumАТСС 13032 Специальность 0 3 . 0 0 . 1 5 - Генетика Диссертация на соискание ученой с т е п е н и к а н д и д а т

стр. 5
гибридизации. Расстояние междуфизическимимаркерами определяется в парах нуклеотидов.Геннаякарта-карта, полученная при определении местоположения генов нафизическойкарте. Рестрикционнаякарта- видфизическойкарты, на которой указаны расстояния между соседними сайтами расщепления ДНК определенной рестриктазой.

стр. 15
районе [Ely et al., 1990]. получили развитие методыфизического(рестрикционные или клонированные картированиягеномов.Картагенома, маркеры которой выявляютсяфрагментыДНК) называетсяфизическойкартойгенома. На основе полученныхфизическихпостроение генетическойкартопределение локализации геновкарты

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Боринская, Светлана Александровна
ОГЛАВЛЕНИЕ
Словарь использованных терминов
Введение
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1. Структура прокариотических геномов
1.1. Карты бактериальных геномов
1.2. Размеры и топология геномов
1.3. GC-состав геномов
1.4. Структуры, связанные с репликацией
1.5. Выявление ORF и определение функций белка
1.6. Интроны и интеины
1.7. Паралогичные и ортологичные гены
1.8. Сравнение геномов
1.8.1. Кластеры ортологичных генов
1.8.2. Минимальный набор генов
1.9. Некоторые группы генов
1.9.1. Гены экологической спцефичности
1.9.2. Гены вирулентности. Островки патогенности
1.9.3. Гены рестриктаз
1.9.4. Мобильность
1.9.5. Транспорт
1.10. Повторяющиеся последовательности
1.11. Оперонная организация генов бактерий
1.12. Изменение структуры бактериальных геномов в процессе функционирования и в эволюции
2. Физическое картирование геномов бактерий
2.1. Получение макрорестрикционных карт бактериальных
геномов
2.2. Конструирование энциклопедий генов
2.2.1. Конструирование библиотек генов
2.2.2. Формирование энциклопедий
2.2.2.1. Построение физической карты генома на основе рестрикционного анализа клонов
2.2.2.2. Построение физической карты на основе гибридизационного анализа клонов
2.2.2.3. Картирование генов при помощи гибридизации с синтетическими олигонуклеотидами
2.3. Секвенирование целых геномов
3. Коринебактерии как объект молекулярно- генетических исследований
3.1. Размер генома коринебактерий
3.2. Плазмиды и фаги коринебактерий
3.3. Метилирование и рестрикция
3.4. Введение ДНК в клетки коринебактерий
3.5. Клонирование и секвенирование генов коринебактерий
3.6. Картирование генома С.фйатюит АТСС13032
4. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
5. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
5.1. Конструирование и анализ представительности
космидной библиотеки С. ^1и1атсит АТСС13032
5.1.1. Конструирование космидной библиотеки
5.1.2. Рестрикционный анализ рекомбинантных космид и определение представительности библиотеки
5.1.3. Гибридизационный анализ рекомбинантных космид
гибридизции
5.1.3.2. Контроль результатов гибридизации с помощью рестрикционного анализа космид
5.1.3.3. Выявление космид, соответствующих клонированным генам С.фйатХсит АТСС13032
5.2. Гибридизационное картирование фрагмента хромосомы С^Матгсит АТСС 13032 с помощью панели клонов
5.2.1. Схема построения контига
5.2.2. Выявление групп космид, соответствующих уникальным генам коринебактерии
5.2.2Л. Выбор олигонуклеотидных зондов
5.2.2.2. Гибридизация олигонуклеотидных зондов с панелью клонов
5.2.2.3. Сравнение результатов картирования генов на
панели клонов и макрорестрикционной карте
5.2.3. «Шагание» по хромосоме С.%1Шатжит АТСС 13032
5.3. Построение космидного контига области генома С^Шатгсит АТСС13032
5.4.Генная карта участка хромосомы С.%1гйат1сит АТСС13032
6. ВЫВОДЫ
Список литературы
Приложение 1. Размеры рестрикционных фрагментов
240 рекомбинантных космид
Приложение 2. Результаты гибридизации рибозондов с панелью
космидных клонов