Функциональные особенности трансляционных факторов eIF2D/TMA64, MCT-1/TMA20 и DENR/TMA22 Макеева Десислава Сантимировна

Краткое описание

Оглавление диссертациикандидат наук Макеева Десислава Сантимировна
2.4 Трансляционные факторы eIF2D (TMA64), MCT-1 (TMA20), DENR (TMA22): общие сведения
2.5 Строение факторов eIF2D и MCT-1/DENR
2.6 Строение мРНК факторов eIF2D, MCT-1, DENR
2.7 Нарушения, ассоциированные с изменениями экспрессии eIF2D, MCT-1 и DENR
2.7.1 Генетические и физические взаимодействия eIF2D, MCT-1 и DENR
2.7.2 Нарушения клеточного цикла, ассоциированные со сверхэкспрессией MCT-1
2.7.3 Нарушения развития, ассоциированные с мутациями DENR
2.7.4 Влияние отсутствия eIF2D на фенотип
2.8 Участие факторов eIF2D и MCT-1/DENR в реинициации трансляции
2.9 Присутствие трансляционных факторов в стресс-гранулах
3 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1 Культивирование клеток дрожжей и культур клеток млекопитающих
3.2 Рибосомный профайлинг штаммов дрожжей wt, Atma.20, Atma64, AAtma64tma20
3.2.1 Получение экстракта дрожжевых клеток
3.2.2 Процедура экстракции поли(А)-мРНК
3.2.3 Обработка клеточного экстракта РНКазой I
3.2.4 Центрифугирование в градиенте концентрации сахарозы
3.2.5 Процедура экстракции РНК из фракций сахарозного градиента
3.3 Подготовка репортерных мРНК
3.3.1 Получение набора мРНК с различными uORF в 5'-НТО
3.3.2 Получение репортерных мРНК, кодирующих одновременно пару люцифераз Renilla и Firefly
3.3.3 Получение репортерных мРНК с природными лидерами
3.4 Амплификация участка ДНК с помощью ПЦР
3.5 Депротеинизация и осаждение ДНК
3.6 In vitro транскрипция
3.7 Пост-транскрипционное кэпирование мРНК
3.8 Подготовка цитоплазматических экстрактов клеток дрожжей
3.9 Трансляция in vitro в цитоплазматических экстрактах клеток дрожжей
3.10 Метод краткосрочной мРНК-трансфекции (FLERT)
3.11 Иммуноцитохимическое окрашивание клеток HeLa
4 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Рибосомный профайлинг дрожжевых штаммов
4.2 Анализ рибосомного профайлинга штаммов дрожжей, нокаутных по генам TMA20 и TMA64
4.2.1 Результаты анализа представленности функциональных групп генов
4.2.2 Нокаут гена TMA64 приводит к изменению в транскрипции и трансляции гена APC4
4.2.3 Нокаут генов TMA20 и TMA64 приводит к изменению экспрессии генов МАТ-локуса
4.2.4 Нокаут генов TMA20 и TMA64 приводит к изменениям в трансляции коротких открытых рамок считывания в 5'-НТО мРНК GCN4
4.3 TMA20/TMA22 (MCT-1/DENR) и TMA64 (eIF2D) подавляют реинициацию трансляции in vitro
4.3.1 Отсутствие факторов TMA64 (eIF2D) и TMA20 (MCT-1) специфически усиливает трансляцию мРНК с uORF
4.3.2 Эффект не является результатом проявления «leaky scanning» или рибосомного слайдинга
4.3.3 Отсутствие факторов TMA20/TMA22 и TMA64 приводит к повышенной реинициации после трансляции полноразмерной рамки считывания
4.3.4 Белки MCT-1/DENR и eIF2D человека, ортологичные дрожжевым TMA20/TMA22 и TMA64, способны заменять TMA20/TMA22 in vitro
4.3.5 Влияние отсутствия факторов TMA20/TMA22 и TMA64 на реинициацию
трансляции мРНК с природными лидерами
4.4 Белки eIF2D, МСТ-1 и DENR релокализуются в стресс-гранулы при окислительном стрессе, индуцированном арсенитом
4.5 Трансляция мРНК eIF2D при осмотическом стрессе регулируется uORF в её 5'-НТО
5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ