Ген гемолизина II Bacillus cereus: клонирование, регуляция экспрессии, идентификация продукта Бударина, Жанна Игоревна

Краткое описание

Бударина,ЖаннаИгоревна.ГенгемолизинаIIBacilluscereus:клонирование,регуляцияэкспрессии,идентификацияпродукта: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.15. - Пущино, 2005. - 141 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
РОССИЙСКАЯМ^КАДЕМИЯ НАУК ИНСТИТУТ БИОХИМИИ И ФИЗИОЛОГИИ МИКРООРГАНИЗМОВ и м . Г.К. СКРЯБИНА на правах рукописиБУДАРИНАЖАННАИГОРЕВНАГЕНГЕМОЛИЗИНАИBACILLUSCEREUS:КЛОНИРОВАНИЕ,РЕГУЛЯЦИЯЭКСПРЕССИИ,ИДЕНТИФИКАЦИЯПРОДУКТАДиссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук 03.00.15

стр. 2
цитолизины аэролизинового типа: а-ГемолизинS. aureus 1.3.Регуляцияэкспрессиигеновбактериальныхгемолизинов1.3.1. Общие принципырегуляции1.3.2. Системы, контролирующиегеныгемолизинову Staphylococcus aureus 1.3.3. Генетические механизмы, контролирующиеэкспрессиюгемолизинову Listeria monocytogenes 1.3.4.Регуляцияэкспрессиигемолизинову Clostridiumperfringens 1.4.Гемолизины...

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Бударина, Жанна Игоревна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Гемолизины как группа бактериальных токсинов 12 1.1.1 .Общие сведения о бактериальных токсинах
1.1.2. Место гемолизинов в классификации токсинов
1.1.3. Гемолизины как факторы патогенности и вирулентности
1.1.4. Эволюционная и адаптационная роль гемолизинов
1.2. Типы бактериальных гемолизинов
1.2.1. Фосфолипазы - цитолизины с ферментативной активностью
1.2.2. Порообразующие гемолизины
1.2.2.1. Гемолизин Е. coli и семейство RTX
1.2.2.2. Гемолизины семейства Proteus/Serratia
1.2.2.3. Р-Складчатые каналобразующие цитолизины.
Семейство SH-токсинов
1.2.2.4. р-Складчатые каналобразующие цитолизины аэролизинового типа: а-Гемолизин S. aureus
1.3. Регуляция экспрессии генов бактериальных гемолизинов
1.3.1. Общие принципы регуляции
1.3.2. Системы, контролирующие гены гемолизинов у Staphylococcus aureus
1.3.3. Генетические механизмы, контролирующие экспрессию гемолизинов у Listeria monocytogenes
1.3.4. Регуляция экспрессии гемолизинов у Clostridiumperfringens
1.4. Гемолизины Bacillus cereus
1.4.1. В. cereus как объект для изучения гемолизинов
1.4.2. Спектр гемолизинов, продуцируемых Bacillus cereus
1.4.2.1. Сф ингомиелиназа и цереолизин АВ
1.4.2.2. Цереолизин (гемолизин I)
1.4.2.3. Гемолизин BL
1.4.2.4. Гемолизин III
1.4.2.5. Гемолизин IV (токсин CytK)
1.4.2.6. Цереолизинподобный гемолизин
1.4.2.7. Гемолизин II
1.4.3. Регуляция продукции гемолизинов у В. cereus
Глава II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
II. 1. Материалы
II. 1.1. Штаммы бактерий, фаговые и плазмидные векторы
II. 1.2. Среды и основные буферы
II. 1.3. Материалы и реактивы
II.2. Методы исследования
11.2.1. Выделение тотальной ДНК из микроорганизмов рода Bacillus
11.2.2. Выделение плазмидной ДНК
11.2.3. Выделение одноцепочечной ДНК фага М
11.2.4. Препаративное выделение фрагмента ДНК
11.2.5. Получение компетентных клеток E.coli и их трансформация
11.2.6. Получение компетентных клеток В. subtilis и их трансформация
11.2.7. Отбор рекомбинантных клонов по гемолитическому фенотипу
11.2.8. Тестирование клонов на наличие активности фосфолипазы С
11.2.9. Анализ рекомбинантных клонов
11.2.10. Проведение реакций модификации ДНК
11.2.11. ПЦР-амплификация ДНК
11.2.12. Плазмидные конструкции
11.2.13. Определение и анализ первичной последовательности ДНК
11.2.14. ДНК-ДНК гибридизация
11.2.15. Получение миниклеток и анализ их белков, кодируемых плазмидами
11.2.16. Получение бесклеточных экстрактов
11.2.17. Тестирование гемолитической активности
11.2.18. Тестирование влияния холестерина
11.2.19. Фракционирование клеток
11.2.20. Определение (3-галактозидазной активности
11.2.21. Экспрессия и очистка до гомогенного состояния рекомбинантного белка N6His-HlyIIR.
11.2.22. Электрофорез в ПААГ
11.2.23. Тестирование связывания N6His-HlyIIR с ДНК
11.2.24. «Фут-принтинг»
11.2.25. Реакция удлинения праймера
Глава III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
III. 1.Клонирование и идентификация генетической детерминанты гемолизина II 60 III. 1.1.Получение рекомбинантных гемолитических клонов и их фенотипический анализ
III. 1.2.Физическое и делеционное картирование рекомбинантных плазмид 60 III. 1.3. Идентификация гемолизина, кодируемого клонированным фрагментом
HI.1.3.1. Способы идентификации
III. 1.3.2. Гибридизационный анализ
III. 1.3.3. Идентификация с использованием функциональных и биохимических тестов
III. 1.3.4 Гемолизин II и цереолизинподобный гемолизин
111.2. Некоторые свойства гемолизина II, продуцируемого рекомбинантными клетками Е. coli и В. subtilis
111.2.1. Оценка молекулярной массы гемолизина II
111.2.2. Действие гемолизина II на эритроциты различных видов млекопитающих
111.2.3. Продукция гемолизина II рекомбинантными клетками Е. coli и
В. subtilis: локализация, влияние температуры
111.2.4. Температурная инактивация гемолизина II
111.3. Анализ нуклеотидной последовательности гена гемолизина II В. cereus и выведенной аминокислотной последовательности
111.3.1. Локализация гена гемолизина II в пределах клонированного фрагмента ДНК
111.3.2. Анализ первичной структуры гена hly II
111.3.3. Анализ выведенной аминокислотной последовательности гемолизина II
111.3.3.1. Общий заряд белка
111.3.3.2. Анализ предполагаемого сигнального пептида
111.3.3.3. Гомология гемолизина II с а-токсином S. aureus и с другими белками
111.3.3.4. Участие С-концевой области гемолизина II в обеспечении его гемолитической функции
111.4. Распространение гемолизина II среди представителей Bacillus цереусной группы
111.4.1. Тестирование штаммов на присутствие последовательностей ДНК, гомологичных участку, содержащему hlyll
111.4.2. Тестирование гемолитической активности штаммов
III.4.3. Клонирование и идентификация генетической детерминанты гемолизина II В. thuringienssis
III.5. Регулятор экспрессии гена гемолизина II В. cereus
111.5.1. Анализ нуклеотидной последовательности области ДНК, прилежащей к 3'-концу гена hlyll: обнаружение hlyllR
111.5.2. Влияние гена hlyllR на гемолитическую активность, обусловленную экспрессией hlyll
111.5.3. Анализ выведенной аминокислотной последовательности HlyllR
111.5.4. Влияние hlyllR на экспрессию Р-галактозидазы, осуществляемую с промоторной области hlyll
111.5.5. Выделение рекомбинантного белка 6HisHlyIIR