Характеристика взаимодействия ДНК-узнающего участка белка и ДНК по большой бороздке Васильев, Сергей Александрович Васильев, Сергей Александрович

Краткое описание

Васильев,СергейАлександрович.ХарактеристикавзаимодействияДНК-узнающегоучасткабелкаиДНКпобольшойбороздке: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 1999. - 136 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
()1 • U U - 6 I Ö 1 f Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии РАСХН Ка правах рукописиВАСИЛЬЕВСЕРГЕЙАЛЕКСАНДРОВИЧХАРАКТЕРИСТИКАВЗАИМОДЕЙСТВИЯДНК-УЗНАЮЩЕГОУЧАСТКАБЕЛКАИ Д Н К п оБОЛЬШОЙБОРОЗДКЕ03.00.03. — молекулярная биология Диссертация на соискание

стр. 6
доноров, акцепторов протонов и атомов на поверхностибольшойбороздкиДНКиграет существенную роль в механизме узнаванияДНКбелком.Белки, свя­ зывающиеся сДНКсо стороныбольшойбороздки,узнаюттотучасток7ДНК, для которого энергиявзаимодействияаминокислотных остатков с поверхностьюбольшойбороздкиДНКбольше, чем для другихучас­ тков. На этом предположении...

стр. 9
основе функционирования клетки. С увеличением количества данных о структуреДНК-белковых комплексов все яснее становится механизмДНК-белковоговзаимодействия. СредиДНК;белков, взаимодействующихузнающиеопределенную сДНКвьщеляютДНК; несколькобелки, не групп:белки,узнающиеспецифическую последовательность основанийбелки, К конформацию к специфически связывающиеся сДНК.белкам, обладающим...

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Васильев, Сергей Александрович
Список принятых сокращений.
1. Введение.
2. Цель и задачи работы.
3. Научная новизна.
4 . Обзор литературы.
4.1. Принципы узнавания ДНК белком.
4.2. Особенности структуры ДНК.
4.3. Роль а-спирали и ^-структуры в образовании ДНК-белковых комплексов.
4.4. Строение ДНК-узнающих областей белка.
4.5. Роль конформационных изменений ДНК в образовании ДНК-белковых комплексов.
4.6. ДНК-узнающий домены.
4.6.1. ДНК-узнающий домен НТН.
4.6.2. Цинк содержащие ДНК-узнающие домены.
4.7. Код ДНК-белкового взаимодействия.
4.8. Базы данных, содержащие информацию о пространственной структуре ДНК-белковых комплексов.
5. Материалы и методы.
6. Определения основных объектов.
7 . Результаты.
7.1. Формализованное описание зоны контакта.
7.2. Распределение ДНК-узнающих белковых участков по кластерам.
7.3. Классификация ДНК-узнающих участков по вторичной структуре.
7.4. Распределение показателя водородных связей.
7.5. Распределение показателя гидрофобного взаимодействия.
7.6. Анализ вклада оснований ДНК в образование гидрофобного взаимодействия.
7.7. Роль коротких ДНК-узнающих участков.
7.8. Вариабельность показателей для
ДНК-узнающих участков.
7.9. Показатели у белков с малой специфичностью узнавания ДНК.
7.10. Распределение показателей по типам ДНК-узнающих доменов.
7.11. Сравнение двух показателей.
7.12. Построение таблиц физико-химических взаимодействий.
7.13. Расчет модели ДНК-белкового взаимодействия.
8. Обсуждение результатов.
8.1. Организация информации.
8.2. Выбор критерия отбора ДНК-узнающего участка фильтр 6М45).
8.3. Роли цитозина и гуанина в гидрофобном взаимодействии
8.4. Показатели взаимодействия белка с большой бороздкой ДНК.
8.5. Значение показателей у одинаковых зон контакта.
8.6. Соотношение показателей у разных
ДНК-узнающих доменов.
8.7. Построение таблиц физико-химических взаимодействий.
9. Выводы.
10. Литература.