Характеристики точечного мутагенеза в раковых клетках человека Андрианова Мария Александровна

Краткое описание

Андрианова,МарияАлександровна.Характеристикиточечногомутагенезавраковыхклеткахчеловека: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.09 /АндриановаМарияАлександровна; [Место защиты: Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича]. - Москва, 2019. - 114 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
рукописиАндриановаМарияАлександровнаХарактеристикиточечногомутагенезавраковыхклеткахчеловека03.01.09 математическая биология, биоинформатика Диссертация

стр. 7
данной работы являлось подробное изучениехарактеристикточечногомутагенезав образцахраковыхопухолейчеловека: мутационных спектров, распределения мутаций

стр. 77
(красные овалы) и 2 здоровые (синие овалы). Серым обозначены хромосомы внутриклеток. Всераковыеклеткиимеют полногеномную дупликацию. Черным обозначена мутация враковойклетке, представленная только в 1клеткеиз 3. Используя уравнение 2, мы подсчитали CCF для каждой мутации. Чистоту и копийность мутации

Оглавление диссертациикандидат наук Андрианова Мария Александровна
Введение
Актуальность темы исследования
Степень разработанности темы
Цели и задачи исследования
Научная новизна и практическая значимость
Основные положения, выносимые на защиту
Личный вклад автора в исследование
Степень достоверности и апробация результатов
Структура и объем диссертации
Список публикаций по теме диссертации
Список сокращений
Глава 1. Обзор литературы
1.1 Мутационные подписи
1.2 Репликация как источник мутаций
1.3 Система репарации неспаренных нуклеотидов
1.4 Эксцизионная система репарации нуклеотидов, ассоциированная с транскрипцией
1.5 Распределение мутаций вдоль генома в раковых образцах
1.6 Асимметрия мутаций между цепями ДНК
1.7 Изменение мутационных процессов в ходе развития опухоли
Глава 2. Асимметричная работа системы репарации неспаренных нуклеотидов на лидирующей и отстающей цепях ДНК
2.1 Материалы и методы
2.1.1 Мутационные данные
2.1.2 Определение соматических мутаций в ультрамутабильных раках
2.1.3 Репликационная асимметрия
2.1.4 Данные секвенирования фрагментов Оказаки
2.1.5 Анализ вставок и выпадений
2.1.6 Обогащение подписью APOBEC
2.1.7 Модель для мутационных смещений между цепями
2.2 Результаты
2.2.1 Паттерны мутаций в раковых образцах с инактивированным экзонуклеазным доменом полимеразы эпсилон или дельта
2.2.2 Цепеспецифичные паттерны мутаций в раковых образцах с инактивированным экзонуклеазным доменом полимеразы эпсилон или дельта
2.2.3 Мутационные спектры в раковых образцах с инактивированной MMR
2.2.4 Мутационная асимметрия в раковых образцах с инактивированной ММК
2.2.5 Репликационная асимметрия в раковых образцах с инактивированной ММК соответствует асимметрии в раковых образцах с мутированной полимеразой дельта
2.3 Обсуждение результатов
Глава 3. Свойства раковых образцов с биаллельной инактивацией MMR и мутацией в гене полимеразы эпсилон
3.1 Материалы и методы
3.1.1 Оценка микросателлитной нестабильности
3.1.2 Описание семьи и характеристики опухолей
3.1.3 Экзомное и геномное секвенирование
3.1.4 Определение происхождения мутации с помощью генотипирования
3.1.5 ПЦР длинных фрагментов и вложенная ПЦР
3.1.6 Определение участков гомозиготности
3.1.7 Иммуногистохимия белков системы репарации неспаренных нуклеотидов
3.1.8 Определение цепеспецифичности мутаций в раковой опухоли
3.1.9 Доступные данные из ранее опубликованных работ
3.1.10 Оценка доли мутаций под положительным отбором в генах-супрессорах
3.2 Результаты
3.2.1 Участки повышенной гомозиготности в исследуемых пациентах
3.2.2 Определение каузативного гомозиготного варианта в гене РЫ82
3.2.3 Отсутствие белка PMS2 в опухолях и других клетках пациентов
3.2.4 Геномная и микросателлитная стабильность
3.2.5 Независимое происхождение стоп-кодона в гене РЫ82
3.2.6 Ультрамутабильный фенотип опухолей с bMMRD и соматической мутацией в гене полимеразы эпсилон
3.2.7 Репликационная асимметрия опухолей с bMMRD и соматической мутацией в гене полимеразы эпсилон
3.2.8 Ультрамутабильные глиобластомы несут как минимум в 2 раза меньшую долю мутаций под положительным отбором, чем другие глиобластомы
3.3 Обсуждение результатов
Глава 4. Мутационные подписи базальноклеточной карциномы
4.1 Материалы и методы
4.1.1 Мутационные данные
4.1.2 Сбор образцов и секвенирование
4.1.3 Экспрессия в образцах меланомы и ВСС
4.1.4 Подсчет числа замен
4.2 Результаты и обсуждение
Глава 5. Изменение мутационных подписей в ходе развития раковой опухоли
5.1. Материалы и методы
5.1.1 Данные
5.1.2 Оценка доли раковых клеток, содержащих мутацию
5.1.3 Подписи в клональных и субклональных мутациях
5.1.4 Численное моделирование изменения интенсивности мутационных подписей
5.2 Результаты и обсуждение
5.2.1 Паттерны изменения активности основных мутационных процессов при развитии опухоли
4.2.2 Изменение распределения локальных скоростей мутирования при развитии рака
Основные результаты и выводы
Приложения
Благодарности
Список литературы
Введение