Изучение взаимодействий РНК-полимеразы с однонитевыми и двунитевыми ДНК-аптамерами Феклистов, Андрей Владимирович

Краткое описание

Феклистов,АндрейВладимирович.ИзучениевзаимодействийРНК-полимеразысоднонитевымиидвунитевымиДНК-аптамерами: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 2005. - 94 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Si''05-Sf i^83 КАФЕДРА М О Л Е К У Л Я Р Н О Й БИОЛОГИИ БИОЛОГИЧЕСКОГО ФАКУЛЬТЕТА МГУ ИМ. М. В. ЛОМОНОСОВА 11а правах рукописиФеклистовАндрейВладимировичИзучениевзаимодействийРНК-полимеразыс одноиитевыми II^двyшIteвымнДНК-аптамерамн Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических

стр. 2
процедуры SELEX Аффинность и специфичностьаптамеровХимические модификацииаптамеровОтличияРНК- иДНК-аптамеровАптамер-связывающие эпитопы белков и "сложныхмишеней" Структурные особенностиаптамеровСтруктура комплексоваптамеровс мишенямиАптамерык белкам, взаимодействующим in vivo с нуклеиновыми

стр. 35
или иначе, вопрос о способности афактора связыватьДНКи о сиквенс-специфичности этого связывания остаётся открытым. Применение синтетическихДНК-конструкций дляРНК-полимеразыизученияВ ходе исследованийРНК-полимеразыза последние двадцать лет были созданы различные конструкции, моделирующие нуклеиновый

Заключение диссертациипо теме «Молекулярная биология», Феклистов, Андрей Владимирович
Выводы
1. Получены и охарактеризованы высоаффинные ДНК-аптамеры к кор-РНК-полимеразам Е. coli и Т. aquaticus, которые являются эффективными ингибиторами транскрипции. При помощи аптамеров показано, что фактор GreB вызывает конформационные перестройки внутри главного канала РНКП.
2. Осуществлён поиск ДНК-аптамеров к изолированной а-субъединице РНК-полимеразы Т. aquaticus. Отобранные аптамеры содержат последовательность нематричной нити -10 области бактериальных промоторов. Таким образом, свободная а-субъединица способна узнавать промоторную последовательность в отсутствие кор-фермента РНК-полимеразы. Аптамеры взаимодействуют с РНК-полимеразой с высокой аффинностью и являются эффективными ингибиторами синтеза РНК in vitro.
3. Двунитевой фрагмент ДНК, содержащий последовательность аптамера к ст-субъединице Т. aquaticus, является промотором нового типа, не содержащим -35 области и TG-элемента и специфичным для холофермента РНК-полимеразы Т. aquaticus. Для узнавания аптамерного промотора необходимо наличие расширенного мотива -10 области TATAATGGGA, содержащего ранее не известный GGGA-элемент.
4. Однонитевой ДНК-аптамер к изолированной <т-субъединице Т. aquaticus служит матрицей для специфической ст-зависимой инициации транскрипции РНК-полимеразой Т. aquaticus.
Список работ, опубликованных по теме диссертации
Kulbachinskiy A., Feklistov A., Krasheninnikov I., Goldfarb A., Nikiforov V. 2004. Aptamers to Escherichia coli core RNA polymerase that sense its interaction with rifampicin, o-subunit and GreB. Eur. J. Biochem. 271: 4921-4931.
Feklistov A., Kulbachinsky A., Nikiforov V. DNA aptamers unveil sequence specificity of free sigma factor. FASEB Summer Research Conference "Transcription initiation in Prokaryotes". June 12-17, 2004, Vermont Academy in Saxtons River, Vermont, USA.
Феклистов А. В., Кульбачинский А. В., Никифоров В. Г. ДПК-связывающая специфичность ст-субъединицы РНК-полимеразы Т. aquaticus, изученная методом SELEX. Конференция молодых учёных, аспирантов и студентов по молекулярной биологии и генетике, посвященная 50-летию открытия двойной спирали ДНК, а также 30-ой годовщине Института молекулярной биологии и генетики академии наук Украины. 25-27 сентября 2003 г., Украина, Киев.
Благодарности
Автор благодарит А. В. Кульбачинского и В. Г. Никифорова за организацию работы, руководство, советы и критику, А. Гольдфарба и И.А. Крашенинникова за создание условий для работы.
Автор благодарен сотрудникам ЛМГМ, ОМГЖ ИМГ РАН и лаборатории молекулярной биофизики Рокфеллеровского университета, а также коллективу Кафедры молекулярной биологии Биологического факультета МГУ за внимание, советы и помощь в работе.

Автор очень признателен Н. Наумовой, С. Колбу, А. Кульбачинскому, Н. Севостьяновой, В. Вагину, А. и П. Моториным, М. и М. Фрих-Харам, А. Мустаеву, И. Аджубею, И. Абрамсон, А. Машину, О. Глебову, А. Ленцу, В. Эпштейну, Д. Альперну, Л. Вестблэйд и Д. Мюррей за неоценимую дружескую помощь и поддержку в процессе выполнения работы.