Классификация и идентификация структурных мотивов РНК Баулин Евгений Федорович

Краткое описание

Баулин,ЕвгенийФедорович.КлассификацияиидентификацияструктурныхмотивовРНК: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.09 /БаулинЕвгенийФедорович; [Место защиты: ФГАОУ ВО «Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)»]. - Пущино, 2021. - 134 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
прикладной математики им. М.В. Келдыша Российской академии наук» На правах рукописиБаулинЕвгенийФедоровичКлассификацияиидентификацияструктурныхмотивовРНК03.01.09 математическая биология, биоинформатика Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научные руководители: д.ф.-м.н.

стр. 8
структурыРНКостается слабо изученной. В работе впервые предложенаклассификациятретичныхмотивовРНК, объединяющая локальныемотивыимотивыс дальнодействием.

стр. 10
разработана новаяструктурнаяклассификациятретичныхмотивовРНК, объединяющая локальныемотивыимотивыс 11 дальнодействием. Разработаннаяклассификацияпозволила выявить строгую зависимость междуструктурнымокружениеммотиваи его функцией. Описаны новые типы функциональныхструктурныхмотивов, выявлены

Оглавление диссертациикандидат наук Баулин Евгений Федорович
Введение
Глава 1. Обзор литературы
1.1 Экспериментальные методы определения структуры РНК
1.2 Методы представления вторичных структур РНК
1.3 Анализ экспериментально определённых пространственных структур РНК
1.3.1 Рекуррентные третичные мотивы РНК
1.3.1.1 Мотив А-минор
1.3.1.2 Мотивы с интеркалированным основанием
1.3.2 Базы данных пространственных структур РНК
1.4 Вычислительные методы определения структуры РНК
1.4.1 Алгоритмы предсказания вторичной структуры РНК
1.4.1.1 Ковариационный анализ
1.4.1.2 Метод минимизации свободной энергии
1.4.1.3 Алгоритмы предсказания псевдоузловых структур
1.4.2 Алгоритмы поиска генов некодирующих РНК
1.4.3 Алгоритмы предсказания пространственной структуры РНК
1.4.4 Алгоритмы предсказания внутри- и межмолекулярных взаимодействий РНК
1.4.4.1 Внутримолекулярные взаимодействия и мотивы
1.4.4.2 Межмолекулярные взаимодействия
1.5 Заключение
Глава 2. Материалы и методы
2.1 Модель описания вторичной структуры РНК
2.1.1 Основные определения
2.1.2 Стемы и петли
2.1.3 Структура петель
2.1.4 Псевдоузлы
2.2 Классификация третичных мотивов РНК
2.2.1 Мотив А-минор
2.2.2 Мотивы В1Е и BWE
2.3 База данных
2.3.1 Детали реализации
2.3.2 Веб-интерфейс
2.4 Методы машинного обучения
2.4.1 Задачи классификации и выборки данных
2.4.2 Используемые модели и их параметры
2.4.3 Метрики качества
Глава 3. Результаты
3.1 База данных URSDB
3.1.1 Общие сведения
3.1.2 Веб-интерфейс
3.2 Анализ неканонических спариваний оснований в РНК
3.3 Короткие стемы в псевдоузловых структурах РНК
3.4 Классификация третичных мотивов РНК типа А-минор
3.4.1 Соответствие полученных классов и выполняемых функций
3.4.2 Новый третичный мотив РНК, содержащий А-миноры
3.4.3 Анализ кластеров А-миноров
3.4.4 Идентификация А-стемов
3.5 Аннотация и анализ мотивов BIE и BWE
3.6 Резюме результатов
Заключение
Выводы
Список публикаций по теме диссертации
Список сокращений
Список литературы