Компьютерный анализ и предсказание функциональных особенностей последовательностей ДНК Гельфанд, Михаил Сергеевич

Краткое описание

Гельфанд,МихаилСергеевич.КомпьютерныйанализипредсказаниефункциональныхособенностейпоследовательностейДНК: диссертация ... доктора биологических наук : 03.00.03. - Пущино, 1998. - 137 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Р О С С И Й С К А Я А К А Д Е М И Я Н А У К И Н С Т И Т У Т Б Е Л К АМихаилСергеевичГЕЛЬФАНДКОМПЬЮТЕРНЫЙАНАЛИЗИПРЕДСКАЗАНИЕФУНКЦИОНАЛЬНЫХОСОБЕННОСТЕЙПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙДНК03.00.03 - Молекулярная биология Диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук Пущине - 1998 СОДЕРЖАНИЕ

стр. 4
практически эквивалентнапредсказаниюбелков, закодированных в данном фрагменте, и тем самым является предпосылкой применения всей батареи методованализапервичныхпоследовательностейбелков (поиск гомологов,предсказаниепространственной структуры,предсказаниефункции и т.д.). Кроме того, предварительныйкомпьютерныйанализможет сыграть существеннуто, а иногда и решающую роль в экснериментах но идентификации генов. Сложность же этой задачи...

стр. 117
последовательностяхмулътикритериалъныйДНКвысшихпредсказаниюинтронной структуры новосеквенированных фрагментовДНК, использующий всю доступную информацию о строениифункциональныхобластейДНК. Разработана позволяющая Создан и техника векторного находить динамического оптимальные алгоритм программирования, структуры

Оглавление диссертациидоктор биологических наук Гельфанд, Михаил Сергеевич
Содержание
Общая характеристика работы_3
Введение__6
0.1. Экзон-интронная структура генов высших эукариот_8
0.2. Предсказание белок-кодирующих областей в ДНК высших эукариот_10
0.3. Предсказание белок-кодирующих областей с использование дополнительной
информации ___
0.4. Статистический анализ нуклеотидных последовательностей_17
Глава 1. Статистический анализ экзон-интронной структуры и сайтов сплайсинга_22
1.1. Статистический анализ экзон-интронной структуры __22
1.2. Статистический анализ сайтов сплайсинга__25
1.3. Контекстные особенности и корреляции___31
1.4. Обсуждение ____38
1.5. Приложение. Описание выборок__41
Глава 2. Предсказание экзон-интронной структуры_42
2.1. Метод векторного динамического программирования. Формальная постановка задачи_^______
2.2. Метод векторного динамического программирования. Основной алгоритм_45
2.3. Результаты______48
2.4. Обсуждение ________________
2.5. Приложение 1. Варианты основного алгоритма_57
2.6. Приложение 2. Общая постановка задачи на языке теории графов_59
Глава 3. Алгоритмы поддержки эксперимента по поиску генов __63
3.1. Алгоритм__________________63
3.2. Тестирование_______66
3.3. Обсуждение__
Глава 4. Предсказание экзон-интронной структуры с использованием информации о
гомологах
4.1. Сплайсированное выравнивание_73
4.2. Фильтрация потенциальных экзонов__76
4.3. Тестирование____77
4.4. Обсуждение___86
4.5. Приложение. Формальная постановка задачи и описание алгоритма_94
Глава 5. Статистический анализ последовательностей ДИК__97
5. Г Избегание палиндромов в бактериальных геномах и системы рестрикции-
модификации _______97
5.2. Продолжаемые слова_____107
5.3. Приложение. Ранговый статистический критерий для подмножеств_113
Выводы. Основные результаты___115
Список работ по теме диссертации__119
Статьи в реферируемых изданиях__119
Другие публикации____121
Литература___124