Конформационный анализ Т2-ДНК в комплексах с РНК-полимеразой Е. coli Иванова, Наталья Николаевна

Краткое описание

Иванова,НатальяНиколаевна.КонформационныйанализТ2-ДНКвкомплексахсРНК-полимеразойЕ.coli: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.02. - Пущино, 1999. - 152 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 7
происходит образование неспецифическогокомплексаРНК-полимеразыс любым случайым участкомДНК. Затем неспецифически связанная сДНКРНК-полимеразапретерпевает одномерную диффузию вдольДНК[3], что приводит к ускорению поиска промоторовРНК-пошмеразой. По-видимому, процесс одномерной или линейной диффузии

стр. 9
ДНК, в то время как контакты боковых цепей белка с основаниями в неспецифическихкомплексахотсутствуют [8]. 1.2. СпецифическиеДНК-связьшающие домеиыРНК-нолимеразы Кcoli. По ходу линейной диффузииРНК-полимеразывдольДНКпроисходит поиск участковДНК, комплементарныхДНК-связывающей поверхности фермента.

стр. 49
на воздухе и определяли радиоактивность на сцинтилляционном счетчике. ОбразованиекомплексовДНК сРНК-полимеразойЕ.coliи синтезРНК. Условия образованиякомплексовДНК сРНК-полимеразойЕ.coliбыли такими же, как описано в [111] с некоторыми модификациями. Реакционная проба (0.1 мл) содержала 12

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Иванова, Наталья Николаевна
СОДЕРЖАНИЕ
СТР
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
ГЛАВА 1. ПРОЦЕСС ТРАНСКРИПЦИИ И ФАКТОРЫ ЕГО РЕГУЛЯЦИИ
1.1. Неспецифическое связывание и поиск промоторов б
1.2. Специфические ДНК-связывающие домены РНК-полимеразы Е. coli
1.3. Участки промоторной ДНК, взаимодействующие с РНК-полимеразой
1.4. Образование закрытых промоторных комплексов
1.5. Образование открытых промоторных комплексов
1.6. Связывание инициирующих нуклеозидтрифосфатов и абортивный синтез РНК
1.7. Элонгация транскрипции 21 ГЛАВА 2. КОНФОРМАЦИОННЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ РНК-ПОЛИМЕРАЗЫ Е. COLI И ДНК В ПРОЦЕССЕ ИНИЦИАЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ.
2.1. Конформационные изменения РНК-полимеразы
2.2. Конформационные изменения промоторной ДНК в процессе инициации транскрипции
2.3. Особенности структуры и динамики промоторной ДНК. 26 2.4 Роль структуры и динамики ДНК в активации транскрипции белками-регуляторами 31 ГЛАВА 3. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ СТРУКТУРЫ И ДИНАМИКИ ДНК ' 35 ЦЕЛЬ И ОСНОВНЫЕ ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ 42 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Введение. Особенности структуры и функционирования ДНК Т-четных фагов
ГЛАВА I. МОДИФИКАЦИЯ ДНК Т-ЧЕТНЫХ ФАГОВ СПИНОВЫМИ МЕТКАМИ
1.1. Модификация Т2-ДНК 2,2',6,6'-тетраметил-4-
бромоацетоксшшперидин-1 -оксидом (I)
1.2. Модификация Т2- и Т4-ДНКЛЧ2,2'Д5'-тетраметил-3-карбоксипирролидин-1 -оксил)-имидазолом (II)
1.3. Компьютерные программы, используемые для моделирования ЭПР-спектров спин-меченой ДНК
1.4. Моделирование ЭПР-спектров свободной имидазолидной спиновой метки
1.5. Моделирование ЭПР-спектров спин-меченой глюкозилированной ДНК фага Т4
1.6. Моделирование ЭПР-спектров спин-меченой
неглюкозилированной ДНК мутантного фага Т4
ГЛАВА 2. КОНФОРМАЦИОННЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ ПРОМОТОРНЫХ УЧАСТКОВ ГЛЮКОЗИЛИРОВАННОЙ ДНК ФАГА Т2, МОДИФИЦИРОВАННОГО СПИНОВОЙ МЕТКОЙ I, В ПРОЦЕССЕ ОБРАЗОВАНИЯ ОТКРЫТЫХ ПРОМОТОРНЫХ КОМПЛЕКСОВ С РНК-ПОЛИМЕРАЗОЙ Е. COLI.
2.1. Матричная активность Т2-ДНК, модифицированного радикалом I
2.2. Локализация спин-меченых участков в промоторно-полимеразных комплексах
2.3. Конформационные изменения Т2-ДНК, модифицированной бромацетатной спиновой меткой по легкоплавким участкам, в процессе образования открытых промоторных комплексов с РНК-полимеразой Е. coli
2.4. Моделирование ЭПР-спектров Т2-ДНК, модифицированной по
легкоплавким участкам бромацетатной спиновой меткой, при комплексообразовании с РНК-полимеразой Е. coli.
ГЛАВА 3. КОНФОРМАЦИОННЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ ГЛЮКОЗИЛИРОВАННОЙ ДНК ФАГА 12, МОДИФИЦИРОВАННОЙ СПИНОВОЙ МЕТКОЙ Ii В ПРОЦЕССЕ ОБРАЗОВАНИЯ ОТКРЫТЫХ ПРОМОТОРНЫХ КОМПЛЕКСОВ С РНК-ПОЛИМЕРАЗОЙ Е. COLI.
3.1. Матричные свойства ДНК Т-четных фагов, модифицированной спиновой меткой И
3.2. Изменения ЭПР-спектров Т2-ДНК, модифицированной имидазолидной спиновой меткой, в процессе комплексообразования с РНК-полимеразой Е. coli
3.3. Моделирование ЭПР-спектров Т2-ДНК, модифицированной имидазолидной спиновой меткой, в процессе комплексообразования с РНК-полимеразой
3.4. Масштабы конформационных изменений, регистрируемых с помощью нитроксильного радикала II при образовании открытых промоторных комплексов
3.5. Характер конформационных измеиений, регистрируемых с помощью нитроксильного радикала II при образовании открытых промоторных комплексов
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
128
ВЫВОДЫ
132
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
133