Кристаллографическое исследование структурной изменчивости фрагментов ДНК Малинина, Людмила Викторовна

Краткое описание

Малинина,ЛюдмилаВикторовна.КристаллографическоеисследованиеструктурнойизменчивостифрагментовДНК: диссертация ... доктора физико-математических наук : 01.04.18. - Москва, 1999. - 231 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Российская Академия наук Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта ВАК Р о с С И1-1 |! '•••5МалининаЛюдмилаВикторовнаКристаллографическоеисследованиеструктурнойизменчивостифрагментовД Н К Специальность 01.04.18 - Кристаллография, физика кристаллов Диссертация на соискание ученой степени

стр. 2
Определения, используемые при описании структурыДНК.32 1.4 Форма двойной спирали в кристаллах олигонуклеотидов 1.5 Влияние окружения на структуруфрагментаДНК38 43 1.6СтруктурнаяизменчивостьфрагментовДНК. Задачи диссертационной работы 48 ГЛАВА 2. Методические особенности кристаллографииДНК(по

стр. 9
ДНК. Поиску ответов на эти вопросы и посвящена данная диссертационная работа, представляющая собойкристаллографическоеисследованиеструктурнойизменчивостиразличныхфрагментовДНК. На примерахфрагментовВ, 2 и А-ДЙК показано, что структура двойной спирали в кристаллах меняется с изменением окружения

Оглавление диссертациидоктор физико-математических наук Малинина, Людмила Викторовна
Введение.
ГЛАВА 1. Дискуссия: тонкая структура и структурная изменчивость двойной спирали (по литературе). Задачи диссертационной работы.
1.1 Дифракция на волокнах и разные формы двойной спирали.
1.2 Появление кристаллографии олигонуклеотидов.
1.2.1 Структура гексамера СвСвСв. Открытие Z-ДHK.
1.2.2 Чередующаяся пурин-пиримидиновая последовательность
1.2.3 Кристаллическая упаковка 2-ДНК.
1.2.4 Додекамер СОСОААТТСОСО и октамер ООТАТАСС первые представители фрагментов В- и А-ДНК.
1.3 Тонкая структура двойных спиралей.
1.3.1 Возможно ли «непрямое» узнавание белками участка ДНК? Структура комплекса ¿ф-репрессор/оператор.
1.3.2 Правила Калладайна.
1.3.3 Определения, используемые при описании структуры ДНК
1.4 Форма двойной спирали в кристаллах олигонуклеотидов.
1.5 Влияние окружения на структуру фрагмента ДНК.
1.6 Структурная изменчивость фрагментов ДНК. Задачи диссертационной работы
ГЛАВА 2. Методические особенности кристаллографии ДНК (по литературе)
2.1 Об отличиях в кристаллизации олигонуклеотидов и белков .51.
2.2 Методы определения структуры олигонуклеотидных дуплексов
2.2.1 Тяжелоатомные производные.
2.2.2 Прямой поиск.
2.2.3 Максимум энтропии.
2.2.4 Молекулярное замещение. Программа АМоЫе.
2.3 Кристаллографическое уточнение. Программа X-PLOR.
2.4 Анализ структуры фрагментов двойных спиралей. Программы NEWHELIX и CURVES.
ГЛАВА 3. В-ДНК: структура додекамера CGCTCTAGAGCG и октамера CGCTAGCG. Тонкая структура последовательности CTAG в различном окружении.
3.1 Методическая часть.
3.1.1 кристаллы.
3.1.2 сбор данных.
3.1.3 определение и уточнение структуры додекамера CGCTCTAGAGCG
3.1.4 определение и уточнение структуры октамера CGCTAGCG
3.2 Особенности кристаллической упаковки додекамеров В-ДНК с CG-концами
3.3 Упаковка додекамеров в столбики и средний угол спирального поворота
3.4 Схемы упаковок дуплексов другой длины с CG-концами
3.4.1 Декамеры.
3.4.2 Октамеры.
3.5 Упаковка додекамера CGCTCTAGAGCG и октамера CGCTAGCG в реальных кристаллах
3.6 Сравнение структуры двух дуплексов додекамера CGCTCTAGAGCG и трех дуплексов октамера CGCTAGCG.
3.6.1 структурные параметры.
3.6.2 особенности анализа локальных и средних структурных параметров ДНК-фрагментов.
3.7 Тонкая структура тетрамера CTAG в различном окружении.