Моделирование структуры и мембранной топологии цитохрома b5 Смолинская, Юлия Юрьевна

Краткое описание

Смолинская,ЮлияЮрьевна.Моделированиеструктурыимембраннойтопологиицитохромаb5: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.04. - Москва, 2005. - 114 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
правах рукописиСмолинскаяЮлияЮрьевнаМОДЕЛИРОВАНИЕСТРУКТУРЫИМЕМБРАННОЙТОПОЛОГИИЦИТОХРОМАВ5 03.00.04 - биохимия Диссертация на соискание ученой

стр. 6
модели фосфолипидного бислоя длямоделированияпериферическихмембранныхбелков на примере моноаминоксидазы А (МАО А). ВыполнитьмоделированиеструктурыимембраннойтопологиицитохромаЬ5 вмембранномокружении. Выполнить анализ возможных вариантовмембраннойтопологиицитохромаЬ5 и сравнить их с известными

стр. 70
моделей вручную. Полученныеструктурыбыли использованы для дальнейшегомоделированияМД. 4.2.1.МоделированиеМДцитохромаЬ5 в трансмембраннойтопологииМоделированиецитохромаЬ5 в Т-топологии происходило в два этапа. На первом этапе была получена модель бислоя со сквозным отверстием для размещения трансмембранного

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Смолинская, Юлия Юрьевна
1. Введение
2. Обзор литературы
2.1. Моделирование липидных бислоев
2.1.1. Необходимость моделирования бислоев
2.1.2. Типы моделей мембран
2.1.3. Методы моделирования
2.1.4. Моделирование молекулярной динамики бислоя
2.1.5. Верификация моделей мембран
2.2. Моделирование мембранных белков и пептидов
2.2.1. Моделирование мембранных пептидов
2.2.2. Моделирование белков в липидном бислое
2.2.3. МАО А
2.3. Функции и свойства цитохрома Ь
2.3.1. Функции, структура и свойства цитохрома Ь
2.3.2. Моделирование мембраносвязанного домена цитохрома Ь
3. Объекты и методы
3.1. Аппаратная и программная база работы
3.2. Объекты
3.3. Конструирование молекулы ДПФХ
3.4. Конструирование липидного бислоя из ДПФХ
3.5. Оптимизация бислоя из ДПФХ
3.6. Верификация модели мембраны
3.7. Подтверждение пригодности модели бислоя из ДПФХ для моделирования мембранных белков
3.8. Конструирование цитохрома Ь5 в петлевой и трансмембранной топологии
3.9. Оптимизация модели бислоя для моделирования цитохрома Ь5 в трансмембранной и петлевой топологиях
3.10. Оптимизация цитохрома Ь
4. Результаты
4.1. Построение и оптимизация модели липидного бислоя из ДПФХ
4.1.1. Моделирование МД бислоя из ДПФХ
4.1.2. Анализ результатов моделирования МД бислоя из ДПФХ 51 4.2 Моделирование цитохрома Ь5 в мембранном окружении
4.2.1. Моделирование МД цитохрома Ь5 в трансмембранной топологии
5. Обсуждение
6. Выводы