Молекулярная динамика пептидов и сравнительное изучение динамических свойств природных L-аминокислотных остатков Сарайкин, Сергей Сергеевич

Краткое описание

Сарайкин,СергейСергеевич.МолекулярнаядинамикапептидовисравнительноеизучениединамическихсвойствприродныхL-аминокислотныхостатков: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.00.02. - Москва, 1999. - 114 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова Биологический факультетСарайкинСергейСергеевичУДК 577.3МОЛЕКУЛЯРНАЯДИНАМИКАПЕПТИДОВИСРАВНИТЕЛЬНОЕИЗУЧЕНИЕДИНАМИЧЕСКИХСВОЙСТВПРИРОДНЫХЕ-АМИНОКИСЛОТНЫХОСТАТКОВ. 03.00.02 - биофизика Диссертация на соискание ученой степени кандидата

стр. 2
компьютерного моделированиядинамикимолекул. 1.1.Молекулярнаядинамика. 1.1.1. Расчёт ньютоновских траекторий движения 1.1.2. Методы ускорения расчётовмолекулярнойдинамики. 1.1.3. Методымолекулярнойдинамикипри постоянной температуре. 1.1.3.1. Методы, фиксирующие кинетическую энергию. 1.1.3.2. Методы,

стр. 81
молекулярныхсистем как в модельной среде, так и в реальном растворителе. Впервые проведено подробное исравнительноеизучениединамическихсвойстврядов модифицированных дипептидов в условиях, когда фигуративная точка сканирует практически все области доступного конфигурационного пространства. Впервые было проведено систематическоеизучениединамическихсвойствмономеров белков - аминокислот в составе модифицированных дипептидов. На...

Оглавление диссертациикандидат физико-математических наук Сарайкин, Сергей Сергеевич
Введение
Глава 1. Методы компьютерного моделирования динамики молекул.
1.1. Молекулярная динамика.
1.1.1. Расчёт ньютоновских траекторий движения
1.1.2. Методы ускорения расчётов молекулярной динамики.
1.1.3. Методы молекулярной динамики при постоянной температуре.
1.1.3.1. Методы, фиксирующие кинетическую энергию.
1.1.3.2. Методы, моделирующие динамику системы в тепловом резервуаре.
1.2. Метод Монте-Карло.
1.2.1. Метод Монте-Карло с критерием Метрополиса.
1.2.2. Модель роста цепи.
1.2.3. Модификации метода Монте-Карло с критерием Метрополиса.
1.2.4. Молекулярная динамика с Window Moves.
1.2.5. Монте-Карло в пространстве последовательностей аминокислот.
1.3. Метод минимизации потенциальной энергии.
1.4. Методы изучения молекулярной подвижности белка вблизи одной конформации.
1.4.1. Метод нормальных мод.
1.4.2. Поиск путей перехода из одного минимума энергии в другой.
1.4.3. Изучение гиперповерхностей потенциальной энергии и построение карт потенциальной энергии.
1.5. Упрощенные методы моделирования полипептидов.
1.5.1. Двумерные решетки.
1.5.2. Трехмерные решетки.
Глава 2. Методы и выбор оптимальных условий расчетов для изучения молекулярной динамики олигопептидов. 33 2.1. Метод молекулярной динамики. б" --у
9 "12 12 ""14 20 21 "21" 21 "22" "23" "
24 "24 "25 "25"
2.2. Методы обработки траекторий молекулярной динамики.
2.2.1. Корреляционные функции.
2.2.2. Построение двумерных и одномерных распределений вероятностей значений торсионных углов. 42 2.3. Выбор оптимальных условий для расчета траекторий молекулярной динамики.
Глава 3. Изучение молекулярной динамики серий модифицированных дипептидов.
Глава 4. Изучение свойств столкновительного термостата и его применение для расчётов коэффициентов диффузии низкомолекулярных соединений в различных жидких средах.
4.1. Столкновительная динамика.
4.2. Диффузия в столкновительном термостате.
Глава 5. О влиянии амплитуды флуктуаций на коэффициент трения броуновского осциллятора в водной среде.
5.1. Введение.
5.2. Молекулярно-динамические модели для осциллятора в воде.
5.3. Модель броуновского осциллятора.
5.4. Обсуждение результатов молекулярно-динамического моделирования.