Молекулярное моделирование образования комплексов электрон-транспортных белков пластоцианина и цитохрома f Федоров Владимир Андреевич

Краткое описание

Федоров,ВладимирАндреевич.Молекулярноемоделированиеобразованиякомплексовэлектрон-транспортныхбелковпластоцианинаицитохромаf: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.01.09 /ФедоровВладимирАндреевич; [Место защиты: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова]. - Москва, 2019. - 104 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ имени М.В. ЛОМОНОСОВА БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ На правах рукописиФедоровВладимирАндреевичМолекулярноемоделированиеобразованиякомплексовэлектрон-транспортныхбелковпластоцианинаицитохромаf 03.01.09 Математическая биология, биоинформатика ДИССЕРТАЦИЯ

стр. 2
литературы........................................................................................11 1.1.Белкипластоцианиницитохромf.................................................................11 1.1.1. Рольбелкапластоцианинав работеэлектрон-транспортнойцепи фотосинтеза....................................................................................................11 1.1.2. Структура...

стр. 89
существенных изменений в структуребелков. Имеет место лишь выход растворителя избелок-белковогоинтерфейса. Схемаобразованиякомплексабелковпластоцианинаицитохромаf В соответствии с данными, полученными в результате компьютерногомоделирования, рассматриваемый процессобразованиябелково-белковогоэлектрон-транспортногокомплекса в растворе, состоит из пяти этапов (рисунок 3.6.1): (1) свободная...

Оглавление диссертациикандидат наук Федоров Владимир Андреевич
Список сокращений
Введение. Общая характеристика работы
Глава 1. Обзор литературы
1.1. Белки пластоцианин и цитохром f
1.1.1. Роль белка пластоцианина в работе электрон-транспортной цепи фотосинтеза
1.1.2. Структура белков
1.1.3. Образование комплекса белков пластоцианина и цитохрома f
1.1.4. Структуры комплекса белков пластоцианина и цитохрома f
1.2. Экспериметальное исследование взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома f
1.2.1. Кинетика образования белкового комплекса пластоцианина и цитохрома f в растворе
1.2.2. Кинетика реакций пластоцианина с цитохромом f и фотосистемой 1 в люмене тилакоида
1.3. Моделирование взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома /
1.3.1. Моделирование взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома f методом броуновской динамики
1.3.2. Моделирование взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома f методом молекулярной динамики
Глава 2. Методы
2.1. Метод молекулярной динамики
2.2. Метод броуновской динамики
2.3. Однопараметрический иерархический метод кластерного анализа
2.4. Информационный ресурс RCSB Protein Data Bank
2.5. Параметры полноатомной молекулярно-динамической модели
2.6. Многомасштабное моделирование формирования белок-белкового комплекса
2.7. Статистическая обработка данных при вычислении константы скорости образования диффузионно-столкновительных комплексов
Глава 3. Результаты
3.1. Особенности формирования поля электростатического потенциала для белков пластоцианина и цитохрома f из различных групп организмов
3.2. Исследование формирования комплекса белков пластоцианина и цитохрома f
3.2.1. Высшие растения
3.2.2. Зеленая водоросль Chlamydomonas reinhardtii
3.2.3. Цианобактерия Nostoc sp
3.2.4. Цианобактерия Phormidium laminosum
3.3. Диффузионный захват
3.4. Направление ориентации контакта (head-on/side-on)
Обсуждение результатов
Особенности формирования функционально активного комплекса у разных
видов организмов
Схема образования комплекса белков пластоцианина и цитохрома f
Заключение
Выводы
Основные публикации по теме диссертации