Молекулярное моделирование структурной динамики потенциал-управляемых калиевых каналов KV1 и их комплексов с пептидными блокаторами Волынцева Алена Дмитриевна

Краткое описание

Волынцева,АленаДмитриевна.Молекулярноемоделированиеструктурнойдинамикипотенциал-управляемыхкалиевыхканаловKV1иихкомплексовспептиднымиблокаторами: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.02 /ВолынцеваАленаДмитриевна; [Место защиты: Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова]. - Москва, 2019. - 163 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 2
19 1.1.3. Механизм функционирования KVканалов. ..................................... 24 1.2. Строение, классификация и функционированиеблокаторовпотенциал-управляемыхкалиевыхканалов. ................................................... 30Пептидныеблокаторыпотенциал-управляемыхкалиевыхканалов. ......... 32 1.3.Комплексыкалиевыхканаловсблокаторами....

стр. 12
потенциал-управляемыхкалиевыхканаловипептидныхблокаторов, созданиемолекулярныхмоделейпотенциал-управляемыхкалиевыхканалов,пептидныхблокаторови ихкомплексовметодамимолекулярногодокинга имоделированияпо гомологии, проведение расчетовмолекулярнойдинамики, получение энергетических оценок связывания

стр. 93
частности, в изменении доступной растворителю поверхности этих остатков, а также изменении общего числа водородных связей в молекулахблокаторов. 3.3.Моделированиеструктуркомплексовкалиевыхпотенциал-управляемыхкалиевыхканаловспептиднымиблокаторами. В рамках проведенной работы были построеныкомплексыпотенциал-управляемыхкалиевыхканаловсемействаKV1.X (X=1, 3, 6) с...

Оглавление диссертациикандидат наук Волынцева Алена Дмитриевна
Введение
Цели и задачи исследования
Научная новизна и практическая значимость работы
Личный вклад автора
Положения, выносимые на защиту
Апробация работы
Публикации
Структура и объем диссертации
Глава 1. Обзор литературы
1.1. Строение, классификация и функционирование потенциал-управляемых калиевых каналов
1.1.1. Классификация и экспрессия потенциал-управляемых ^ каналов
1.1.2. Структура эукариотических потенциал-управляемых ^ каналов и гомологичных прокариотических каналов
1.1.3. Механизм функционирования ^ каналов
1.2. Строение, классификация и функционирование блокаторов потенциал-управляемых калиевых каналов
Пептидные блокаторы потенциал-управляемых калиевых каналов
1.3. Комплексы калиевых каналов с блокаторами
1.4. Применение методов молекулярного моделирования калиевых каналов и их комплексов
1.4.1. Броуновская динамика
1.4.2. Молекулярный докинг
1.4.3. Молекулярная динамика
1.4.4. Моделирование методом Монте-Карло
1.4.5. Расчет энергии комплекса канал-токсин
1.4.6. Применение методов молекулярного моделирования для расчета взаимодействий между каналами и блокаторами
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Анализ исзвестных данных об активности блокаторов
2.2. Получение и уравновешивание структур токсинов
2.3. Конструирование уравновешенных структур каналов
2.4. Получение и уравновешивание структур комплексов каналов с токсинами
Подбор оптимальной стартовой ориентации токсина в сайте связывания85
2.5. Анализ данных
2.6. Расчет энергии связывания токсинов с Ку1 каналами методом потенциала средней силы
Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1. Моделирование структур нативных каналов Ку1 и гибридных каналов КОБЛ- Ку1
3.2. Моделирование структур пептидных блокаторов
3.3. Моделирование структур комплексов калиевых потенциал-управляемых калиевых каналов с пептидными блокаторами
3.3.1. Особенности интерфейса взаимодействия Ку1.Х каналов с аджитоксином
3.3.1.1. Характеристика интерфейса связывания аджитоксина 2 с каналом KcsA-Kv1
3.3.1.2. Детальный анализ структур комплексов каналов .6 и KcsA-КИ.6 с пептидными блокаторами
3.3.1.3. Детальное описание связывания нативной и мутантных форм аджитоксина 2 с каналом KcsA-KV1
3.3.2. Общие черты связывания аджитоксина с каналами семейства КСБА-ВД.Х
3.3.3. Расчет энергии связывания аджитоксина 2 (дикого типа и мутантных форм) с каналом ^1
Заключение
Выводы
Благодарности
Список публикаций по теме диссертации
Список литературы
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
Eag - семейство потенцал-управляемые калиевых каналов Ether-a-go-go, Kir - калиевый канал - внутренний выпрямитель, KV - потенциал-управляемый калиевый канал,
LQTS или LQT - синдром удлиненного интервала QT (long QT syndrome),
а.о. - аминокислотный остаток,
БД - броуновская динамика,
Крио-ЭМ - криоэлектронная микроскопия,
МД - молекулярная динамика,
ПД - потенциал действия,
ПСС - потенциал средней силы,
ПЧД - потенциал-чувствительный домен,
РСА - рентгеноструктурный анализ,
СКО - среднеквадратичное отклонение.
СФ - селективный фильтр,
ТМ - трансмембранный сегмент,
ЯМР - ядерный магнитный резонанс.