Оптимизация сьемки обратного пространства и оценки качества производных в белковой кристаллографии Никонов, Станислав Владимирович

Краткое описание

Никонов,СтаниславВладимирович.Оптимизациясьемкиобратногопространстваиоценкикачествапроизводныхвбелковойкристаллографии: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 01.04.18. - Пущино, 1984. - 125 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
61: L^4//320-О /АКАдада[ НАУК ссср ИНСТИТУТ Б Е Ж А АН СССР На правах рукописи НЖОНОВСтаниславВладимирович: УДК 548.737 ОПТИШЗАЦИЯ СЪЕМКИОБРАТНОГОПРОСТРАНСТВАИОЦЕНКИКАЧЕСТВАПРОИЗВОДНЫХВ БЕЖОВОИ КРИСТАМОГРАФИИ (01.04.18Кристаллографияи кристаллофизика) Диссертация на соискание ученой степени

стр. 3
1.6. Постановка задачиоптимизацииГЛАВА П. ОПТИМАЛЬНАЯ СТРАТЕГИЯ СЪЕМКИОБРАТНОГОПРОСТРАНСТВА2.1. Принципы и количественные критерии оптимальной съемки 2.2.Оптимизациясъемкиобратногопространствав методе экранной прецессии 2.3.Оптимизациясъемкиобратногопространствав методе вращения 2.4.Оценкаэффективностиоптимизациисъемкиобратногопространства2.5. Планирование эксперимента и сбор...

стр. 71
заданного количества частичных отражений в набо­ ре и угла мозаичности кристалла. 2,4.ОценкаэффективностиоптимизациисъемкиобратногопространстваЭффективностьоптимизациисъемкиобратногопространствабыла проверена нами для разныхбелковпутем сравнения оптимизи­ рованных наборов структурных амплитуд

Оглавление диссертациикандидат физико-математических наук Никонов, Станислав Владимирович
В диссертации представлены результаты работ, выполненных автором в Институте белка АН СССР под руководством Ю.Н.Чиргад-зе. Автор приносит глубокую благодарность своему научному руководителю за постоянный интерес к работе, оказание всесторонней помощи и участие в обсуждении результатов. Автор благодарит сотрудников лаборатории структурного анализа Института белка АН СССР Сергеева Ю.В., Бражникова Е.В., Фоменкову Н.П. и Невскую H.A., с которыми он выполнял совместные работы по сбору и обработке дифракционных данных, и сотрудника лаборатории структурного анализа Института молекулярной биологии АН СССР Васильева Д.Г. за предоставление адаптированной к ЭВМ ЕС 1040 версии программ обработки данных, полученных методом вращения-качания, и обработку оптимизированного набора структурных амплитуд лейцинаминопептидазы. Автор выражает свою глубокую признательность Гороховой Т.Л. за большую помощь в оформлении данной работы.
ВВВДЕНИЕ.
ГЛАВА I. ОСОБЕННОСТИ ПОЛУЧЕНИЯ НАБОРОВ ДИФРАКЦИОННЫХ ДАННЫХ В БЕЛКОВОЙ КРИСТАЛЛОГРАФИИ (ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР)
1.1. Характерные особенности белковых кристаллов.
1.2. Объем и характер экспериментальных данных в белковой кристаллографии
1.3. Современные методы съемки обратного пространства
1.4. Формирование таблицы структурных амплитуд. Проблемы шкалирования
1.5. Характеристики качества наборов экспериментальных данных.
1.6. Постановка задачи оптимизации
ГЛАВА П. ОПТИМАЛЬНАЯ СТРАТЕГИЯ СЪЕМКИ ОБРАТНОГО
ПРОСТРАНСТВА
2.1. Принципы и количественные критерии оптимальной съемки.
2.2. Оптимизация съемки обратного пространства в методе экранной прецессии
2.3. Оптимизация съемки обратного пространства в методе вращения.
2.4. Оценка эффективности оптимизации съемки обратного пространства
2.5. Планирование эксперимента и сбор оптимизированных наборов данных от кристаллов ^-кристаллинов фракций П и Ш £ и лейцинаминопептидазы.
ГЛАВА Ш. ВЫЧИСЛЕНИЕ КОЭФФИЦИЕНТА ПРИВВДЕНШ СТРУКТУРНЫХ АМПЛИТУД ПРОИЗВОДНЫХ К ЖАЛЕ НАТИВНОГО БЕЖА НА БАЗЕ СТАТИСТИЧЕСКИХ КРИТЕРИЕВ. УЛУЧШЕНИЕ ОЦЕНОК КАЧЕСТВА ПРОИЗВОДНЫХ 3.1. Корректное определение коэффициента приведения данных от производных к шкале нативного белка. Критерии изоморфизма
3.2. Формула для вычисления коэффициента приведения.
3.3. Статистический критерий отбора шкалируемых отражений
3.4. Оценка точности вычислений. Формирование набора экспериментальных данных ^ р у-кристаллина Шьпри разрешении 3,0 А