Полимикробные биопленки: моделирование in vitro и подходы к терапии Тризна Елена Юрьевна

Краткое описание

Тризна,ЕленаЮрьевна.Полимикробныебиопленки:моделированиеinvitroиподходыктерапии: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.02.03 /ТризнаЕленаЮрьевна; [Место защиты: Казанский (Приволжский) федеральный университет]. - Казань, 2019. - 156 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
КАЗАНСКИЙ (ПРИВОЛЖСКИЙ) ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ На правах рукописиТРИЗНАЕЛЕНАЮРЬЕВНАПОЛИМИКРОБНЫЕБИОПЛЕНКИ:МОДЕЛИРОВАНИЕINVITROИПОДХОДЫКТЕРАПИИ03.02.03 Микробиология Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель кандидат биологических наук, доцент

стр. 2
бактерий ................................................................................. 16 1.1.1БиопленкиS. aureus .................................................................................................... 27 1.1.2БиопленкиP. aeruginosa ............................................................................................. 30 1.2Полимикробныебиопленки...

стр. 4
биопленки.............................................................................................................................. 79 3.3 Исследование устойчивости бактерий в составеполимикробныхбиопленок............ 82 3.3.1МоделированиеполимикробнойбиопленкиS. aureus и P. aeruginosa.................. 82 3.3.2 Атомно-силовая микроскопияполимикробныхбиопленок................................... 88 3.3.3 Влияние различных групп...

Оглавление диссертациикандидат наук Тризна Елена Юрьевна
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы исследования
Цели и задачи исследования
Научная новизна полученных результатов
Методология и методы исследования
Достоверность результатов
Теоретическая и практическая значимость работы
Основные положения, выносимые на защиту
Апробация работы и публикации
Место выполнения работы и личный вклад автора
Связь работы с научными программами
Публикация результатов исследования
Объем и структура диссертации
1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Образование биопленок у бактерий
1.1.1 Биопленки S. aureus
1.1.2 Биопленки P. aeruginosa
1.2 Полимикробные биопленки
1.3 Способы терапии бактериальных биопленок
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1 Антибактериальные вещества, использованные в работе
2.2 Линии клеток и условия культивирования
2.3 Методы работы с бактериальными клетками
2.3.1 Штаммы
2.3.2 Плазмидные векторы
2.3.3 Среды и условия культивирования
2.3.4 Определение способности бактерий образовывать биопленки (с модификациями)
2.3.5 Получение смешанной биопленки
2.3.6 Определение минимальной подавляющей концентрации и минимальной бактерицидной концентрации
2.3.7 Определение минимальной концентрации, подавляющей образование биопленок
2
2.3.8 Определение эффективности антимикробных веществ против бактерий в составе биопленок
2.3.9 Подсчет КОЕ
2.3.10 Трансформация клеток E. coli методом теплового шока
2.3.11 Трансформация клеток S. aureus методом электропорации
2.4 Методы работы с рекомбинантной ДНК
2.4.1 Выделение геномной ДНК бацилл методом фенол-хлороформной экстракции
2.4.2 Выделение геномной ДНК S. aureus с помощью GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kits
2.4.3 Выделение плазмидной ДНК с помощью GeneJET Plasmid Miniprep Kit
2.4.4 Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
2.4.5 Очистка амплифицированных фрагментов ДНК после ПЦР
2.4.6 Рестрикция ДНК
2.4.7 Реакция Гибсона
2.4.8 Электрофорез ДНК
2.5 Схемы получения рекомбинантных конструкций
2.5.1 Клонирование гена sacC из B. subtilis 168 для получения гиперпродуцентов рекомбинантной леваназы SacCst
2.5.2 Получение рекомбинантного штамма S. aureus ica-GFP, экспрессирующего зеленый флуоресцентный белок с промотора гена icaA
2.6 Методы работы с белками
2.6.1 Скрининг рекомбинантных штаммов, обеспечивающих гиперпродукцию белка58
2.6.2 Гиперпродукция белков в клетках E. coli и получение клеточных экстрактов
2.6.3 Очистка белков на стреп-тактин сефарозе
2.7 Микроскопические методы исследований
2.7.1 Флуоресцентная микроскопия
2.7.2 Конфокальная лазерная сканирующая микроскопия
2.7.3 Атомно-силовая микроскопия
2.8 Методы исследований биобезопасности веществ
2.8.1 Определение цитотоксичности
2.8.2 Тест Эймса
2.8.3 Тест Эймса с метаболической активацией
2.8.4 ДНК-повреждающий тест
2.9 Определение активности ß-галактозидазы
2.10 Статистическая обработка результатов
3 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
3. 1 Подавление образования бактериальных биопленок производными 2(5Н)-фуранона
3.1.1 Подбор питательных сред
3.1.2 Скрининг производных 2(5Н)-фуранона, подавляющих образование биопленок клетками грамположительных и грамотрицательных бактерий
3.1.3 Повышение эффективности антибиотиков в присутствии фуранонов
3.1.4 Цитотоксичность производных 2(5Н)-фуранона
3.1.5 Мутагенность соединения Ф105
3.2 Разрушение биопленок P. aeruginosa с помощью бактериальных гликозидгидролаз
3.2.1 Клонирование гена внеклеточной леваназы Sa^ из B.subtilis, очистка белка
3.2.2 Оценка эффективности разрушения биопленок P. aeruginosa внеклеточной леваназой SacCst
3.2.3 Исследование возможности повышения эффективности антибиотиков в присутствии внеклеточной леваназы SacCst против клеток P. aeruginosa в составе биопленки
3.3 Исследование устойчивости бактерий в составе полимикробных биопленок
3.3.1 Моделирование полимикробной биопленки S. aureus и P. aeruginosa
3.3.2 Атомно-силовая микроскопия полимикробных биопленок
3.3.3 Влияние различных групп антибиотиков на S. aureus и P. aeruginosa в составе смешанной биопленки
3.3.4 Оценка эффективности антибиотиков широкого спектра действия в присутствии внеклеточной леваназы SacCst на микроорганизмы в составе смешанной биопленки
S. aureus и P. aeruginosa
3.3.5 Анализ образования малых форм колоний S. aureus при терапии смешанных биопленок S. aureus-P. aeruginosa
3.3.6 Анализ воздействия цианида, синтезируемого P. aeruginosa, на жизнеспособность S. aureus в смешанной биопленке
3.3.7 Интродукция бактерий-антагонистов как способ повышения антимикробной эффективности антибиотиков
4 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
Приложение
Приложение