Разработка алгоритмов для сборки геномов и транскриптомов Пржибельский Андрей Дмитриевич

Краткое описание

Пржибельский,АндрейДмитриевич.Разработкаалгоритмовдлясборкигеномовитранскриптомов: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.01.09 /ПржибельскийАндрейДмитриевич; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет»]. - Санкт-Петербург, 2019. - 175 с. : ил.; 14,5х20,5 см.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ На правах рукописиПржибельскийАндрейДмитриевичРАЗРАБОТКААЛГОРИТМОВДЛЯСБОРКИГЕНОМОВИТРАНСКРИПТОМОВСпециальность 03.01.09 — «Математическая биология, биоинформатика» Диссертация на соискание учёной степени кандидата физико-математических наук Научный

стр. 2
клетке . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 1.3 Разрешение повторов и скаффолдинг . . . . . . . . . . . . . . . . 14 1.4Сборкатранскриптомов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 1.5 Оценка качествасборки. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 Глава 2.Сборкагенома. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 2.1 Существующие методысборкигенома. . . . . . . . . . . . . . . . 18 2.2 Геномный сборщик...

стр. 49
PacBio имеют глубину покрытия примерно 100x. Референсный геном E. coli str. K12 substr. MG1655 имеет длину 4,7 Мб. 50 Глава 3.Сборкатранскриптома3.1 ОтсборкигеномаксборкетранскриптомаВ задачахсборкитранскриптомаигеномаесть много общего. Так, на­ пример, обе задачи ставят перед собой цель соединить

Оглавление диссертациикандидат наук Пржибельский Андрей Дмитриевич
Введение
Глава 1. Задача сборки биологических последовательностей
1.1 Сборка последовательностей с нуля
1.2 Сборка генома по единичной клетке
1.3 Разрешение повторов и скаффолдинг
1.4 Сборка транскриптомов
1.5 Оценка качества сборки
Глава 2. Сборка генома
2.1 Существующие методы сборки генома
2.2 Геномный сборщик БРАс^й
2.3 Построение графа сборки
2.3.1 Построение графа де Брюйна
2.3.2 Упрощение графа
2.3.3 Итеративное построение графа
2.4 Разрешение повторов и скаффолдинг при помощи парно-концевых ридов
2.4.1 функция оценки продолжений пути
2.4.2 Обработка повторов
2.4.3 Скаффолдинг
2.4.4 Оценка параметров алгоритма
2.5 Использование парных библиотек с большим расстоянием вставки
2.5.1 Удлинение путей
2.5.2 Выбор продолжающих путей
2.5.3 Скаффолдинг при помощи парных библиотек с большим расстоянием вставки
2.5.4 Использование уникальных ребер в графе сборки
2.6 Результаты
2.6.1 Сборка стандартных парно-концевых библиотек
Стр.
2.6.2 Сборка парно-концевых библиотек, полученных по единичной клетке
2.6.3 Сборка библиотек с большим расстоянием вставки
2.6.4 Сравнение с другими геномными сборщиками
2.6.5 Сравнение различных технологий секвенирования
2.7 Заключение
Глава 3. Сборка транскриптома
3.1 От сборки генома к сборке транскриптома
3.2 Упрощение графа
3.2.1 Удаление хвостов
3.2.2 Удаление пузырей
3.2.3 Удаление химерических ребер
3.3 Выбор длины к-мера
3.4 Восстановление изоформ
3.4.1 Модификация модуля ех8РАпс!ег для транскриптомной сборки
3.4.2 Использование неоднородного покрытия
3.4.3 Сборка ните-специфичных данных
3.4.4 Вывод контигов
3.5 Оценка качества транскриптомных сборок
3.5.1 Оценка качества без референсного генома
3.5.2 Оценка качества по референсному геному
3.6 Результаты
3.6.1 Результаты на симулированных данных
3.6.2 Результаты на реальных данных
3.7 Заключение
Заключение
Список сокращений и акронимов
Словарь терминов
Список литературы
Стр.
Список рисунков
Список таблиц