Разработка метода визуализации хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH Богомолов Антон Геннадьевич

Краткое описание

Богомолов,АнтонГеннадьевич.РазработкаметодавизуализациихромосомоспецифичныхпоследовательностейДНКприпроведенииFISH: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.09 /БогомоловАнтонГеннадьевич. - Новосибирск, 2019. - 139 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Российской академии наук» На правах рукописиБогомоловАнтонГеннадьевичРАЗРАБОТКАМЕТОДАВИЗУАЛИЗАЦИИХРОМОСОМОСПЕЦИФИЧНЫХПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙДНКПРИПРОВЕДЕНИИFISH03.01.09. - математическая биология, биоинформатика Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель:

стр. 2
сигналовхромосомоспецифичныхпоследовательностейДНКс помощью компьютерной обработкиFISH-изображений ................................. 54 1.5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ ........................................................................................................... 56 ГЛАВА 2. КОМПЬЮТЕРНЫЙХРОМОСОМОСПЕЦИФИЧНЫХМЕТОДВИЗУАЛИЗАЦИИПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙДНК(МЕТОДVISUALIZATION OF SPECIFIC SIGNAL IN SILICO VISSIS) ......... 58 2.1...

стр. 58
быть решена с помощью цифровой обработкиFISH-изображений. В работе создан оригинальный компьютерныйметодвизуализациисигналов, продуцируемыххромосомоспецифичнымипоследовательностямиДНКприпроведениидвухцветнойFISHрайоно- ихромосомоспецифичныхДНК-проб (Богомолови др., 2012).Методполучил

Оглавление диссертациикандидат наук Богомолов Антон Геннадьевич
ОГЛАВЛЕНИЕ
СЛОВАРЬ СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Гибридизации нуклеиновых кислот in situ. Типы ДНК-проб и их применение
1.2 повторяющиеся и уникальные последовательности ДНК. Проблема идентификации материала хромосом и хромосомных районов
1.3 Экспериментальные методы улучшения выявления специфичного FISH-сигнала ДНК-проб, полученных из целых хромосом или хромосомных районов
1.3.1 Методы подавления гибридизации повторяющихся последовательностей
1.3.2 Метод «дифференциального удерживания уникальных последовательностей»
1.3.3 Относительное обогащение ДНК-пробы уникальными последовательностями
1.3.4 Методы элиминации из ДНК-клонотек повторяющихся последовательностей ДНК
1.3.5 Особенности анализа видов с секвенированным геномом
1.4 Компьютерный анализ FISH-изображений
1.4.1 Предобработка изображений
1.4.2 Сегментация изображений
1.4.3 Классификация объектов
1.4.4 Определение сигналов хромосомоспецифичных последовательностей ДНК с помощью компьютерной обработки FISH-изображений
1.5 Заключение
ГЛАВА 2. КОМПЬЮТЕРНЫЙ МЕТОД ВИЗУАЛИЗАЦИИ ХРОМОСОМОСПЕЦИФИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК (МЕТОД VISUALIZATION OF SPECIFIC SIGNAL IN SILICO - VISSIS)
2.1 Основны принципы обработки микроскопических изображений, лежащие в основе метода
2.2 Сегментация изображения
2.3 Калибровка интенсивностей сигналов FISH. Сегментация областей с
большой разницей интенсивности сигналов в пикселях
2.4 Классификация объектов
2.5 Выделение специфичного сигнала
2.6 Постобработка изображений
2.7 Программа визуализации хромосомоспецифичных последовательностей: VisualCS
2.8 Заключение
ГЛАВА 3. ПРИМЕНЕНИЕ КОМПЬЮТЕРНОГО МЕТОДА ВИЗУАЛИЗАЦИИ ХРОМОСОМОСПЕЦИФИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
3.1 Получение изображений результатов FISH районо- и хромосомоспецифичных ДНК-проб
3.1.1 Получение изображений результатов FISH хромосомоспецифичных ДНК-проб с хромосомами человека
3.1.2 Получение изображений результатов FISH хромосомоспецифичных ДНК-проб с хромосомами описторхид
3.1.3 Получение изображений результатов FISH районо- и хромосомоспецифичных ДНК-проб с хромосомами саранчовых
3.2 Применение метода VISSIS для идентификации материала целых хромосом у человека
3.3 Сравнение результатов CISS-гибридизации и компьютерной обработки FISH-изображений
3.4 Применение метода VISSIS для идентификации хромосом у описторхид
3.5 Применение метода VISSIS для идентификации хромосом и крупных хромосомных районов у саранчовых
3.6 Возможности применения метода и его ограничения
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ