Разработка методики выявления генетических маркеров Ureaplasma diversum методом полимеразной цепной реакции в реальном времени Ваганова Анастасия Николаевна

Краткое описание

Ваганова,АнастасияНиколаевна.РазработкаметодикивыявлениягенетическихмаркеровUreaplasmadiversumметодомполимеразнойцепнойреакциивреальномвремени: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.06, 03.02.03 /ВагановаАнастасияНиколаевна; [Место защиты: Моск. науч.-исслед. ин-т эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского МЗ РФ]. - Санкт-Петербург, 2019. - 163 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека На правах рукописиВагановаАнастасияНиколаевнаРазработкаметодикивыявлениягенетическихмаркеровUreaplasmadiversumметодомполимеразнойцепнойреакциивреальномвремени03.01.06 - биотехнология (в том числе бионанотехнологии)

стр. 4
Результаты испытания разработанной тест-системы...................... 81 4.1. Аналитическая чувствительность системы Ureaplasmadiversum-Amp”81 4.2. Аналитическая специфичность системы Ureaplasmadiversum-Amp”....81 4.3. Стабильность тест-системы Ureaplasmadiversum-Amp”..........................83 4.4 Наработка опытных образцов тест-системы Ureaplasmadiversum-Amp”...

стр. 56
концентраций у микоплазм, однако его применения приводят к получению завышенных значений данного показателя [63]. 1.4.2 Молекулярно-биологическиеметодывыявленияU.diversumВ качестве альтернативы культуральнымметодамвыявленияU.diversum, длявыявленияэтих бактерий могут применяться молекулярнобиологическиеметоды, ПЦР и ПЦР вреальномвремени. Их отличает более высокая чувствительность и специфичность. Использование...

Оглавление диссертациикандидат наук Ваганова Анастасия Николаевна
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы исследования
Степень разработанности темы исследования
Цель исследования
Задачи исследования
Научная новизна работы
Теоретическая и практическая значимость работы
Методология и методы исследования
Изоляты U. diversum
Биологический материал от крупного рогатого скота
Контрольные образцы ДНК
Микробиологические методы исследования
Молекулярно-генетические методы исследования
Биоинформационные методы исследования
Статистические методы исследования
Личное участие автора в получении результатов
Основные положения диссертации, выносимые на защиту
Степень достоверности и апробация результатов исследования
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Систематическое положение и биология Ureaplasma diversum
1.1.1 Современные представления о систематике уреаплазм млекопитающих
1.1.2 Морфологические и физиологические особенности U. diversum
1.1.3 Геном U. diversum и его особенности
1.2 Распространённость уреаплазм среди млекопитающих и человека
1.3 U. diversum как этиологический агент заболеваний урогенитального и респираторного трактов крупного рогатого скота
1.3.1 Основы патогенности U. diversum
1.3.2 Патологии урогенитального тракта, вызываемые U. diversum
1.3.3 Патологии плода и плодных оболочек, вызываемые U. diversum
1.3.4 Патологии респираторного тракта, вызываемые U. diversum
1.4 Методы диагностики уреаплазмоза крупного рогатого скота
1.4.1. Культуральные методы выявления U. diversum
1.4.2 Молекулярно-биологические методы выявления U. diversum
1.5 Особенности иммунного ответа при уреаплазмозе крупного рогатого скота
РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ
ГЛАВА 2. Анализ генома и разработка праймеров для видоспецифического выявления ДНК U. diversum и B. taurus
2. 1. Поиск видоспецифичных генетических мишеней U. diversum
2.2. Подбор систем праймеров и зондов к выбранным участкам генома U. diversum
2. 3. Выбор видоспецифичных генетических мишеней B. taurus
2.4. Подбор систем праймеров и зондов к выбранным участкам генома B.
taurus
3
ГЛАВА 3. Разработка и наработка опытных образцов диагностической тест-системы
3.1. Оптимизация качественного состава специфических компонентов реакционной смеси
3.2. Оптимизация количественного состава специфических компонентов реакционной смеси
3.3 Конструирование положительного контроля тест-системы и отрицательный контроль
ГЛАВА 4. Результаты испытания разработанной тест-системы
4.1. Аналитическая чувствительность системы "Ureaplasma diversum-Amp"81
4.2. Аналитическая специфичность системы "Ureaplasma diversum-Amp"
4.3. Стабильность тест-системы "Ureaplasma diversum-Amp"
4.4 Наработка опытных образцов тест-системы "Ureaplasma diversum-Amp "
4.4.1 Состав наборов "Ureaplasma diversum-Amp"
4.4.2 Реактивы для изготовления наборов "Ureaplasma diversum-Amp" и процедура подготовки компонентов набора
ГЛАВА 5. Оценка разработанной тест-системы в условиях диагностической лаборатории
5.1. Выбор способа забора материала, обеспечивающего информативное исследование взрослого крупного рогатого скота на предмет носительства U.
diversum
5.1.1 Выявление U. diversum в мазках из носовой полости и ротовой полости, отобранных у крупного рогатого скота
5.1.2 Выявление U. diversum в образцах различных типов, отобранных из
репродуктивного тракта крупного рогатого скота
4
5.1.3 Выявление U. diversum в образцах крови
5.1.4 Показатели содержания ДНК U. diversum в образцах из полового и респираторного трактов
5.1.5 Оценка колонизации органов половой системы при носительстве уреаплазм в респираторном тракте
5.1.6 Оценка вероятности колонизации респираторного тракта при носительстве уреаплазм в половой системе
5.2. Оценка колонизации U. diversum абортированных плодов и внутренних органов животных, погибших от бронхопневмонии
5.3. Влияние фиксации патологического материала в формалине на результат исследования на предмет присутствия ДНК U. diversum
5.4. Информативность выявления U. diversum методом ПЦР в реальном времени с помощью тест-системы "Ureaplasma diversum-Amp" в сравнении с культуральными методами. Оценка чувствительности и специфичности
5.5. Влияние колонизации репродуктивной системы U. diversum на репродуктивные качества крупного рогатого скота
ГЛАВА 6. Распространённость U. diversum среди поголовья крупного рогатого скота
6.1 Распространённость U. diversum среди поголовья взрослого крупного рогатого скота
6.2. Распространённость U. diversum среди молодняка крупного рогатого скота
ГЛАВА 7. Алгоритм проведения диагностического исследования на предмет выявления носительства U. diversum и ассоциированных с ней заболеваний крупного рогатого скота, мероприятия по профилактике уреаплазмоза крупного рогатого скота
7.1 Алгоритм проведения диагностического исследования на предмет носительства и. diversum и ассоциированных с ней заболеваний у взрослого
крупного рогатого скота
7.2 Алгоритм проведения диагностического исследования на предмет носительства и. diversum и ассоциированных с ней заболеваний у молодняка крупного рогатого скота
7.3 Профилактика заболеваний, ассоциированных с и. diversum среди молодняка крупного рогатого скота
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
Приложение