Разработка методов молекулярной гибридизации и полимеразной цепной реакции для идентификации вируса бешенства Наумкина, Марина Алексеевна

Краткое описание

Наумкина,МаринаАлексеевна.Разработкаметодовмолекулярнойгибридизациииполимеразнойцепнойреакциидляидентификациивирусабешенства: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.06. - Покров, 1999. - 132 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
61'3"^'6/136 РОССЕЛЬХОЗАКАДЕМИЯ Всероссийский научно-исследовательский институт ветеринарной вирусологии и микробиологии на правах рукописиНАУМКИНАМАРИНААЛЕКСЕЕВНАРазработкаметодовмолекулярнойгибридизациииполимеразнойцепнойреакциидляидентификациивирусабешенства03.00.06 - вирусология ДИССЕРТАЦИЯ

стр. 8
арктического выявления РНКвирусабешенстваметодоммолекулярнойгибридизации», препаратовдлявыявления Р Н К испытаниявирусабешенстваметодомдляПЦР». «Набор Проведены РНКвирусакомиссионные «Наборов препаратов...» выявления 9бешенства, разработаны методические указания по применениюметодовмолекулярной

стр. 9
положения: результатыразработки«Набора препаратов...» на основеметодамоле1о^лярнойгибридизациидлявыявления Р Н Квирусабешенства; результатыразработки«Набора препаратов . . . . » на основеполимеразнойцепнойреакциидлявыявления РНКвирусабешенствас использованием праймеров, комплементарных консервативной

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Наумкина, Марина Алексеевна
ОГЛАВЛЕНИЕ
стр.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
1. ВВЕДЕНИЕ
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1. Структура генома вируса бешенства
2.2. Антигенные свойства вируса бешенства
2.3.География распространения бешенства
2.4. Эпизоотическая обстановка по бешенству
2.5. Диагностика бешенства
2.5.1. Диагностические методы, применяемые
для выявления вируса бешенства
2.5.2. Гибрццизация
2.5.3. Принцип метода ОТ-ПЦР
2.5.4. Практическое применение метода ПЦР
в диагностике бешенства
2.5.5. Альтернативные методы ПЦР
2.6. Филогенетический анализ генома лиссавирусов
2.6.1. Применение филогенетического анализа в
молекулярной эпизоотологии
2.6.2. Полиморфизм гена нуклеопротеина
вируса бешенства
2.6.3. Филогенетический аналго изолятов
первого генотипа вируса бешенства
2.6.4. Полиморфизм РиМгенов
вируса бешенства
2.6.5. Полиморфизм в-Ь генов
вируса бешенства
2.6.6. Сравнительный анализ Ь протеина
Мопопе|*алга1е8
2.7. Заключение по обзору литературы
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Материалы
3.1.1. Штаммы
46
3.1.2. Ферменты
3.1.3. Реактивы
3.1.4. Среды
3.1.5. Лабораторное оборудование
3.2. Методы
3.2.1. Очистка вируса бешенства
3.2.2. Фенольно-детергегапый метод выделения РНК
3.2.3. Выделение РНК по Р. Chomezynski и Sacchi
3.2.4.Выделение РНК горячим фенолом
3.2.5. Синтез кДНК и клонирование
3.2.6. Трансформация в Е coli с применением СаС12
3.2.7. Постановка дот-тбридизации
3.2.8. Постановка ОТ-ПЦР
3.2.9. Компьютерный анализ, расчет олигонуклеотидов
4. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЯВДОВАШЙ
4.1. Очистка вируса бешенства
4.2. Исследование полипептидного состава вируса бешенства
4.3. Результаты отработки методов выделения РНК
4.4. Клонирование фрагментов генома вируса
бешенства в плазмидаых векторах
4.5. Исследование экспрессии в клетках
Е coli гена нуклеопротеина
4.6. Разработка «Набора препаратов...» для выявления РНК
вируса бешенства методом дот-гибридизации
4.6.1. Конструирование ДНК-зондов, оптимизация
условий проведения дот-гибридизации
4.6.2. Определение чувствительности ДНК-зондов для
выявления РНК вируса бешенства
4.6.3. Определение специфичности ДНК-зондов для
выявления РНК вируса бешенства
4.6.4.Исследование динамики накопления вируса бешенства (шт.ТС-80) в культуре клеток почки сайги с
помощью дот-гибридизации
4.6.5. Исследование динамики накопления вируса бешенства (шт.ТС-80) в мозге инфицированных мышей
с помощью дот-гибридизации
4.6.6. Выявление РНК вируса бешенства в пробах головного мозга инфицированных мышей, хранившихся при
температуре 8° -10° С, с помощью дот-гибрщщзации
4.6.7. Выявление РНК вируса бешенства в патологическом
материале с помощью дот-гибридизации
4.7. Разработка «Набора препаратов...» для идентификации вируса
бешенства с помощью ПЦР
4.8. Исследование динамики накопления вируса бешенства (шт. ТС-80)
в культуре клеток почки сайги методом ПЦР
4.9. Исследование динамики накопления вируса бешенства (шт. ТС-80)
в головном мозге инфицированных мышей с помощью ПЦР
4.10. Выявление РНК вируса бешенства в пробах головного мозга инфицированных мышей, хранившихся при
температуре 8° -10° С, с помощью ПЦР
4.11. Выявление РНК вируса бешенства в патологическом
материале с помощью ПЦР
4.12. Дифференциация полевых изолятов от вакцинных штаммов
вируса бешенства
4.13. Дифференциация вакцинных штаммов вируса бешенства
4.14. Стабильность генома вируса бешенства (штамм ТС-80)
при пассировании в культурах клеток ВНК-21 и ПС
5. ОБСУЖДЕНИЕ
6. ВЫВОДЫ
7. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ
8. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
9. ПРИЛОЖЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
а. к. - аминокислота
Био-11-дУТФ- биотинилированный дезоксиуридин трифосфат БСА - бычий сывороточный альбумин ВБ - вирус бешенства ВБА - вирус болезни Ауески
ВНК-21 - культура клеток почки новорожденного хомяка ВСВ - вирус везикулярного стоматита г/м - головной мозг ДНК-аза - дезоксирибонуклеаза ДСН - додецилсульфат натрия дНТФ - дезоксинуклеотид трифосфаты ИПТГ - юопропил-бета-Д-тиогалактопиранозид ИФА - иммуноферментный анализ кДа - килодальтон кДНК - комплементарная ДНК к.кл. - культура клеток КЧС - классическая чума свиней МонАТ - моноклональные антитела ОТ-ПЦР - обратно транскриптазная ПЦР ОРТ - открытая рамка трансляции пкг - пикограмм п.о. -пар оснований ПС - культура клеток почки сайги ПЦР - полимеразная цепная реакцияп РНК-аза - рибонуклеаза СТЕ - Трис-ЭДГА-натриевый буфер т.п.о. - тысяч пар основашш тРНК - транспортная РНК ТЕ - трис-ЭДТА буфер ФСБ - фосфатно-солевой буфер ЭДТА - этилендиамннотетроацетат