Разработка вычислительных методов для анализа и визуализации эукариотических геномных сборок Михеенко Алла Александровна

Краткое описание

Михеенко,АллаАлександровна.Разработкавычислительныхметодовдляанализаивизуализацииэукариотическихгеномныхсборок: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.01.09 /МихеенкоАллаАлександровна; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет»]. - Санкт-Петербург, 2020. - 205 с. : ил.; 14,5х20,5 см.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ На правах рукописиМихеенкоАллаАлександровнаРАЗРАБОТКАВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХМЕТОДОВДЛЯАНАЛИЗАИВИЗУАЛИЗАЦИИЭУКАРИОТИЧЕСКИХГЕНОМНЫХСБОРОК03.01.09 — «Математическая биология, биоинформатика» Диссертация на соискание учёной степени кандидата физико-математических

стр. 3
. . . . . . . . . . . . . . 66 3.2 Icarus: новый инструментвизуализации, предназначенныйдляоценки качествасборки. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 3.2.1Визуализациявыравниванийсборкина референсный геном. 69 3.2.2 Определение подобия междусборками. . . . . . . . . . . . 72 3.2.3Визуализацияструктурысборок. . . . . . . . . . . . . . . . 74 3.3 Применения программы Icarusдляанализаи оценки...

стр. 7
анализсборкигенома человека в течение нескольких часов. 8 2. Разработаны и реализованы интерактивные инструментыдляанализаивизуализациисборокгенома (Icarus) и графовсборки(AGB). 3. Разработан программный пакет TandemToolsдляанализадлинных тандемных повторов. Пакет включает в себя инструмент

Оглавление диссертациикандидат наук Михеенко Алла Александровна
Введение
Глава 1. Оценка качества эукариотических геномных сборок
1.1 Введение
1.1.1 Секвенирование генома
1.1.2 Сборка генома
1.1.3 Оценка качества геномных сборок: подходы, не использующие референсный геном
1.1.4 Оценка качества геномных сборок: подходы на основе референсного генома
1.1.5 Проблемы анализа больших эукариотических геномов
1.2 Методы
1.2.1 Базовые метрики QUAST
1.2.2 Выравнивание сборок на референсный геном
1.2.3 Выбор наилучшего набора выравниваний
1.2.4 Обработка мобильных генетических элементов
1.2.5 Показатели качества на основе &-меров
1.2.6 Концепция теоретически оптимальной сборки
1.3 Результаты
1.3.1 Производительность QUAST-LG
1.3.2 Сравнение сборок
Глава 2. Анализ и оценка качества сборок длинных тандемных
повторов
2.1 Введение
2.1.1 Классификация тандемных повторов
2.1.2 Центромеры и их структурная организация
2.1.3 Трудности в сборке сверхдлинных тандемных повторов
2.1.4 Проблемы в оценке сборок сверхдлинных тандемных повторов
2.2 Методы
Стр.
2.2.1 Модуль выравнивания ридов
2.2.2 Модуль полировки
2.2.3 Модуль оценки качества
2.3 Результаты
2.3.1 Результаты TandemMapper на симулированных данных
2.3.2 Результаты TandemQUAST на симулированных данных
2.3.3 Анализ новых сборок центромерных регионов хромосом человека
2.4 Заключение
Глава 3. Новые подходы к визуализации данных в геномных
исследованиях
3.1 Введение
3.2 Icarus: новый инструмент визуализации, предназначенный для оценки качества сборки
3.2.1 Визуализация выравниваний сборки на референсный геном
3.2.2 Определение подобия между сборками
3.2.3 Визуализация структуры сборок
3.3 Применения программы Icarus для анализа и оценки геномных сборок
3.3.1 Набор данных S.cerevisiae
3.3.2 Набор данных C.elegans
3.4 Assembly Graph Browser: программное обеспечение для визуализации графов сборки
3.4.1 Упрощение графов сборки
3.4.2 Варианты представления графов сборки
3.5 Применение AGB для анализа графов сборки
3.5.1 Набор данных S.cerevisiae
3.5.2 Набор данных C.elegans
3.5.3 Набор данных H.sapiens
Заключение
Список сокращений и условных обозначений
Стр.
Словарь терминов
Список литературы
Список рисунков
Список таблиц