Регуляция транскрипции генов эукариот: Композиционные элементы, базы данных и компьютерный анализ Кель, Ольга Валериевна

Краткое описание

Кель,ОльгаВалериевна.Регуляциятранскрипциигеновэукариот:Композиционныеэлементы,базыданныхикомпьютерныйанализ: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.15. - Новосибирск, 2000. - 245 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК СИБИРСКОЕ ОТДЕЛЕНИЕ ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ На правах рукописи УДК 577.113.3; 57.087.1КельОльгаВалериевнаРЕГУЛЯЦИЯТРАНСКРИПЦИИГЕНОВЭУКАРИОТ:КОМПОЗИЦИОННЫЕЭЛЕМЕНТЫ,БАЗЫДАННЫХИКОМПЬЮТЕРНЫЙАНАЛИЗ. Генетика 03.00.15 Диссертация на соискание ученой степени кандидата

стр. 3
1.4. Механизмы периодической экспрессиигеновв клеточном цикле высшихэукариот. 1.5. Специализированныебазыданных, содержащие информацию орегуляциитранскрипции. 1.5.1. Общая характеристкабазданныхпорегуляциитранскрипции. 1.5.2. СтруктурабазыданныхTRANSFAC. 1.6. Проблема поиска сайтов связывания

стр. 123
использованы нами для сбора и систематизации информации о КЭ в специализированнойкомпьютернойбазеданных. 3.2. Структура COMPEL -базыданныхкомпозиционныхрегуляторныхэлементовэукариот. 3.2.1. Введение понятий, существенных для описания полейбазыданныхCOMPEL. Для того, чтобы адекватно описать вбазеданныхсложный биологический объект, каким являются КЭ, мы ввели несколько формализованных понятий....

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Кель, Ольга Валериевна
Введение
Список сокращений
Глава 1. Современные представления о регуляции транскрипции генов эукариот.
Обзор литературы).
1.1. Принципы организации и функционирования ДНК регуляторных областей генов эукариот.
1.1.1. Строение базальных промоторов.
1.1.2. Модульная структура и свойства транскрипционных факторов.
1.1.3. Строение дистальных участков промоторов и отдаленных регуляторных областей.
1.2. Этапы транскрипции эукариотических генов.
1.2.1. Общие представления о нуклеосомной организации хроматина.
1.2.2. Ацетилирование/деацетилирование гистонов и регуляция транскрипции.
1.2.3. Мультибелковые АТФ-зависимые комплексы, модифицирующие структуру хроматина.
1.2.4. Взаимодействие факторов транскрипции с сайтами-мишенями ДНК, упакованной в нуклеосомную нить.
1.2.5. Позиционированная нуклеосома как положительный регулятор транскрипции.
1.2.6. Следующие уровни упаковки хроматина: роль линкерных гистонов и негистоновых белков HMG- 14hHMG-17.
1.2.7. Более высокие уровни упаковки хроматина: элементы MAR/SAR.
1.2.8. Характеристика факторов транскрипции общего назначения.
1.2.9. Последовательность шагов инициации транскрипции генов, считываемых
РНК полимеразой II.
1.2.10. ТФ, не входящие в состав базального комплекса, регулируют инициациацию транскрипции РНК полимеразой II.
1.2.11. Регуляция инициации транскрипции генов, считываемых
РНК полимеразами I и III.
1.2.12. Регуляция элонгации и терминация транскрипции.
1.3. Передача сигналов - механизм, связывающий активацию клеточных поверхностных рецепторов и регуляцию транскрипции генов в ядре.
1.3.1. Общие представления о путях передачи сигналов.
1.3.2. Схема путей передачи сигналов от клеточной поверхности в ядро.
1.3.3. Специализация путей передачи сигналов в конкретных типах клеток в ответ на различные сигналы.
1.3.4. Пересечение путей передачи сигналов на регуляторных областях генов.
1.3.5. Пересечение Са -зависимого и Каэ/Яа^МЕК путей передачи сигналов, обеспечивающее экспрессию интерлейкинов при иммунном ответе.
1.4. Механизмы периодической экспрессии генов в клеточном цикле высших эукариот.
1.5. Специализированные базы данных, содержащие информацию о регуляции транскрипции.
1.5.1. Общая характеристка баз данных по регуляции транскрипции.
1.5.2. Структура базы данных ШАЙБЕ АС.
1.6. Проблема поиска сайтов связывания транскрипционных факторов.