Роль белка Aim23p и его концевых удлинений в митохондриальной трансляции у дрожжей Дебрикова Ксения Сергеевна

Краткое описание

Оглавление диссертациикандидат наук Дебрикова Ксения Сергеевна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
1. ВВЕДЕНИЕ
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1 Общие черты митохондриальной трансляции
2.2 Особенности митохондриальных рибосом
2.3 Стадия инициации трансляции
2.4 Факторы инициации митохондриальной трансляции
2.5 Третий фактор инициации трансляции
2.6 IF3mt млекопитающих
2.7 N- и С-концевые удлинения IF3mt млекопитающих
2.8 Особенности трансляции в митохондриях дрожжей
2.9 Aim23p как третий фактор инициации трансляции митохондрий дрожжей
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1 Материалы
3.1.1 Оборудование
3.1.2 Растворы
3.1.3 Коммерческие наборы
3.1.4 Штаммы
3.1.5 Плазмиды
3.1.6 Антибиотики
3.1.7 Эндонуклеазы рестриктазы
3.1.8 Питательные среды
3.1.9 Программные обеспечения
3.1.10 Олигонуклеотиды
3.2 Методы
3.2.1 Споруляция и деление тетрад
3.2.2 Химическая трансформация S. cerevisiae плазмидной ДНК
3.2.3 Дизрупция гена в клетках S. cerevisiae
3.2.4 Выделение митохондрий S. cerevisiae для получения митохондриальной РНК
3.2.5 Выделение РНК из митохондрий
3.2.6 Нозерн-блот гибридизация
3.2.7 Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
3.2.8 Перекрестная ПЦР («overlap extension»)
3.2.9 Очистка фрагментов ДНК после ПЦР
3.2.10 Электрофоретическое разделение нуклеиновых кислот в агарозном геле в нативных условиях
3.2.11 Выделение фрагментов ДНК из агарозного геля
3.2.12 Переосаждение ДНК этиловым спиртом
3.2.13 Разрезание ДНК эндонуклеазами рестрикции и лигирование
3.2.14 Химическая трансформация E. coli
3.2.15 Электропорация клеток E. coli
3.2.16 Выделение плазмидной ДНК из клеток E. coli
3.2.17 Подготовка штаммов дрожжей к скринингу
3.2.18 Анализ роста дрожжей на селективных твердых средах
3.2.19 Подготовка клеточных лизатов к Вестерн-блот анализу
3.2.20 Выделение митохондрий S. cerevisiae для получения митохондриальных белков
3.2.21 Подготовка митохондриальных белков к Вестерн-блот анализу
3.2.22 Вестерн-блот анализ
3.2.23 Дизрупция гена IF3 в клетках E. coli
3.2.24 Скрининг и штаммов после дизрупции и трансдукции
3.2.25 Получение лизата Р1
3.2.26 Трансдукция
3.2.27 Скрининг клонов
3.2.28 Получение рекомбинантных белков
3.2.29 Связывание факторов с рибосомой E. coli
4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
4.1 Разбалансировка трансляции при делеции Aim23p не связана с процессом транскрипции
4.2 Для функционирования Aim23p необходимо наличие хотя бы одного концевого удлинения фактора
4.3 Человеческий mtIF3 активен в митохондриях дрожжей вне зависимости от наличия концевых участков
4.4 IF3 E. coli с концевыми участками Aim23p выполняет роль третьего фактора инициации митохондриальной трансляции в клетках дрожжей
4.5 Aim23p ингибирует рост E. coli
4.6 Aim23p взаимодействует с рибосомами E. coli неканоническим образом
5. ВЫВОДЫ
6. БЛАГОДАРНОСТИ
7. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ