Роль Gre-подобных факторов бактерий рода Deinococcus в регуляции работы РНК-полимеразы Агапов, Алексей Александрович

Краткое описание

Агапов,АлексейАлександрович.РольGre-подобныхфакторовбактерийродаDeinococcusврегуляцииработыРНК-полимеразы: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /АгаповАлексейАлександрович; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова]. - Москва, 2018. - 134 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
рукописиАгаповАлексейАлександровичРольGre-подобныхфакторовбактерийродаDeinococcusврегуляцииработыРНК-полимеразы03.01.03 молекулярная биология

стр. 24
транскрипции РНК-полимеразы. 24 2.2. Бактериальная транскрипция 2.2.1.РНК-полимеразыДНК-зависимыеРНК-полимеразысинтезируют молекулыРНКна матрице ДНК; этот процесс называется транскрипцией. ВсеРНК-полимеразыделятся на два класса: односубъединичные и многосубъединичные. ОдносубъединичныеРНК-полимеразы

стр. 105
radiodurans не являются анти-Gre-факторами В этойработемы исследовали влияние ранее неизученныхGre-подобныхфакторовбактерийродаDeinococcus(Gfh-факторы D. radiodurans и D. peraridilitoris) наработуРНКП на стадиях инициации, элонгации и терминации транскрипции. Основной эффектGre-факторов

Оглавление диссертациикандидат наук Агапов, Алексей Александрович
ОГЛАВЛЕНИЕ
Оглавление
Список сокращений
1. Введение
2. Обзор литературы
2.1. Биология бактерии D. radiodurans
2.1.1. Особенности морфологии и стрессоустойчивость
2.1.2. Пути репарации ДНК
2.1.2.1. Эксцизионная репарация
2.1.2.2. Репарация ошибочно спаренных оснований
2.1.2.3. Репарация двунитевых разрывов
2.1.2.4. Уникальные белки репарации й. radiodurans
2.1.2.5. Репарация межнитевых сшивок
2.1.2.6. ДНК-полимеразы в репарации
2.1.3. Механизмы устойчивости к окислительному стрессу
2.1.3.1. й. radiodurans устойчив к окислительному стрессу
2.1.3.2. Ферментативные антиоксидантные системы
2.1.3.3. Неферментативные антиоксидантные системы
2.1.3.4. Утилизация и ресинтез поврежденных молекул
2.1.4. Регуляция экспрессии генов у й. radiodurans
2.2. Бактериальная транскрипция
2.2.1. РНК-полимеразы
2.2.2. Структура промотора и инициация транскрипции
2.2.3. Структура кор-фермента и элонгация транскрипции
2.2.4. Транскрипционные паузы
2.2.5. Терминация транскрипции
2.2.6. Роль транскрипционного фактора NusA в паузах и терминации транскрипции
2.2.7. Конформационные состояния РНКП
2.2.8. Транскрипция поврежденной ДНК бактериальной РНК-полимеразой
2.2.9. Сопряженная с транскрипцией репарация ДНК
2.2.10. Регуляция транскрипции факторами, взаимодействующими с РНКП через вторичный канал
2.2.10.1. Структура и функции Gre-факторов
2.2.10.2. Структура и функции Кпк
2.2.10.3. Структура и функции ЭкБД
2.2.10.4. Структура и функции ТгаК
2.2.10.5. Транскрипционные свойства белка 1^3788
2.2.10.6. Структура и функции Gfh1
2.2.11. РНК-полимераза й. radiodurans
3. Материалы и методы
3.1. Батериальные штаммы, плазмиды, среды
3.1.1. Штаммы
3.1.2. Плазмиды
3.1.3. Питательные среды и антибиотики
3.2. Методы работы с ДНК
3.2.1. Электрофоретическое разделение молекул ДНК
3.2.2. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
3.2.3. Очистка ПЦР-продуктов
3.2.4. Рестрикция ДНК
3.2.5. Выделение ДНК из геля
3.2.6. Измерение концентрации ДНК
3.2.7. Лигирование
3.2.8. Трансформация
3.2.9. Выделение плазмидной ДНК
3.2.10. Секвенирование ДНК
3.3. Получение матриц для реакций транскрипции in vitro
3.3.1. Получение матрицы T7A1cons для исследования инициации транскрипции
3.3.2. Получение матрицы для исследования скорости элонгации
3.3.3. Получение матрицы galP1 tR2 для исследования эффективности терминации
3.4. ПЦР-мутагенез и клонирование
3.5. Выделение белков
3.5.1. Белки, использованные в реакциях транскрипции in vitro
3.5.2. Электрофорез в денатурирующем геле
3.5.3. Измерение концентрации белков
3.5.4. Суперпродукция и очистка Gfh-факторов
3.5.5. Суперпродукция и очистка рекомбинантной РНКП D. radiodurans
3.5.6. Выделение РНКП из клеток D. radiodurans
3.5.7. Суперпродукция и очистка белка Mfd D. radiodurans
3.5.8. Суперпродукция и очистка белка NusA D. radiodurans
3.5.9. Суперпродукция и очистка белка oA R167C D. radiodurans
3.5.10. Суперпродукция и очистка белка Sig1 D. radiodurans
3.6. Транскрипция in vitro
3.6.1. Электрофорез нуклеиновых кислот в денатурирующем геле
3.6.2. Буферы, использованные для проведения реакций транскрипции in vitro
3.6.3. Тест по определению эффективности синтеза коротких РНК на стадии инициации транскрипции
3.6.4. Измерение кинетических характеристик синтеза коротких РНК в зависимости от присутствия Gfh-факторов
3.6.5. Тест по определению влияния Gfh-факторов на скорость образования полноразмерного продукта в реакции синтеза РНК
3.6.6. Получение искусственных элонгационных комплексов для исследования расщепления РНК
3.6.7. Тест по определению зависимости эндонуклеазной активности РНКП от Gre-подобных факторов
3.6.8. Измерение времени полужизни Н^-паузы
3.6.9. Получение искусственных элонгационных комплексов для исследования паузирования РНКП
3.6.10. Анализ пауз транскрипции в ИЭК
3.6.11. Получение минимальных искусственных элонгационных комплексов для исследования синтеза РНК на поврежденных матрицах
3.6.12. Получение искусственных элонгационных комплексов с длинной матрицей для исследования синтеза РНК на поврежденной ДНК
3.6.13. Тест на точность работы РНКП й. radiodurans при транскрипции поврежденных матриц
3.6.14. Тест на эффективность транскрипции поврежденной ДНК РНКП й. radiodurans
3.6.15. Тесты по влиянию транслоказы Mfd и Gfh-факторов й. radiodurans на транскрипцию поврежденных матриц
3.6.16. Тест на активность Mfd в диссоциации паузированных элонгационных комплексов на поврежденных матрицах
3.6.17. Тест по измерению эффективности терминации
3.6.18. Метод молекулярных маячков
4. РЕЗУЛЬТАТЫ РАБОТЫ
4.1. Влияние Gfh-факторов на активность РНКП на стадии инициации транскрипции
4.2. Анализ мутантных вариантов в/Н-факторов й. radiodurans в реакции инициации транскрипции
4.3. Действие Gfh-факторов на холоферменты РНКП, содержащие главную и альтернативную о-субъединицы
4.4. Влияние Gfh-факторов на аффинность РНКП к каталитическим ионам в реакции синтеза коротких РНК
4.5. Влияние в/Н-факторов на аффинность РНКП к инициаторным субстратам
4.6. Влияние в/Н-факторов на стабильность промоторных комплексов и скорость перехода от инициации к элонгации транскрипции
4.7. Влияние Gfh-факторов D. radiodurans на эндонуклеазную активность РНКП
4.8. Влияние Gfh-факторов на синтез полноразмерной РНК
4.9. Влияние Gfh-факторов D. radiodurans на продолжительность транскрипционных пауз
4.9.1. Влияние Gfh-факторов на шпилькозависимые паузы
4.9.2. Совместное влияние факторов Gfh и NusA й. radiodurans на продолжительность Н^-паузы
4.9.3. Активность факторов Gfhl и NusA D. radiodurans в стимуляции других типов пауз
4.10. Активность факторов Gfh и NusA D. radiodurans в терминации транскрипции
4.11. Транскрипция поврежденной ДНК РНКП D. radiodurans
4.12. Точность синтеза РНКП D. radiodurans на поврежденных матрицах
4.13. Влияние Gfh на РНКП D. radiodurans при транскрипции поврежденных матриц
4.14. Влияние факторов Gfh и Mfd D. radiodurans на транскрипцию поврежденных матриц
4.15. Транскрипционные свойства Gfh-факторов D. peraridilitoris
5. Обсуждение результатов
5.1. Gfh-факторы D. radiodurans не являются анти^^-факторами
5.2. Влияние Gfh-факторов D. radiodurans на инициацию транскрипции
5.3. Влияние Gfh-факторов D. radiodurans на паузы и терминацию транскрипции
5.4. Влияние Gfh-факторов D. radiodurans на транскрипцию поврежденных матриц
5.5. Транскрипционные свойства Gfh-факторов D. peraridilitoris
5.6. Заключение
6. Выводы
7. Благодарности
8. Список литературы
Приложение