Роль клеточных белков Ku и SFPQ в транскрипции ВИЧ-1 Шадрина Ольга Алексеевна

Краткое описание

Шадрина,ОльгаАлексеевна.РольклеточныхбелковKuиSFPQвтранскрипцииВИЧ-1: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /ШадринаОльгаАлексеевна; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»]. - Москва, 2021. - 136 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ имени М.В. ЛОМОНОСОВА На правах рукописиШадринаОльгаАлексеевнаРОЛЬКЛЕТОЧНЫХБЕЛКОВKU ИSFPQВТРАНСКРИПЦИИВИЧ-1 ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени кандидата биологических наук 03.01.03 «Молекулярная биология» Научный руководитель: д.х.н., профессор Готтих

стр. 3
натранскрипциюВИЧ-1 ..................................................................................................... 58 4.1.2.БелокSFPQвлияет натранскрипциюс промотораВИЧ-1 ................................... 59 4.1.3. ВлияниеSFPQнатранскрипциюс промотораВИЧ-1 опосредовано взаимодействиемSFPQс участком ДНК в U3 регионе LTR...........................................61 4.2. Участие DNA-PK в регуляции...

стр. 5
исследованийролиKu втранскрипциигеновВИЧ-1 становится затруднительной. Влияния натранскрипциюВИЧ-1 другогобелкачеловека,SFPQ, изучено не было, хотя

Оглавление диссертациикандидат наук Шадрина Ольга Алексеевна
СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
I. ВВЕДЕНИЕ
II. РОЛЬ КЛЕТОЧНЫХ БЕЛКОВ KU, SFPQ И NONO И ДЛИННОЙ НЕКОДИРУЮЩЕЙ РНК NEAT1 В ЖИЗНЕННОМ ЦИКЛЕ ВИЧ-1
/ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ/
2. 1. Жизненный цикл вируса иммунодефицита человека
2.1.1. Ранние этапы жизненного цикла ВИЧ-1
2.1.2. Поздние этапы жизненного цикла ВИЧ-1
2.2. Белок Ku и его роль в транскрипции ВИЧ-1
2.3. SFPQ, NONO и NEAT1 - основные компоненты параспеклей
2.4. Роль SFPQ, NONO и NEAT1 в репликации ВИЧ-1
2.5. Заключение
III. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Буферы
3.2. Олигонуклеотиды и плазмиды
3.3. Антитела
3.4. Вестерн-блот анализ
3.5. Культивирование эукариотических клеток и получение лизатов для Вестерн-блот анализа
3.6. Получение и очистка рекомбинантных белков
3.7. Введение 32Р метки в олигонуклеотиды
3.8. In vitro транскрипция 7SK РНК
3.9. Анализ взаимодействия Ku с нуклеиновыми кислотами
3.10. Футпринтинг РНКазой Т1
3.11. Анализ взаимодействия SFPQ с U3 регионом вирусного LTR
3.12. Футпринтинг ДНКазой I
3.13. Иммунопреципитация
3.14. Метод соосаждения белков
3.15. Изучение влияния белков на активность промоторов в репортерной системе
3.16. Анализ влияния изучаемых белков на уровень мРНК репортера
3.17. Анализ влияния белка Ku на транскрипцию с интегрированного провируса
3.18. Иммунопреципитация хроматина (ChIP)
3.18.1. Определение присутствия Ku на промоторе ВИЧ-1
3.18.2. Определение присутствия фосфорилированных форм РНК полимеразы II на промоторе ВИЧ-1
3.19. Обработка данных
IV. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Влияние SFPQ на экспрессию с промотора ВИЧ-1
4.1.1. Создание репортерной системы для определения влияния исследуемых белков на транскрипцию ВИЧ-1
4.1.2. Белок SFPQ влияет на транскрипцию с промотора ВИЧ-1
4.1.3. Влияние SFPQ на транскрипцию с промотора ВИЧ-1 опосредовано взаимодействием SFPQ с участком ДНК в U3 регионе LTR
4.2. Участие DNA-PK в регуляции транскрипции ВИЧ-1
4.2.1. Подходы по изменению уровня субъединиц DNA-PK в клетке
4.2.2. Влияние субъединиц комплекса DNA-PK на транскрипцию ВИЧ-1
4.3. Поиск механизма влияния Ku на транскрипцию с промотора ВИЧ-1
4.3.1. Ассоциация Ku с промотором ВИЧ-1
4.3.2. Получение препарата рекомбинантного гетеродимера Ku70/Ku80
4.3.3. Характеристика взаимодействия гетеродимера Ku со шпилечными РНК in vitro
4.3.4. Влияние взаимодействия Ku с TAR РНК на транскрипцию ВИЧ-1
4.3.5. Ku - новый компонент комплекса 7SK мяРНП
4.3.6. Определение стадии транскрипции, зависящей от Ku
4.4. Поиск возможных посредников Ku-зависимой регуляции транскрипции ВИЧ-1
4.4.1. Поиск транскрипционных факторов, участвующих в регуляции транскрипции ВИЧ-1, в данных транскриптомного анализа
4.4.2. Поиск транскрипционных факторов, участвующих в регуляции транскрипции ВИЧ-1, в данных протеомного анализа
V. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
VI. ВЫВОДЫ
VI. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ