Сопряжение инициации и терминации эукариотической трансляции Согорин, Евгений Анатольевич

Краткое описание

Согорин,ЕвгенийАнатольевич.Сопряжениеинициацииитерминацииэукариотическойтрансляции: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /СогоринЕвгенийАнатольевич; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова]. - Москва, 2017. - 116 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки ИНСТИТУТ БЕЛКА РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК На правах рукописиСогоринЕвгенийАнатольевичCопряжениеинициацииитерминацииэукариотическойтрансляцииДиссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук 03.01.03 — молекулярная биология

стр. 3
не происходит на матрице, лишенной стоп-кодона . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.3.4Сопряжениеинициацииитерминациитрансляциине зависит от способаинициации. . . . . . . . . . . . . . . . 5.3.5Сопряжениеинициацииитерминациине происходит в прокариотической системетрансляции

стр. 6
сопряженииинициацииитерминации. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .Сопряжениеинициацииитерминациине происходит в прокариотической системетрансляции. . . . . . . . . . . . . . . . Частота встречаемости в заголовках статей словосочетаний . . . . Моделирование в бесклеточной

Оглавление диссертациикандидат наук Согорин, Евгений Анатольевич
Содержание
1 Введение
2 Обзор литературы
2.1 Удлинение полипептидной цепи (элонгация)
2.2 Инициация трансляции и её регуляция: классический механизм инициации трансляции у эукариот
2.2.1 Регуляция эукариотической инициации трансляции
2.2.2 Движущая сила однонаправленного движения малой субъединицы рибосомы во время сканирования
2.2.3 Нестандартные способы установки инициаторной тРНК в Р-участке эукариотической рибосомы на стартовом кодоне мРНК
2.3 Терминация трансляции у эукариот
2.4 Связь инициации и терминации трансляции: участие белковых факторов
2.4.1 Поли(А)-связывающий белок в терминации трансляции
2.4.2 Белок ABCE1
2.5 Особые случаи прекращения синтеза белка
3 Материалы исследования
3.1 Химические реагенты и ферменты
3.2 Буферные растворы и микробиологические среды
3.3 Штамм клеток, плазмидные вектора, конструкции мРНК
4 Методы исследования
4.1 Процедура депротеинизации и осаждения нуклеиновых кислот
4.2 Получение Rb-Cl компетентных клеток Escherichia coli
и трансформация плазмидными векторами
4.3 Препаративное выделение плазмидной ДНК
4.4 Электрофорез нуклеиновых кислот
4.5 Обработка плазмид эндонуклеазами рестрикции (гидролиз ДНК)
4.6 Амплификация фрагментов ДНК с помощью полимеразой цепной реакции (ПЦР)
4.7 In vitro транскрипция
4.8 Очистка мРНК с помощью спин-колонок
4.9 Мечение мРНК флуоресцентной меткой по 5'-концу
4.9.1 Получение флуоресцентно-меченной полиуридиловой кислоты
4.9.2 Получение флуоресцентно-меченного фрагмента мРНК люциферазы
4.10 Мечение мРНК флуоресцентной меткой по 3'-концу
4.11 Кэпирование мРНК
4.12 In vitro трансляция
4.13 Центрифугирование рибосомных комплексов в градиенте концентрации сахарозы и их детекция
4.14 Измерение свечения синтезируемого GFP в трансляционной смеси
4.15 In situ мониторинг синтеза люциферазы
5 Результаты и обсуждение результатов работы
5.1 Детекция флуоресцентно-меченной мРНК в рибосомных комплексах
5.2 Образование новых и частичная разборка прежде сформированных полирибосом в трансляционной системе после добавления новой порции мРНК
5.3 Сопряжение инициации и терминации трансляции в процессе синтеза белка в эукариотической бесклеточной системе
5.3.1 Эффект, вызываемый добавлением новой мРНК, не зависит от ее специфичности
5.3.2 Индуцированное освобождение завершённого белка строго зависит от трансляционной активности добавляемой мРНК
5.3.3 Немедленный выход активного белка при добавлении новой мРНК не происходит на матрице, лишенной стоп-кодона
5.3.4 Сопряжение инициации и терминации трансляции не зависит от способа инициации
5.3.5 Сопряжение инициации и терминации не происходит в прокариотической системе трансляции
6 Заключение
7 Выводы
8 Благодарности
9 Приложение Список литературы
94
95
97
98
Список иллюстраций
1 Получение флуоресцентно-меченной ро1уИ
2 Зависимость синтеза полифенилаланина от времени на ро1уИ матрице
3 Связывание прокариотическими рибосомами флуоресцентно-меченной ро1уИ
4 Получение флуоресцентно-меченного фрагмента мРНК люциферазы
5 Связывание эукариотическими рибосомами флуоресцентно-меченного по 5'-концу фрагмента мРНК люциферазы
6 Динамика образования полирибосом
7 Образование новых полирибосом
8 Частичная разборка ранее сформированных полирибосом
9 Динамика синтеза люциферазы
10 Вновь добавленная мРНК стимулирует немедленное освобождение полноразмерной люциферазы из транслирующих рибосом
11 Стимуляция освобождения белка из транслирующих рибосом не зависит от кодовой специфичности вновь добавляемой мРНК
12 Трансляционная активность вновь добавляемой мРНК определяет величину эффекта стимуляции освобождения полноразмерной люциферазы из транслирующих рибосом
13 Только трансляционно-активная вновь добавляемая мРНК способна немедленно стимулировать освобождение полноразмерного белка
14 Синтез люциферазы и формирование полирибосом на мРНК без стоп-кодона
15 Стимуляция освобождения активного белка зависит от наличия стоп-кодона на транслируемой мРНК
16 Кэп/фактор независимая инициация трансляции по механизму внутренней посадки рибосомы способна стимулировать терминацию трансляции
17 Фактор инициации eIF4A не участвует в сопряжении инициации
и терминации
18 Сопряжение инициации и терминации не происходит в прокариотической системе трансляции
19 Частота встречаемости в заголовках статей словосочетаний
20 Моделирование в бесклеточной системе ситуации доставки новых молекул мРНК из ядра в цитоплазму живой клетки
Список таблиц
1 Последовательность олигонуклеотидов
2 Плазмидные вектора
3 ДНК-матрицы для транскрипции in vitro
4 Описание используемых мРНК
5 Использованные в работе лидеры мРНК и способ их инициации трансляции