Структурно-динамические модели биологически активных молекулярных соединений Ведяева, Светлана Юрьевна

Краткое описание

Ведяева, Светлана Юрьевна.Структурно-динамические модели биологически активных молекулярных соединений : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 01.04.05. - Саратов, 2001. - 213 с.

Оглавление диссертациикандидат физико-математических наук Ведяева, Светлана Юрьевна
Введение.
Глава 1. Молекулярные модели и их математическое описание.
1.1. Методика использования математического аппарата тензорной алгебры в теории молекулярных колебаний.
1. 2. Математическое описание колебательно-вращательной модели жесткой молекулы.
1.3. Модельные гамильтонианы для ангармонической механической задачи теории колебательных спектров.
1. 4. Криволинейные координаты и эффект Душинского в теории электронно-колебательных спектров.
1.4. 1. Нормальные координаты классической колебательной задачи.
1.4.2. Коллективные координаты колебательно-вращательной модели многоатомной молекулы.
1. 4. 3.Использование естественных колебательных координат.
1.5. Учет неадиабатических эффектов в молекулярной динамике.
1. 6. Метрические соотношения для естественных колебательных координат и кинематическая ангармоничность.
1.6. 1. Метрические соотношения для координат типа С] (изменение длины связи между атомами).
1. 6. 2. Метрические соотношения для координаты типа [3 (изменение угла связи между единичными векторами е^м е^).
1. 6. 3. Метрические соотношения для координат типа р (изменение угла между связью и плоскостью молекулярного фрагмента).
1. 6. 4. Метрические соотношения для координат типа х (изменение угла между плоскостями молекулярных фрагментов).
1. 7. Алгоритм вычисления параметров кинематической ангармоничности.
1.7. 1. Производные от метрических коэффициентов для координаты типа q растяжение связей).
1. 7. 2. Производные от метрических коэффициентов для координаты типа /? изменение валентных углов).
1. 7. 3. Производная от метрических коэффициентов для координаты типа р угол между связью и плоскостью).
1. 7. 4. Производные от определяющего вектора плоскости (рекуррентные выражения.
1. 7. 5. Производные от метрических соотношений для координат типа % (угол между некомпланарными плоскостями).
Глава 2. Квантовохимические расчеты в молекулярной спектроскопии.
2. 1. Расчеты колебательных спектров неэмпирическими методами.
2. 1. 1. Расчеты в приближении Хартри-Фока-Рутаана.
2. 1. 2. Расчеты в приближении Меллера-Плессета.
2. 1.3. Расчеты в приближении метода функционала плотности.
2. 2. Численный эксперимент на программном комплексе Vibration 2001.
2. 2. 1. Структура программы Vibration 2001 и особенности реализации.
2. 2. 2. Модуль 1- MolParametrs. Анализ молекулярных параметров колебательновращательного взаимодействия, вычисленных методом ab initio.
2. 2. 3. Модуль2 - KCh2001Call. Реализация алгоритмов решения прямой и обратной механической задачи теории колебаний молекул.
2. 2. 4. МодульЗ - KCh2000Dat. Реализация пользовательского интерфейса
Vibration 2001.
2. 3. 1. Тестирование комплекса программ Vibration 2001 на примере этилена и его дейтерозамещенных.
2. 3. 2. Тестирование комплекса программ Vibration 2001 на примере муравьиной кислоты и ее дейтерозамещенных.
Глава 3.Построение структурно-динамических моделей шестичленных азоцикли-ческих соединений в основном и первом возбужденном электронных состояниях
3.1. Моноазины.
3. 1. 1. Структурно-динамическая модель пиридина в основном и первом возбужденном электронных состояниях.
3. 1.2. Структурно-динамическая модель N-окиси пиридина в основном и первом возбужденном электронных состояниях.
3. 2. Диазины.
3.2. 1. Структурно-динамическая модель пиримидина в основном и первом возбужденном электронных состояниях.
3. 2. 2. Структурно-динамическая модель пиразина в основном и первом возбужденном электронных состояниях.
3. 2. 3. Структурно-динамическая модель пиридазина в основном и первом возбужденном электронных состояниях.
3.3. Структурно-динамическая модель симметричного триазина в основном электронном состоянии.
3. 4. Структурно-динамическая модель симметричного тетразина в основном и первом возбужденном электронных состояниях.
Глава 4. Построение структурно-динамических моделей биологически активных молекулярных соединений.
4.1.Структурно-динамическая модель Р-хлорвинилдихлорарсина - C2H2ASCI3 в основном электронном состоянии.
4. 2. Структурно-динамические модели дибензо-п-диоксинов в основном электронном состоянии.
4. 3. Структурно-динамическая модель урацила в основном и первом возбужденном электронном состоянии.