Структурно-функциональные исследования РНК-связывающих свойств белков семейства Lsm из архей Леконцева, Наталья Владимировна

Краткое описание

Леконцева,НатальяВладимировна.Структурно-функциональныеисследованияРНК-связывающихсвойствбелковсемействаLsmизархей: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /ЛеконцеваНатальяВладимировна; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова]. - Москва, 2018. - 123 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ИНСТИТУТБЕЛКАРОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК На правах рукописиЛеконцеваНатальяВладимировнаСТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕИССЛЕДОВАНИЯРНКСВЯЗЫВАЮЩИХСВОЙСТВБЕЛКОВСЕМЕЙСТВАLsmИЗАРХЕЙ03. 01. 03 молекулярная биология Диссертация на соискание ученой

стр. 2
................................................................................................ 9 Глава I.СемействобелковLsm................................................................................................9 Глава II.СтруктурнаяорганизациябелковLsm...................................................................11 Глава III.ФункциональнаярольбелковсемействаLsm...

стр. 11
(Sm1, тяжи β1, β2 и β3) участвует в формировании несколькихРНК-связывающихсайтов (сайт связывания одноцепочечных У-богатыхРНК, обнаруженный у всехбелков; поли(А)РНК-связывающийсайт и боковойРНК-связывающийсайт убелковHfq) (Mura et al., 2013). 11 Рис. 1. Ленточная модель укладки мономера представителя

Оглавление диссертациикандидат наук Леконцева, Наталья Владимировна
ОГЛАВЛЕНИЕ
УСЛОВНЫЕ СОКРАЩЕНИЯ
ВВЕДЕНИЕ
ЧАСТЬ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Глава I. Семейство белков Lsm
Глава II. Структурная организация белков Lsm
Глава III. Функциональная роль белков семейства Lsm
3.1 Функции эукариотических белков Sm/Lsm
3.2 Функции бактериальных белков Hfq
3.3 Функции архейных представителей семейства Lsm
3.4 Существующие гипотезы по функционированию архейных белков SmAP
ЧАСТЬ II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Глава I. Материалы и приборы
1.1. Химические реактивы и ферменты
1.2. Бактериальные штаммы и плазмиды
1.3. Приборы
Глава II. Методы генной инженерии и микробиологии
2.1. Подимеразная цепная реакция для получения генов белков SmAP из Methanococcus jannasсhii, Methanoсoссus vannielii, Sulfolobus aсidoсaldarius
2.2. Метод сайт-направленного мутагенеза последовательности ДНК
2.3. Электрофорез ДНК в агарозном геле
2.4. Очистка фрагментов ДНК
2.4. Обработка ДНК сайт-специфическими эндонуклеазами рестрикции
2.5. Лигирование фрагментов ДНК
2.6. Получение компетентных клеток E. шИ с использованием хлорида кальция
2.7. Трансформация клеток E. шИ с помощью метода теплового шока
2.8. Экспрессия генов SmAP из Methanoсoссus jannasсhii, Methanoсoссus vannielii, Sulfolobus solfatariсus и Sulfolobus aсidoсaldarius в клетках E. шИ
Глава III. Биохимические методы при работе с белками
3.1. Выделение и очистка белка SmAP из M. jannasсhii и его мутантных форм из клеток штаммов-суперпрдуцентов E. шИ
3.2. Выделение и очистка белка SmAP из M. vannielii из клеток штаммов-суперпрдуцентов E. шИ
3.3. Выделение и очистка белков SmAP из S. solfatariсus и S. aсidoсaldarius из клеток штаммов-суперпрдуцентов E. шИ
3.4. Спектрофотометрическое определение концентрации белков и нуклеиновых
кислот
3.5. Электрофоретический анализ белков в ПААГ в присутствии ДСН
3.6. Кристаллизация исследуемых белков и их комплексов с рибонуклеотидмонофосфатами
Глава IV. Биохимические методы при работе с РНК и нуклеотидами
4.1. Использованные фрагменты РНК
4.2. Электрофорез РНК в ПААГ в денатурирующих условиях
4.3 Определение сродства исследуемых белков к одиночным нуклеотидмонофосфатам по изменению флуоресцентной анизотропии
Глава V. Биохимические методы работы с РНК-белковыми комплексами
5.1. Анализ сродства исследуемых белков к РНК методом поверхностного плазмонного резонанса
5.2. Анализ взаимодействий исследуемых белков с «молекулярным маяком»
ЧАСТЬ III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Глава I. Получение и кристаллизация архейных белков семейства Lsm
1.1. Выделение и кристаллизация белка SmAP из Methanococcus jannasсhii и его мутантных форм, а также комплексов с рибонуклеотидмонофосфатами
1.2. Выделение и кристаллизация белка SmAP из Methanoсoссus vannielii и его комплексов с рибонуклеотидмонофосфатами
1.3. Выделение и кристаллизация белков SmAP и их комплексов с
рибонуклеотидмонофосфатами из кренархей рода Sulfolobus
Глава II. Сравнение уридин-связывающих сайтов бактериальных и архейных белков семейства Lsm
Глава III. Сравнение и анализ областей аденин-связывающих сайтов бактериальных и архейных белков семейства Lsm
Глава IV. Анализ взаимодействия исследуемых белков семейства Lsm с аденозинмонофосфатом, меченым флуорофором МАНТ
Глава V. Определение сродства исследуемых белков к олиго(У) и олиго(А) РНК методом поверхностного плазмонного резонанса
Глава VI. Анализ «РНК-шаперонной» активности исследуемых SmAP
Глава VII. Перспективы
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
БЛАГОДАРНОСТИ