Структурно-функциональные особенности взаимодействия интегразы ВИЧ-1 и клеточного белка Ku70 Анисенко, Андрей Николаевич

Краткое описание

Анисенко,АндрейНиколаевич.Структурно-функциональныеособенностивзаимодействияинтегразыВИЧ-1иклеточногобелкаKu70: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /АнисенкоАндрейНиколаевич; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова]. - Москва, 2018. - 107 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
правах рукописиАнисенкоАндрейНиколаевичСтруктурно-функциональныеособенностивзаимодействияинтегразыВИЧ-1 иклеточногобелкаKu7003.01.03 Молекулярная

стр. 2
.................................................................................54 4.1. Определениеструктурныхэлементов, участвующих в образовании комплексаинтегразыВИЧ-1 иклеточногобелкаKu70..........................................................................54 2 4.1.1. РекомбинантныебелкиKu70иинтегразаВИЧ-1 образуют комплекс in vitro 54 4.1.2. Вирусная ДНК иклеточныйпартнер ИНВИЧ-1 ...

стр. 9
2’-О-метил-олигонуклеотида (5’-GGUUUUUGUGU3’) с эозином препятствуетвзаимодействиюинтегразыВИЧ-1 иклеточногобелкаKu70, экранируя аминокислотные остаткиинтегразыE212 и L213 в составе α6-спирали; 4.БелокKu70действительно защищаетинтегразуот протеасомальной деградации, но этот эффект не обусловлен образованием

Оглавление диссертациикандидат наук Анисенко, Андрей Николаевич
ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
1. ВВЕДЕНИЕ
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. Роль факторов репарации повреждений ДНК в жизненном цикле ВИЧ-1
2.1. Общая характеристика ВИЧ-1
2.2. Жизненный цикл ВИЧ-1
2.1.1. Ранние этапы жизненного цикла ВИЧ-1
2.1.2. Поздние этапы жизненного цикла ВИЧ-1
2.2. Интеграция ВИЧ-1 как источник повреждений ДНК
2.3. Клеточные системы ответа на повреждения ДНК
2.3.1. Репарация двуцепочечных разрывов ДНК
2.3.2. Репарация одноцепочечных повреждений ДНК
2.4. Постинтеграционная репарация ВИЧ-1
2.4.1. Роль пути негомологичного объединения концов и его компонентов в интеграции ВИЧ-1
2.4.2. Роль других факторов клеточного ответа на повреждения ДНК в репликации ВИЧ-1
2.4.3. Путь эксцизионной репарации оснований и репликация ВИЧ-1
2.5. Заключение
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Буферы
3.2. Олигонуклеотиды и плазмиды
3.3. Получение и очистка рекомбинантных белков
3.4. Метод соосаждения белков
3.5. Ко-иммунопреципитация
3.6. Вестерн-блот анализ
3.7. Определение активности ИН
3.8. Связывание ДНК с белками
3.9. Культивирование клеток и сборка псевдовирусных частиц
3.10. Оценка стабильности белков
3.11. Количественный ПЦР
3.12. Докинг и молекулярная динамика
4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
4.1. Определение структурных элементов, участвующих в образовании комплекса
интегразы ВИЧ-1 и клеточного белка ^70
2
4.1.1. Рекомбинантные белки Ku70 и интеграза ВИЧ-1 образуют комплекс in vitro
4.1.2. Вирусная ДНК и клеточный партнер ИН ВИЧ-1 - LEDGF, не препятствуют
взаимодействию ИН ВИЧ-1 с клеточным белком Ku70
4.1.3. Роль N-концевого домена Ku70 во взаимодействии с интегразой
4.1.4. Ku70 не взаимодействует с интегразой пенообразующего вируса человека
4.1.5. Каталитический домен интегразы ВИЧ-1 участвует во взаимодействии с Ku70
4.1.6. Центральный ß-баррельный домен Ku70 содержит второй сайт взаимодействия с интегразой
4.1.7. Аминокислотные остатки интегразы E212 и L213 важны для образования комплекса с Ku70
4.1.8. Конъюгат 11-звенного олигонуклеотида с эозином предотвращает образование комплекса ИН/Ки70
4.1.9. Компьютерное моделирование структуры комплекса интегразы ВИЧ-1 с ингибитором 11-ОМ-Е
4.1.10. Аминокислотные остатки интегразы E212 и L213 важны для ее взаимодействия с Ku70 в клетках HEK293T
4.2. Функциональная роль взаимодействия интегразы ВИЧ-1 и клеточного белка Ku70
4.2.1. Замена аминокислот E212 и L213 в составе интегразы ВИЧ-1 не влияет на интеграцию вектора на основе ВИЧ-1
4.2.2. Интеграза ВИЧ-1 и ее мутантный вариант ИН_Е212А_Ь213 A имеют одинаковую стабильность в клетках HEK293T
4.2.3. Взаимодействие интегразы ВИЧ-1 и клеточного белка Ku70 обеспечивает постинтеграционную репарацию ДНК
4.2.4. Компоненты DNA-PK: Ku70, Ku80 и DNA-PKcs, - вовлечены в процесс постинтеграционной репарации
ВЫВОДЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ 1