Влияние интеграций LTR эндогенных ретровирусов на экспрессию соседних генов Илларионова, Анна Эдуардовна

Краткое описание

Илларионова,АннаЭдуардовна.ВлияниеинтеграцийLTRэндогенныхретровирусовнаэкспрессиюсоседнихгенов: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 2006. - 121 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
61:07-3/68 РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова На правах рукописиИлларионоваАннаЭдуардовнаВЛИЯНИЕИНТЕГРАЦИИLTRЭНДОГЕННЫХРЕТРОВИРУСОВНАЭКСПРЕССИЮСОСЕДНИХГЕНОВспециальность 03.00.03 - молекулярная биология ДИССЕРТАЦИЯ на

стр. 3
ВВЕДЕНИЕ 5 ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР 8 1.1. Неремещающиеся элементы генома 8 1.1.2. Ретроэлементы 9 1.1.1.1.LTR-Ретротранспозоны 10 1.1.2.Ретровирусы12 1.1.3.Эндогенныеретровирусы12 1.1.3.1. Строениеэндогенныхретровирусовчеловека 13 1.1.3.2. Происхождениеэндогенныхретровирусов15 1.1.3.3. Классификация

стр. 34
сложность регуляторных воздействийLTRчеловеческихэндогенныхретровирусовнаэкспрессиюгенов[158,159]. В случаегеначеловека CYP19, который кодирует белок Р450 ароматазы, вовлеченный в синтез эстрогена,LTRэндогенногоретровирусаявляется одним из 6 альтернативных промоторов.LTRиндуцирует высокий

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Илларионова, Анна Эдуардовна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
СОДЕРЖАНИЕ.
ВВЕДЕНИЕ.
ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР.
1.1. Перемещающиеся элементы генома.
1.1.2. Ретроэлементы.
1.1.1.1. LTR-Ретротранспозоны.
1.1.2. Ретровирусы.
1.1.3. Эндогенные ретровирусы.
1.1.3.1. Строение эндогенных ретровирусов человека.
1.1.3.2. Происхождение эндогенных ретровирусов.
1.1.3.3. Классификация эндогенных ретровирусов.
1.1.3.4. Представленность и распределение ERV в геноме человека.
1.1.3.5. Участие HERV в нормальных и патофизиологических процессах, протекающих в клетке.
1.3.1.6. Участие ERV в эмбриогенезе и развитии плаценты.
1.1.3.7. Различия в структуре LTR, влияющие на их транскрипционную активность.
1.1.3.8. Эндогенные и экзогенные факторы, влияющие на экспрессию HERV.
1.1.3.9. Влияние эндогенных ретровирусов и одиночных LTR на функционирование генома человека.
1.1.4. Ретровирусные регуляторы экспрессии генов в геноме человека, как возмоэюные факторы его эволюции.
ГЛАВА 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
2.1. Материалы.
2.1.1. Оборудование.
2.1.2. Расходные материалы.
2.1.3. Реактивы и ферменты.
2.1.4. Буферные и концентрированные растворы.
2.1.5. Препараты геномной ДНК.
2.1.6. Ткани.
2.1.6. Штаммы, культуры, плазмиды.
2.1.7. Праймеры, последовательность нуклеотидов.
2.2. Методы.
2.2.1. Выделение РНК.
2.2.1.1. Подготовка тканей.
2.2.1.2. Подготовка клеток.
2.2.1.3. Выделение РНК.
2.2.1.4. Определение концентрации РНК.
2.2.1.5.Анализ выделенной РНК методом гель-электрофореза.
2.2.1.6. Обработка препарата РНК ДНКазой.
2.2.2. Синтез первых цепей кДНКна матрице суммарной РНК.
2.2.3. Выделение ДНК.
2.2.3.1. Выделение плазмидной ДНК.
2.2.3.2. Выделение высокомолекулярной ДНК.
2.2.4. Очистка олигонуклеотидных праймеров.
2.2.5. Полимеразпая цепная реакция (PCR).
2.2.5.1. Стандартная пропись PCR-амплификации.
2.2.5.2. RT-PCR-амп лификация.
2.2.5.3. Приготовление матрицы для PCR из суспензии клеток.
2.2.6. Электрофорез в агарозном геле.
2.2.7. Определение концентрации фрагментов ДНК.
2.2,8. Определение первичной структуры клонированных фрагментов ДНК и PCR фрагментов на автоматическом секвенаторе.
2.2.9. Трансформация Е. coli.
2.2.10. Рестрикция и лигирование.
2.2.10.1. Аналитическая рестрикция выделенных плазмид.
2.2.10.2. Препаративная рестрикция, выделение и очистка плазмид и фрагментов ДНК.
2.2.10.3. Лигирование.
2.2.11. Культивирование клеток.
2.2.12. Трансфекция клеток.
2.2.13. Позитивно-негативная селекция.
2.2.14. Получение клеточного лизата.
2.2.15. Определение количества белка.
2.2.16. Определение флуоресценции EGFP в клеточных лизатах.
2.2.17. Определение активности люциферазы.
2.2.18. 5'RACE (RapidAmplification of5'cDNA Ends).
2.2.19. Программное обеспечение.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Теоретическое обоснование работы и экспериментальные задачи.
3.2. Анализ траискрипта, содержащего в своем составе LTR HERV-K.
3.3. PCR-анализ локусов, различающихся по присутствию LTR HERV-K.
3.4. Филогенетический анализ представителей подсемейства KIAA1245 генома человека.
3.5. Определение возраста интеграции LTR в предковую последовательность LTR-содержащих генов.
3.6. Сравнение последовательностей представителей подсемейства KIAA1245 различных приматов.
3.7. Анализ транскрипции генов подсемейства KIAA1245.
3.7.1. Анализ транскрипции генов подсемейства KIAA1245 в нормальных тканях человека.
3.7.2. Анализ транскрипции генов подсемейства KIAA1245 в опухолевых тканях человека и трансформированных клеточных линиях.
3.7.3. Анализ транскрипции генов подсемейства KIAA1245 в эмбриональных тканях человека.
3.7.4. Анализ транскрипции LTR-содержащих генов подсемейства KIAA1245.
3.7.5. Вклад каждого из LTR-содержащих генов в общую транскрипцию.
3.8. Экспериментальное подтверждение энхансерной активности исследуемого LTR.
3.9. Роль LTR в транскрипции генов подсемейства KIAA1245.
3.9.1. Расположение генов на хромосомах.
3.9.2. Анализ регуляторных последовательностей в промоторных областях генов.
3.9.3. Метилирование промоторных областей генов.
3.10. Анализ промоторной активности исследуемого LTR HERV-K.
3.11. Определение промоторной активности исследуемого LTR in vitro.
ВЫВОДЫ.