Вычислительные подходы к решению фазовой проблемы кристаллографии биополимеров при низком разрешении Лунина, Наталья Леонидовна

Краткое описание

Лунина,НатальяЛеонидовна.Вычислительныеподходыкрешениюфазовойпроблемыкристаллографиибиополимеровпринизкомразрешении: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.00.02. - Пущино, 1998. - 96 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
ИНСТИТУТ МАТЕМАТИЧЕСКИХПРОБЛЕМБИОЛОГИИ РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК На правах рукописи УДК 577.32ЛУНИНАНатальяЛеонидовнаВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕПОДХОДЫКРЕШЕНИЮФАЗОВОЙПРОБЛЕМЫКРИСТАЛЛОГРАФИИБИОПОЛИМЕРОВПРИНИЗКОМРАЗРЕШЕНИИ03.00.02 - Биофизика Диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических

стр. 5
объектов. 6 Задачей данного исследования являлась разработка процедуры прямогорешенияфазовойпроблемымакромолекулярнойкристаллографиипринизкомразрешении. подразумеваетРешениефазовойпроблемыфазпридлянизкомразрешениидесятков определение значений нескольких коэффициентов Фурье (структурных

стр. 6
решенияфазовойдляпроблемыэтогопринизкомразрешениии разработка анализа;фазовойпримененных разработка исследования процедур кластерногорешенияпроцедуры Монте-Карловского типа дляпроблемыпринизкомразрешении; разработка и создание соответствующего программного обеспечения; тестирование метода

Оглавление диссертациикандидат физико-математических наук Лунина, Наталья Леонидовна
СОДЕРЖАНИЕ
стр.
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА I. ФАЗОВАЯ ПРОБЛЕМА ПРИ НИЗКОМ
РАЗРЕШЕНИИ. (ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР)
1. Зачем нужны фазы рефлексов низкого разрешения
2. Восстановление структурных факторов низкого
разрешения
2.1. Определение фаз методом максимального детерминанта
2.2. Двухшаговая процедура восстановления
структурных факторов
2.3. Восстановление структурных факторов с использованием гистограмм электронной плотности
3. Классические прямые методы
4. Экспериментальные методы определения фаз
структурных факторов низкого разрешения
4.1. Изоморфное замещение
4.2. Молекулярное замещение
4.3. Метод вариации контраста
4.4. Многоволновая дифракция
5. Ab-initio определение фаз при низком разрешении
5.1. Поиск в пространстве фаз
5.2. Критерии, основанные на свойствах функции распределения электронной плотности
5.2.1. Гистограмма электронной плотности
5.2.2. Топологические свойства (связность)
5.2.3. Локальная вариация плотности
5.3. Поиск в пространстве параметров
5.3.1. Сферически симметричная модель
5.3.2. Сферически несимметричная модель
5.3.3. Параметризация при помощи нескольких сфер
5.3.4. Параметризация при помощи большого числа
сфер
5.3.5. Использование сферической оболочки
5.3.6. Пиксельное моделирование
5.4. Критерии поиска в пространстве параметров
5.4.1. Критерий типа R-фактора
5.4.2. Коэффициент корреляции модулей
5.4.3. Анализ упаковки
5.5. Вероятностные подходы
5.5.1. Априорные распределения с максимальной энтропией
5.5.2. Маска области как априорное распределение
5.5.3. Выбор из нескольких альтернативных масок
5.5.4. Максимум правдоподобия
5.5.5. Аппроксимация априорного распределения градиентом функции правдоподобия
ГЛАВА II. FAM - МЕТОД РЕШЕНИЯ ФАЗОВОЙ
ПРОБЛЕМЫ ПРИ НИЗКОМ РАЗРЕШЕНИИ
1. Предварительные сведения
1.1.Тестовый объект
1.2. Контрольный критерий: фазовая корреляция
1.3. Критерий отбора: корреляция модулей
1.4. FAM-модели
2. Связь между качеством модулей и фаз, рассчитанных
по FAM - модели
2.1. Точность фаз, получаемых при помощи FAM
моделей
2.2. Поиск оптимальной РАМ-модели
2.3. Переформулировка задачи определения фаз
3. БАМ - метод
3.1. Генерация и отбор вариантов
3.2. Кластерный анализ
3.3. Обработка кластера
3.4. Уточнение значений фаз и повышение разрешения
4. Проблема выбора наилучшего кластера
4.1. Визуальный анализ
4.2. Анализ плотности на осях вращения
4.3. Топологические свойства (связность)
4.4. Монте-Карловский тест (правдоподобие)
ГЛАВА III. ОПРЕДЕЛЕНИЕ СТРУКТУРЫ РИБОСОМНОЙ
ЧАСТИЦЫ 508 ИЗ Шгтш 1кегторЫ1ш ПРИ
РАЗРЕШЕНИИ ПОРЯДКА 40А
1. Определение структуры Т50Б
2. Сравнение с электронно-микроскопической моделью
ПРИЛОЖЕНИЕ. Оптимальное выравнивание наборов фаз
1. Введение
2. Выравнивание карт
2.1. Группа Р1
2.2. Нетривиальные пространственные группы
3. Использование асимметричной части множества структурныхфакторов
1. "Перевернутые" карты
2. Разрешенные сдвиги начала координат
ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ И ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ