Взаимодействие белков с синтетическими и природными полиэлектролитами и влияние на него посттрансляционных модификаций Софронова Алина Андреевна

Краткое описание

Софронова,АлинаАндреевна.Взаимодействиебелковссинтетическимииприроднымиполиэлектролитамиивлияниенанегопосттрансляционныхмодификаций: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.08 /СофроноваАлинаАндреевна; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»]. - Москва, 2022. - 187 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ имени М.В. ЛОМОНОСОВА НИИ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ имени А.Н. БЕЛОЗЕРСКОГО На правах рукописиСофроноваАлинаАндреевнаВзаимодействиебелковссинтетическимииприроднымиполиэлектролитамиивлияниенанегопосттрансляционныхмодификаций03.01.08 Биоинженерия

стр. 4
ОБСУЖДЕНИЕ................................................................................................70 1.Взаимодействиебелковсполиэлектролитами.............................................................70 1.1.Влияниезарядабелканавзаимодействиесполиэлектролитамии их шапероноподобную активность..............................................................................................70 1.2.Влияниестепени...

стр. 9
улучшить фармакологические свойства гирудина. 2. Цели и задачи Целью данной работы является исследованиевзаимодействиябелковс заряженными полимерами (полиэлектролитами, РНК, внутренне неупорядоченнымибелками) ивлияниябелковыхпосттрансляционныхмодификаций, ассоциированных с изменением локального заряда на поверхностибелка, на этовзаимодействие. Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи: 1. Исследование...

Оглавление диссертациикандидат наук Софронова Алина Андреевна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
1. Актуальность проблемы и степень разработанности темы
2. Цели и задачи
3. Объект и предмет исследования
4. Научная новизна
5. Теоретическая и практическая значимость
6. Методология исследования
7. Положения, выносимые на защиту
8. Степень достоверности данных
9. Публикации по теме диссертации
10. Апробация работы
11. Личный вклад автора
12. Объем и структура диссертации
ОБЗОР ЛИТЕРА ТУРЫ
1. Взаимодействие белков с полиэлектролитами
1.1. Влияние различных характеристик полиэлектролита на подавление агрегации белков
1.2. Влияние среды на эффективность подавления агрегации полиэлектролитами
2. Неструктурированные белки
2.1. Особенности структуры внутренне неупорядоченных белков
2.2. Казеины как пример внутренне неупорядоченных белков
2.3. а-синуклеин
2.3.1. Функции а-синуклеина
2.3.2. Строение а-синуклеина
2.3.3. Агрегация а-синуклеина и нейродегенерация
2.3.4. Взаимодействие ГАФД с а-синуклеином
2.4. Гирудин как пример внутренне неупорядоченных белков
3. Посттрансляционные модификации, ассоциированные с изменением заряда
3.1. Гликирование
3.2. Фосфорилирование
3.3. Сульфатирование
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
1. Экспериментальная часть
1.1. Реактивы
1.2. Используемые белки
1.3. Используемые полиэлектролиты
1.4. Определение концентрации белков, РНК и полиэлектролитов
1.5. Измерение уровня агрегации белков
1.5.1. Измерение уровня агрегации ГАФД
1.5.2. Измерение уровня агрегации лизоцима и а-лактальбумина
1.6. Определение дзета-потенциала и размера частиц
1.7. Гликирование в-казеина
1.8. Изотермическая титрационная калориметрия
1.9. Флуоресцентная спектроскопия нативного и гликированного в-казеина
1.10. Аналитическое ультрацентрифугирование комплексов нативного и гликированного в-казеина с полимерами
1.11. Спектроскопия кругового дихроизма
1.12. Протеолиз в-казеина
1.13. ДСН-электрофорез в полиакриламидном геле
1.14. Антитромботическая активность С-концевых (остатки 55-65) пептидов гирудина и его производных
2. Молекулярное моделирование взаимодействий
2.1. Симуляции молекулярной динамики лизоцима с полиэлектролитами и анализ траекторий
2.2. Симуляции молекулярной динамики ГАФД с а-синуклеином и РНК и анализ траекторий
2.3. Симуляции направленной молекулярной динамики комплекса гирудин-тромбин и расчет свободной энергии взаимодействия
РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
1. Взаимодействие белков с полиэлектролитами
1.1. Влияние заряда белка на взаимодействие с полиэлектролитами и их шапероноподобную активность
1.2. Влияние степени полимеризации полиэлектролита на взаимодействие белок-полиэлектролит
2. Взаимодействие внутренне неупорядоченного белка ß-казеина с полиэлектролитами и влияние гликирования
3. Взаимодействие ГАФД с РНК и а-синуклеином и влияние гликирования
3.1. Взаимодействие ГАФД с а-синуклеином
3.2. Взаимодействие ГАФД с РНК
3.3. Экспериментальная проверка связывания ГАФД с а-синуклеином и РНК
4. Влияние посттрансляционных модификаций на связывание гирудин-тромбин
4.1. Выбор силового поля для моделирования посттрансляционных модификаций
4.2. Структурные особенности взаимодействия между тромбином и различными производными гирудина
4.3. Оценка свободной энергии связывания гирудин-тромбин
4.4. Антитромботическая активность производных гирудина in vitro
4.5. Выбор оптимального производного гирудина для крупномасштабного синтеза и использования в клинической практике
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ И ВЫВОДЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРА ТУРЫ