Взаимодействие ДНК-полимераз с блокирующими повреждениями ДНК разных классов Юдкина Анна Владимировна

Краткое описание

Юдкина,АннаВладимировна.ВзаимодействиеДНК-полимеразсблокирующимиповреждениямиДНКразныхклассов: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.04 /ЮдкинаАннаВладимировна; [Место защиты: Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН]. - Новосибирск, 2020. - 139 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
ПРОФЕССИОНАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ «НОВОСИБИРСКИЙ НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» на правах рукописиЮдкинаАннаВладимировнаВЗАИМОДЕЙСТВИЕДНК-ПОЛИМЕРАЗСБЛОКИРУЮЩИМИПОВРЕЖДЕНИЯМИДНКРАЗНЫХКЛАССОВ03.01.04 Биохимия ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени кандидата биологических

стр. 3
...................................................... 61 4.1.2. Элонгация праймера на одноцепочечном субстрате, содержащемДНК- белковую сшивку,ДНК-полимеразамиразныхсемейств .................................. 64 4.1.3. Элонгация праймера на двуцепочечном субстрате, содержащемДНК-белковую сшивку в матричной цепи,ДНК-полимеразамиразныхсемейств .................... 69 4.1.4. Элонгация праймера на двуцепочечном субстрате, содержащем...

Оглавление диссертациикандидат наук Юдкина Анна Владимировна
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1. Блокирующие повреждения ДНК
2.1.1. Апурин-апиримидиновые сайты
2.1.2. Аддукты апурин-апиримидиновых сайтов с метоксиамином
2.1.3. Ковалентные сшивки нуклеиновых кислот
2.1.3.1. Ковалентные сшивки нуклеиновых кислот, индуцируемые координационными
соединениями платины
2.1.4. ДНК-белковые сшивки
2.1.4.1. Образование ДНК-белковых сшивок при общем окислительном стрессе
2.1.4.2. Образование ДНК-белковых сшивок, индуцируемое альдегидами
2.1.4.3. Образование ДНК-белковых сшивок, индуцируемое металлами
2.1.4.4. Образование ДНК-белковых сшивок противоопухолевыми агентами
2.1.4.5. Образование ДНК-белковых сшивок при ионизирующем излучении
2.1.4.6. Образование ДНК-белковых сшивок при ошибках ферментов
2.1.4.7. Репарация ДНК-белковых сшивок
2.1.4.8. Прохождение ДНК-белковых сшивок в контексте репликативного аппарата
2.1.5. Нековалентно связанные с ДНК белки как возможные препятствия для ДНК-полимераз
2.1.5.1. ДНК-гликозилазы
2.1.5.2 Система иммунитета бактерий CRISPR/Cas
2.2. ДНК-полимеразы
2.2.1 Классификация и свойства ДНК-полимераз
2.2.2. Проблема прохождения повреждений ДНК-полимеразами
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Материалы
3.1.1. Стандартные буферы и смеси
3.1.2. Ферменты
3.1.3. Плазмиды и бактериальные штаммы
3.1.4. Хроматографические сорбенты и колонки
3.1.5. Стандартные буферы для ДНК-полимераз
3.1.6. Олигодезоксинуклеотиды
3.2. Методы
3.2.1. Получение двуцепочечных олигодезоксирибонуклеотидных субстратов
3.2.2. Реакция образования основания Шиффа и ковалентной ДНК-белковой сшивки
3.2.3. Проверка проходимости ДНК-белковых сшивок ДНК-полимеразами
3.2.4. Вытеснение ДНК-гликозилазы OGG1 из комплекса с продуктом
3.2.5. Определение типа продукта реакции OGG1 в присутствии ДНК-полимеразы в
3.2.6. Вытеснение ДНК-гликозилазы КБГЫ из комплекса с продуктом
3.2.7. Вытеснение нуклеазы Cas9 из комплекса с продуктом
3.2.8. Активность ДНК-полимераз в присутствии Cas9
3.2.9. Вытеснение Cas9 из комплекса с плазмидной ДНК ДНК-полимеразой RB69
3.2.10. Активность ДНК-полимераз в присутствии полиоксониобата платины
3.2.11. Анализ взаимодействия полиоксиониобата платины с ДНК
3.2.12. Получение аддуктов АП-сайтов с метоксиамином
3.2.13. Определение кинетических параметров включения dNMP ДНК-полимеразами напротив аддукта АП-сайта с метоксиамином
3.2.14. Определение спектра включения dNMP ДНК-полимеразами напротив аддукта АП-сайта с метоксиамином
3.2.15. Расщепление аддукта АП-сайта с метоксиамином ферментами эксцизионной репарации оснований
3.2.16. Молекулярный докинг структур
4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Взаимодействие ДНК-полимераз с ДНК-белковыми сшивками
4.1.1. Создание модельной ДНК-белковой сшивки
4.1.2. Элонгация праймера на одноцепочечном субстрате, содержащем ДНК-белковую сшивку, ДНК-полимеразами разных семейств
4.1.3. Элонгация праймера на двуцепочечном субстрате, содержащем ДНК-белковую сшивку в матричной цепи, ДНК-полимеразами разных семейств
4.1.4. Элонгация праймера на двуцепочечном субстрате, содержащем ДНК-белковую сшивку в цепи, комплементарной матричной, ДНК-полимеразами разных семейств
4.1.5. Структурные аспекты взаимодействия ДНК-полимераз с ДНК-белковыми сшивками
4.2. Взаимодействие белков, движущихся по ДНК, с белками, прочно нековалентно
связанными с ДНК
4.2.1. Взаимодействие белков, движущихся по ДНК, с медленнообращающейся ДНК-гликозилазой OGG1
4.2.2. Взаимодействие белков, движущихся по ДНК, с ДНК-гликозилазой КЕ1Ь1
4.2.3. Взаимодействие белков, движущихся по ДНК, с медленнообращающейся ДНК-нуклеазой Сав9
4.3. Активность ДНК-полимераз в присутствии полиоксометаллатов платины
4.3.1. Подавление активности ДНК-полимераз полиоксониобатом платины
4.3.2. ДНК-полимеразы как возможная мишень полиоксониобата платины
4.3.3. ДНК как потенциальная молекулярная мишень полиоксониобатов платины
4.4. Исследование взаимодействия ферментов метаболизма ДНК с аддуктом АП-сайта с
метоксиамином
4.4.1. Получение и характеристика аддукта АП-сайта с метоксиамином
4.4.2. Кинетические параметры включения ёКЫМР напротив АП-сайта и аддукта АП-сайта с метоксиамином ДНК-полимеразами в условиях стационарной кинетики
4.4.3. Спектр включения ёКМР напротив АП-сайта и аддукта АП-сайта с метоксиамином ДНК-полимеразами в ходе процессивного синтеза
4.4.4. Влияние аддукта АП-сайта с метоксиамином на активность некоторых ДНК-гликозилаз
5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
6. ВЫВОДЫ
7. СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
8. СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ