Новые экспериментальные подходы в изучении протеома человека и их использование для анализа продуктов генной экспрессии в кератиноцитах человека и для выявления новых генов Громов, Павел Сергеевич

Короткий опис

Громов,ПавелСергеевич.Новыеэкспериментальныеподходывизучениипротеомачеловекаиихиспользованиедляанализапродуктовгеннойэкспрессиивкератиноцитахчеловекаидлявыявленияновыхгенов: диссертация ... доктора биологических наук : 03.00.15. - Москва, 1999. - 216 с.больше
Цитаты из текста:

стр. 4
4. Двумерные карты и базы данных белковыхпродуктовгеннойэкспрессиив нормальныхкератиноцитахчеловека4.1Кератиноцитычеловека- как модельизученияклeтo^шoй пролиферации и дифференцировки 4.2 Создание двумерной карты и базы данных белковкератиноцитовчеловека. 4.2.1 Получение некультивированных нефракционированных эпидермальныхкератиноцитов4.2.2 Культивирование нормальныхкератиноцитов4.2.3 Изотопное...

стр. 5
ОТР-связьшающих белков 116 110 106 106 6 Г Л А В А 6.Новыегенычеловека. 6.1 Rheb -новыйнизкомолекулярный GTP-связьшающий белок, представляюгцийновуюподгруппу га^'-суперсемейства 125 125 6.1.1 Клонирование, секвенирование ианализпервичной структуры rheb 6.1.2 Дифференциальнаяэкспрессияrhebгенав нормальных и трансформированных клеткахчеловека6.1.3 Саузерн-анализи хромосомное картирование rhebгена....

стр. 23
разделить весь белковый комплемент Оптимальным является данного типа клетки (протеом) на одном двумерном геле.подходомк максимально полному разрешениюпротеомаклеткианализ: вначале получение базового двумерного многоэтапный изображения сиспользованиемширокого градиента р Н , а затем более детальныйанализсиспользованиемузких перекрьшаюшдхся IPG. В настоящее время ведутся дискуссии о возможностииспользованиянекоторыхновых...

Оглавление диссертациидоктор биологических наук Громов, Павел Сергеевич
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1 Двумерный электрофорез белков в ПААГ- основной метод анализа протеома.
1.1 Почему именно двумерный эелектрофорез в ПААГ?
1.2. Сколько белков может содержаться в анализируемом образце? Протеомный комплемент эукариотической клетки.
1.3. Современные технологии двумерного электрофореза в
ПААГ: могут ли они быть усовершенствованы?
1.4. Резервы улучшения способов приготовления образца для двумерного анализа и методов детекции белков на двумерных гелях.
ГЛАВА 2 Картирование и идентификация белков на двумерных гелях и блотах.
2.1 Элементы протеомных технологий.
2.2. Метод сопряженной in vitro транскрипции-трансляции.
2.3. Идентификация на двумерных гелях продуктов транзитной экспрессии кДНК клонов в COS-1 клетках.
2.4. Идентификация на двумерных гелях (блотах) белков, составляющих отдельные функциональные семейства путем специфического связывания меченных лигандов.
2.4.1 Двумерное картирование Са++ - связывающих белков.
2.4.2 Низкомолекулярные ОТР-связываюшие белки.
2.5. ЕСЬ иммунодетекция и проблема белков, представленных малым количеством копий.
ГЛАВА 3 Двумерный анализ посттранссляционного процессинга и химических модификаций первичных продуктов трансляции.
3.1 Значение ко- и посттрансляционных модификаций белков в протеомных проектах.
3.2. Фосфорилирование.
3.3 Гликозилирование.
3.4 Липидирование: пальмитилирование и миристолирование.
3.5 Изопренилирование: фарнезилирование и геранилгеранилирование.
ГЛАВА 4. Двумерные карты и базы данных белковых продуктов генной экспрессии в нормальных кератиноцитах человека.
4.1 Кератиноциты человека - как модель изучения клеточной пролиферации и дифференцировки.
4.2 Создание двумерной карты и базы данных белков кератиноцитов человека.
4.2.1 Получение некультивированных нефракционированных эпидермальных кератиноцитов.
4.2.2 Культивирование нормальных кератиноцитов.
4.2.3 Изотопное включение 35Б -метионина в культивированные и некультивированные кератиноциты.
4.2.4 Двумерный электрофорез (изоэлектрофокусирование, ИЭФ, и фокусирование в неравновесном рН градиенте, МЕРНОЕ.
4.2.5 Окраска гелей Кумасси ярко голубым и нитратом серебра.
4.2.6 Радиоавтография и флюорография.
4.2.7 Микросеквенирование.
4.2.8 Масс спектрометрия.
4.2.9 Экспрессия кДНК клонов в системе вируса Vaccinia.
4.2.10 Компъютерный анализ двумерных изображенеий.
4.3 Синтетические двумерные карты-изображения белков кератиноцитов человека.
4.4 Двумерные базы данных белков клеток, тканей и жидкостей человека расположенные е в глобальной сети Интеренет: http://biobase.dlc/cgi-bin/celis.
ГЛАВА 5. Низкомолекулярные GTP-связывающие белки, эспрессирующиеся в нормальных пролиферирующих, дифференцированных и трансформированных кератиноцитах человека.
5.1 Двумерный профиль низкомолекулярных GTPсвязывающих белков кератиноцитов человека.
5.2 Динамика изменений экспрессии низкомолекулярных GTP-связывающих белков в нормальных пролиферирующих, дифференцированных и 8У40-трансформированных (К14) кератиноцитах человека.
Новая стратегия для молекулярного-биологического клонирования низкомолекулярных GTP-связывающих белков
ГЛАВА 6. Новые гены человека.
6.1 Rheb - новый низкомолекулярный GTP-связывающий белок, представляющий новую подгруппу гал-суперсемейства.
6.1.1 Клонирование, секвенирование и анализ первичной структуры rheb.
6.1.2 Дифференциальная экспрессия rheb гена в нормальных и трансформированных клетках человека.
6.1.3 Саузерн-анализ и хромосомное картирование rheb гена.
6.1.4 GTP-азная активность rheb.
6.1.5 Анализ посттрансляционных модификаций rheb.
6.2 Rabila - низкомолекуярный GTP-связывающий белок из семейства rab белков, регулирующих внутриклеточный транспорт.
6.2.1 Rabila транслируется с двух разных типов мРНК, образующихся в результате альтернативного сплайсинга.
6.2.2 Нозерн-блот анализ rabila.
6.2.3 Два вида мРНК, кодирующие rabila, транскрибируются с одного гена, локализующегося на 15q21.3- q22.31.
6.2.4 Анализ in vivo посттрансляционных модификаций rabila.
6.2.5 Влияние гиперэкспрессии rabila на уровни синтеза некоторых низкомолекулярных GTP-связываюших белков.
6.3 Галектин 7 - новый член семейства (3-галактозосвязывающих белков, галектинов.
6.3.1 Идентификация на двумерной белковой карте и клонирование галектина 7.
6.3.2 Галектин 7 - представитель семейства лактозосвязывакмцих белков.