Структурно-функциональная организация D-плазмид штаммов рода Raoultella Жарикова, Наталья Владимировна

Короткий опис

Жарикова,НатальяВладимировна.Структурно-функциональнаяорганизацияD-плазмидштаммовродаRaoultella: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Уфа, 2005. - 114 с.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
06~ЪП9 С^ РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК УФИМСКИЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ БИОЛОГИИ На правах руко/1исиЖариковаНатальяВладимировна^СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНАЯОРГАНИЗАЦИЯD-ПЛАЗМИДШТАММОВРОДАRAOULTELLA03.00.03. МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук

стр. 64
atcgtagatcagaatgctac ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcac 1381 accatgggag tgggttgcaa a 64 0.02 80Raoultellaornithinolytica АТСС 31898Raoultellaplanticola 8433Raoultellaornithinolytica JCM 7251Raoultellaornithinolytica JCM6096TRaoultellaornithinolytica 590681 '—Raoultellaplanticola 4131Raoultellaornithinolytica FSK9555 79 "-Raoultellaplanticola ATCC 43176 -Raoultellatrevisanii ATCC 33558T •...

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Жарикова, Наталья Владимировна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Плазмидные системы биодеградации хлорированных ароматических соединений
1.1. Плазмиды бактерий
1.2. Организация и эволюция путей катаболизма хлорароматических соединений
1.3. Ключевые гены и ферменты верхних путей катаболизма хлорфеноксиуксусных кислот
1.4. Ключевые гены и ферменты нижних путей катаболизма хлорфеноксиуксусных кислот
1.5. Плазмида pJP4 - модельная плазмида деградации 2,4-Д
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
2.1. Объекты исследований
2.2. Получение чистых культур штаммов-деструкторов
2.3. Идентификация штаммов 38 (* 2.3.1. Классификация штаммов по культурально-морфологическим и физиолого-биохимическим признакам
2.3.2. Определение морфологических и морфометрических характеристик клеток методом электронной микроскопии
2.3.3. Молекулярно-биологическая идентификация штаммов на основе секвенирования гена 16S рРНК
2.3.3.1.Выделение и характеристика суммарной ДНК
2.3.3.2. Амплификация, секвенирование и анализ последовательностей генов 16SpPHK
2.4. Рост культур в жидкой питательной среде и его учет
2.5. Определение количеств хлорированных феноксиуксусных кислот в культуральной жидкости
2.6. Идентификация продуктов метаболизма хлорированных феноксиуксусных кислот
2.7. Выделение плазмидной ДНК
2.8. Фракционирование препаратов ДНК в агарозном геле
2.9. Обработка препаратов плазмид рестриктазами и определение размеров фрагментов ДНК
2.10. Элиминация плазмид, индуцированная акридиновым оранжевым
2.11. Определение устойчивости бактерий к антибиотикам и тяжелым металлам р 2.12. Трансформация штаммов
2.12.1. Приготовление компетентных клеток
2.12.2. Трансформация компетентных клеток плазмидной ДНК
2.13. Конъюгация клеток бактерий
2.14. Гибридизация препаратов ДНК на фильтре
2.14.1. Получение радиоактивного зонда методом замещения нуклеотидов
2.14.2. Иммобилизация плазмидной ДНК на нитроцеллюлозном fa фильтре
2.14.3. Дот-блот гибридизация препаратов ДНК на нитроцеллюлозном фильтре
2.15. Физико-химические свойства и область применения хлорфеноксиуксусных кислот (4-ХФУК, 2,4-Д, 2,4,5-Т)
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1.Идентификация штаммов 33-4ch, 36D и 36Т на основе морфолого-морфометрических, физиолого-биохимических признаков и анализа последовательностей генов 16S рРНК и 3.1.1. Морфолого-морфометрические признаки штаммов
3.1.2. Физиолого-биохимические признаки штаммов
3.1.3. Анализ последовательностей генов 16S рРНК штаммов
33-4ch, 36D и 36Т
3.2. Динамика конверсии молекул хлорфеноксиуксусных кислот R. planticola 33-4ch, R. planticola 36D и R. planticola 36T в периодической культуре
3.3. Анализ этапов катаболизма хлорфеноксиуксусных кислот штаммов R. planticola 33-4ch, R. planticola 36D и R. planticola 36T
3.4. Анализ плазмидного статуса клеток штаммов R. planticola 33-4ch,
R. planticola 36D и R. planticola 36T
3.5. Участие плазмид pRP33-4ch, pRP36D и pRP36T в генетическом контроле деградации хлорфеноксиуксусных кислот
3.6. Локализация детерминант резистентности к антибиотикам и солям тяжелых металлов на плазмид ах pRP33-4ch, pRP36D и pRP36T
3.7. Горизонтальный перенос плазмид RP33-4ch, pRP36D и pRP36T и экспрессия функций катаболизма и резистентности к антибиотикам и тяжелым металлам в других хозяевах
3.8. Дот-блот гибридизация препаратов плазмид pRP33-4ch, pRP36D, pRP36T и pJP
ВЫВОДЫ